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由于东亚的概念至今没有定论，本文根据研究需要主要指东北亚和以东盟为中心的东南亚这一区域，涉及黄海、东海和南海等沿海区域。海上非传统安全合作的领域很多，东亚各国在海上非传统安全合作的政策理念基本一致，又面临着来自海上的共同安全问题，同时主张通过多边对话建立合作机制解决问题，这都为东亚加强合作奠定了基础。
目前东亚在海上非传统合作基本是在多边层面的“10+3”框架下和东盟地区论坛中进行。中国一直重视海上非传统安全合作，在2002年《关于加强非传统安全领域合作的中方立场文件》和2017年《中国的亚太安全合作政策》白皮书中指出处理跨国问题，需要跨国合作。针对海上安全领域合作，中国坚持合作应对海上传统安全威胁和非传统安全威胁，维护海上和平稳定。
东亚各国具有参与全球和地区海上非传统安全合作和机制建设的传统。东亚可以从双边和多边层次加强机制建设和合作。
东亚各国长期参与全球和地区海上非传统安全合作，参与海上航行与交通安全国际公约，具体包括：《1972年国际海上避碰规则公约》、《1974年国际海上人命安全公约》（SOLAS 公约）修正案及1993年议定书、《1978年国际海员、发证和值班标准公约》、《1979年国际海上搜寻救助公约》、《国际船舶和港口设施保安规则》（ISPS 规则）、《联合国海洋法公约》、《集装箱安全倡议》、《1988年制止危机海上航行安全非法行为议定书》及其2005年议定书。
参与海洋环境保护的国际公约包括：《1969年国际干预公海油污事故公约》、《1971年海上核材料运输民事责任公约》、《1972年防止倾倒废物及其他物质污染海洋的公约》、《1973年国际防止船舶造成污染公约》1978年议定书、《1990年国际油污防备、响应和合作公约》2000年议定书、《1996年关于国际海上运输有害有毒物质的责任和损害赔偿公约》、《2001年国际控制船舶有害防污底系统控制公约》、《2004年控制与管理船舶压载水及沉淀物国际公约等》。
其他方面的公约有：《加强海上保安的特别措施》、APEC机制下的《反恐声明》、《联合国打击跨国有组织犯罪公约》、《麻醉品单一公约》、《精神药物公约》、《联合国禁止非法贩运麻醉药品和精神药物公约》、《亚洲地区反海盗及武装劫船合作协定》（ReCAAP）、《圣地亚哥宣言》。
中日韩、中日韩+机制下制定的条约：落实《西北太平洋行动计划》的《中日韩合作行动计划》和《灾害管理和救灾合作渠道》。
双边层面制定的条约：中日2018年签署《中日海上搜寻救助合作协定》，标志着中日非传统安全领域合作进入机制化的阶段。中韩签署《中韩海洋科学技术合作谅解备忘录》，成立中韩海洋科学共同研究中心。《中韩环境合作协定》建立环保基金，成立环境合作委员会。签署《溢油应急响应合作谅解备忘录》《中华人民共和国政府与大韩民国政府海上搜寻救助合作协定》。日韩于1999年签署《海上反恐合作意向书》。中国与东盟于2000年签署《东盟和中国禁毒合作行动计划》、2004年《非传统安全领域合作谅解备忘录》、2016年《南海沿岸合作机制》《南海各方行为宣言》，2016年中国和菲律宾签署《中国海警和菲律宾海岸警卫队关于建立海警海上合作联合委员会的谅解备忘录》，双方明确提出打造“海上安全命运共同体”。日本与东盟于2003年签署《东京宣言》致力于组建安全共同体，2004年签署《打击国际恐怖主义合作联合宣言》。东盟各成员国之间：2003年东盟在马来西亚成立反恐中心。
东亚有关海上非传统安全国际对话和合作机制（含综合性机制）包括：
首先，东盟主导的合作机制。东盟在东亚非传统安全合作方面发挥重要作用。东盟地区论坛（ARF），作为亚太地区正式的安全对话机制，在处理东亚金融危机、打击跨国犯罪及抢险救灾方面发挥重要作用，东盟防长扩大会、东亚峰会也将海上安全和海上反恐合作开展实质性的合作项目；另外还有以海上安全合作交流为机制的东盟海事论坛。
其次，亚太经济合作组织（APEC），2001年开始把非传统安全合作列为重要议题。
第三，东盟与中日韩领导人会议机制（10+3）包括10+3框架下的打击跨国犯罪部长级会议机制，标志着东亚非传统合作进入机制化轨道。环境部长会议机制，针对防沙制尘、保护海洋环境方面进行了有效的合作，先后启动了西北太平洋行动计划和东北亚次区域环境合作计划。2004年中日韩地震局举行首次会议，旨在提高数据实时交换能力和加强技术与基础研究信息交流。同时移民管理局加强合作，针对恐怖主义、贩卖人口、贩毒召开研讨会。卫生部长会议机制，在应对大规模的传染病方面发挥重要作用。
