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清兵入关，定都北京，然后一路南下，跟玩似的拿下了整个中国。新的征服者见着南京和南直隶这些名字，无疑会感到一些不自在，看着不顺眼，仿佛前朝的阴魂仍然不散，于是强令改名。于是乎一纸诏书下来，南京改名为江宁，南直隶改名为江南省。
二百多年以后，辛亥革命爆发，硝烟四起，革命党人聚集南京，选举孙中山为临时大总统，改江宁府为南京府。所谓府，基本上等同于今天的市。几个月以后，袁世凯窃国，仍然以北京为首都，又废南京府设江宁县，这几乎是存心降低南京的级别，让南方的革命党人感到难堪。终于熬到1927年，国民政府定都南京，北伐胜利了，仍然忘不了当年的改名之恨，一报还一报，新的王者将北京改成了“北平”，南京这个名字则再次改回来。
江宁和北平的改名，都是地道的中国文化。江宁肯定是有来头，据清朝江宁人金鳌所著的《金陵待征录》记载，三国之后，晋朝统一了中国，西晋太康二年，也就是公元281年，晋武帝司马炎南巡，深感江野寂静而慨叹：
江外无事，宁静若此。
江外就是江南，在北方的中原人眼里，江南在长江之外。不过史书上并没有晋武帝南巡的记载，中国帝王巡视过什么地方，一定会留下一笔，因此这句“江外无事，宁静若此”未必就真的靠谱。历史总是会留下更多胜利者的表情，“江宁”二字所含的统治者口气，所谓濒临长江且秩序安宁之意，显然不会错。翻阅中国的历史书，类似的胜利者给取的地名还会有一些，除了江宁和北平，应该还有武威、宁夏、西宁、南宁、绥远。
有时候，一个名字改了就改了，改了就定下来，习以为常被大家所沿用。有时候，一个名字改得并不合适并不得体，用不了多久，就又会再起变化。清初江南省的命名，显然过于草率和随意。这注定了会是一个短暂的名字，因为尾大不掉，太没有代表性，很容易让人产生误解，所谓江南省的大部分领土，都远在江北和淮北，根本就不在江南，非常的名不副实。
是可忍孰不可忍。不久，到了康熙皇帝的任上，江南省终于切割瓜分。这一次不再是以长江淮河为界，恢复旧时的领地和区域传统，重新把南北分裂，而是劈头一刀，从北向南血淋淋地剖开，让各家都拥有江南、江北、淮北三大块，西边的这一大片是安徽，东边的这一大片是江苏。
于是，明朝朱皇帝随手造成的江南省这个连体婴儿，由清朝的康熙皇帝亲自主刀，从手术室里牵着手血淋淋地走了出来。从此，江苏和安徽破茧而出，羽化成蝶，开始有了自己的识别标志，有了自己的独立身份。历史的一次偶然，终于在帝王的意志下成了必然。
清朝的统治基本上还是沿袭明朝制度，分设省府州厅县等地方行政机构，江苏独立建省，刚开始的省会仍然在南京，后来便迁往苏州，管辖八府三直隶州一直隶厅六十五县。八府是江宁、苏州、松江、常州、镇江、淮安、扬州、徐州，其中位于江南的有5个府，位于江北的有3个府。三直隶州为太仓州、海州、通州，江南是1个，江北是2个，而低于直隶州的是府辖州，譬如扬州府的高邮州和泰州，徐州府的邳州。唯一的一个直隶厅是海门厅，在当时，被称为“厅”的还有苏州府的太湖厅和靖湖厅，也就是今天的东山镇和洞庭西山，有镇江府的太平厅，也就是今天的县级市扬中，还有松江府的川沙厅，它们显然要比直隶厅低一级到半级。
在清朝的时候，江苏和安徽都隶属南京，由两江总督管辖。江苏最大的行政官员巡抚，也就是相当于后来的省委书记，驻在苏州“提督军务，兼理粮饷”。此外还有两个相当于省长的布政使，分驻南京和苏州，分管江苏的民政和财赋。一个叫江苏布政史，它的衙门在苏州，管辖苏州、松江、常州、镇江四府，以及直隶太仓州。一个叫江宁布政史，它的衙门在南京，管辖南京和整个苏北。江苏特有的这种行政权力划分，各管各家的传统，也从心理上把南京与江南的其他几个城市有意识地割裂开了。
江苏还有按察使一人，驻在苏州，负责全省的司法和事务。有趣的是，清朝政府在完成了江苏和安徽的建省之后，很长一段时间里，又经常习惯性地要沿用江南省之名，文人随便写写就罢了，文件上也会这么写，以至于后人经常会搞糊涂。