第四，双边层面。中国—东盟防长安排有非正式会晤（2015年首次在华召开）。2006年日本和东盟达成《亚洲打击海盗行为和武装抢劫船只的区域合作协定》，确定了日本和东盟之间的安全合作。
第五，多边层面双轨道外交论坛机制。包括亚太安全合作理事会，下设六个研究小组，包括海事安全合作能力建设研究小组、反国际恐怖主义研究小组、人口贩运研究小组、防扩散研究小组，东北亚多边安全框架研究小组、维和研究小组，对于加强东亚海上非传统安全合作发挥了一定的作用。此外还有亚洲相互协作与信任措施会议、香格里拉对话会、雅加达国际防务对话会、西太平洋海军论坛、马六甲海峡安全讨论、北京香山论坛、亚太国防军司令会议、亚太海事局长会议、北太平洋地区海岸警备执法机构论坛、亚太圆桌会议、东亚展望小组、东亚研究小组、东亚思想库网络、东北亚对话合作会、博鳌亚洲论坛等。
第六，培训机制。这方面的成果有亚太航标管理人员培训班、亚太地区大规模海上人命救助（MRO）培训及桌面演习、亚太经合组织反恐工作组、全球反恐论坛，支持《亚洲地区反海盗及武装劫船合作协定》（ReCAAP）“信息分享中心”能力建设和发展（向“中心”派驻中国海警职员），以及在亚丁湾、索马里海域执行护航任务。
从中可以看出东亚地区在海上非传统安全合作方面已经取得了很大的进展，为今后地区海上安全机制的形成奠定了基础。同时通过合作，使东亚各国增强了地区性身份的认同，促成了合作思维的建立。
东亚海上非传统安全合作的显著特点是危机促进合作和机制建设。表现为：一是应对不可抗力的自然灾害方面，东亚各国针对海上救助展开合作。如2004年印度洋海啸之后，东盟主导召开地震和海啸灾害问题领导人特别会议（东盟赈灾峰会），中国深度参与其中，提出救灾合作指导性原则，参与人道主义、赈灾联合演习，建立救援设备工业园，促进东亚整体救灾合作水平和应对灾难危机的能力不断得到提高。二是针对海上反恐问题、海上走私贩毒和非法移民合作问题，东盟地区论坛发挥了重要作用，成为东亚国家之间加强合作的重点。为应对海盗猖獗、跨国有组织犯罪、恐怖主义以及人口走私等问题，菲律宾、马来西亚和印度尼西亚于2017年建立苏禄-苏拉威西海三国海上巡逻机制。为加强航道安全特别是为保护马六甲航道安全，新加坡、印度尼西亚和马来西亚建立了马六甲海峡巡逻机制，并举办马六甲海峡安全论坛，泰国加入后形成四国联合巡逻机制。中国和日本作为国际海事组织成员参加论坛讨论。三是为保护海洋环境和渔业资源，联合国环境署和国际海事组织、中国及东盟有关国家于1993年提出“东亚海洋环境管理伙伴关系计划”，通过整体性管理方案保护东亚海洋环境。为加强海上非传统安全合作特别为应对海洋环境污染问题，中国提出一些具有创新性的理念，主要表现在以建立新型海洋伙伴关系为依托，强化与海洋岛屿国家的合作交流，建立战略互信的海洋伙伴关系；以深度参与、主导东亚地区海洋治理机制为推动方式，推动建立中国—东亚岛屿国家常态化联络机制和多边合作机制，以海洋经济、生态保护和科学研究等合作为突破口，推广我国“生态岛礁”建设经验和模式。同时加强与东亚各国在海上执法领域的合作，在航道安全、渔业执法、海上搜救领域参与多边的对话与合作。如中国渔业执法巡逻船与美国、俄罗斯、日本一起工作，在北太平洋海岸警卫队论坛——东亚唯一的海上安全组织——框架内进行防止非法合作流网捕鱼合作等。
东亚各国通过海上非传统安全多边合作提升了海上执法和维护安全的能力建设，通过建立海上灾害预警机制分享海上安全信息，共同应对来自海上的非传统安全威胁，形成多个合作的点和面，尽管还未实现多边整体安全合作架构，呈现的是“碎片化”的特点，但可以通过将各种机制融合在一起，协调机制间的分歧，提升规则间的协作程度，避免冲突碎片化的发生，有助于构建整体性的治理机制
。
东亚是目前世界上冷战结束后遗留影响最深、问题最集中的地区之一，某种程度上仍然继续保留着冷战对峙时期所残留的格局。在北美、欧洲、东亚当前世界经济这前三大板块中，东亚地区的历史问题是最为突出的。欧洲经历两次世界大战，搁置了历史恩怨纠葛，扫清了一体化的障碍，而北美则受惠于东西两大洋的天然屏障和美国一家独大的稳定格局，欧洲、北美纷纷在区域一体化上快步前进，营造了安全的周边战略环境。反观东亚地区，冷战的历史惯性尚未完全停止，新的利益矛盾又不断涌现，台湾问题、半岛问题、海洋领土争端问题，无一不是历史因素与诸多现实利益矛盾交织下形成的，旧的矛盾没有解决，新的问题又不断激化，阻碍着东亚一体化的进程。特别是在东亚国家的海域上，存在着不同性质的海洋纠纷，这些问题涉及岛屿、领海、大陆架、渔场划分等诸多问题，对东亚海洋命运共同体的探索形成阻碍。
在东亚海上传统安全存在着或多或少第三方域外大国离岸制衡的影响。域外大国为了谋求自身全球战略利益最大化，维护在东亚地区的话语权和影响力，将不可避免地以各种手段和方式阻碍东亚地区的区域一体化。如东亚海洋合作的难点——南海问题。2019年美国政府提出“东南亚海上通道执法倡议”，提出为南海沿岸海岸警卫队和其他相关利益方提供培训，加强共同操作能力和情报共享。
尽管南海多边合作归根结底是沿岸国家之间的事，但要完全排除域外大国的干扰和介入存在很大困难。在未来一个较长时期内，美、澳等国在南海地区的介入及军力存在将是难以改变的客观事实。
东亚各国对海上非传统安全合作的界定和关注领域存在差异，由于关注点不同，难以形成地区层面的合力安排。如东亚大国日本在安保领域特别是在制定海洋政策上，仍然没有放弃冷战思维，依然戴着意识形态的有色眼镜看待周边局势。
东亚区域“仍是冷战后美国建立起的以对峙为基础的同盟政治和同盟秩序”。
美日同盟又是这一同盟体系的基石。在此地区，大国之间政治和战略互信不足；领土领海争端、历史问题、半岛核危机等危机周期性爆发，导致东亚地区面临难以预测的挑战和风险。英国学者马丁·雅克指出：“未来相当长的一段时间内，美国仍然是东亚地区的军事霸主，东北亚是世界上仅有的冷战对立延续至今的地区。”
在东亚传统海上安保领域，日本处于一个比较特殊的地位。日本还是影响中国周边安全的重要国家。中日两国在历史问题、岛屿争端、地区主导权等方面存在着分歧。日本是二战后东亚地区经济发展雁形模式的领头雁，是最早推动亚太地区经济合作的国家，曾对构建东亚共同体表现出热情，希望主导东亚一体化进程，成为东亚共同体的领导者，联合所谓价值观相似的民主国家组成价值观共同体。
但在传统海洋安全领域，日本与东北亚国家中、俄、韩都存在着海洋和领土纠纷，这些纠纷周期性引爆东北亚冲突。日本是美国主导联盟机制的核心国家，软轴心，未来还要在联盟中承担更多的责任。美日军事一体化进程仍然稳步推进。日本将维持现有秩序作为安全政策的主要内容，认为自己有使命与美国一起，对涉及全球性的规则和治理规则做出修正，使其更加符合现状。
随着“新冠肺炎疫情导致国家间政治、经济和军事竞争日益明显”，日本以所面临安全环境更加严峻，不确定性进一步增加为名
，地区存在突发重大安全事件风险为由
，在经济下滑严重，疫情尚未结束的情况下，国防预算实现了“九连涨”，达到54898亿日元，较2020年防卫预算增长3.3%。
，同时配合美国与中国经济脱钩政策，提出让那些过度依赖某一个国家的产品回归本土生产，并与美澳一起提出禁止向中国输出尖端技术的政策。在安保政策上，为了配合美国的印太战略，日本强化了“美日印澳四方安全”对话机制，逐步将四国合作从政治领域向安全领域拓展，2020年10月在东京举办了四方外长线下会谈，被国际舆论称为“亚洲版北约”。同时日本强化了对钓鱼岛方面的措施，如日本环境省以掌握自然环境为名对钓鱼岛展开调查，将在钓鱼岛部署美制无人机，继续渲染中国在东海、南海“基于本国主张单方面改变现状”，加大在东海、南海的军事行动，出动最大准航母“出云”号和“苍龙”级潜艇等参加反潜演习等军事活动。
随着美国经济实力的下滑以及全球多个政治、经济中心的崛起，日本也在考虑在美国缺位领导时何去何从，考虑“超越支持美国主导的秩序”模式，寻求在东北亚秩序的构建中扮演更独立的角色，增强自己的防御能力，日本政府批准的2018年版《防卫白皮书》中渲染周边威胁，为继续增加防卫预算及改写大纲进行铺垫。
美国政府不断要求日、韩等盟国承担更多的防卫费和安保责任，日本维持美日同盟的经济负担与日俱增，而美日同盟对日本在安全保障上发挥的真正作用却在逐渐弱化，从长远来看，美日同盟对日本逐渐从强助力向弱助力，再向拖累日本蜕变。为此日本一方面希望增加自己的独立性，充当印太地区中等强国的领导力量，一方面与中国保持接触，由对抗转为协调。这种安全秩序的重构，使得在东亚出现战略定位偏差和战略互信转圜的可能性。
随着中国在经济上超过日本成为世界第二大经济体，日本“本能与中国相争”，日本机制化构建更倾向于出于经济利益市场功能性合作机制，
对于中国推动的共同体建设持谨慎态度。政治互信是区域合作的基础，未来中日建立建设性的安全关系还有很长的路要走。