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《医旨绪余》为孙一奎撰于万历年间，上下卷共七十余篇，该书汇集作者学医之体会、见解，以脏腑经络之形质、功能及病证诊治为主进行了论述，对命门、相火的阐述为前人所未发，对后世影响甚大。其中有关咳、痰等病证的诊断、治疗临床颇多可取。
孙一奎，字文垣，安徽休宁县人，父身体素弱，屡遭科场应试之苦，惫益甚。使其幼年即心发“何得究竟秘奥，俾葆和吾亲无恙”之愿。稍长遇士人授秘方，用之多验。归告其父，并请求弃举子业而专攻岐黄。于是从汪机弟子黄古潭学医，尽得其传。此后，其认为索居窥观无益于广询远览，宇宙辽阔不能以丘里自隘。于是游学万里，所到之处，凡知医有所长，即往请教。偶遇明哲高人，更是折服其前，如此达三十年，归来已满腹经纶，学验俱丰。为人治病决死生多验，诊视合法度，投药无乖张，达到了理论上“镜莹于中”，实践上“投剂辄效”的境界，医道遐迩闻名。其立论宗《内》《难》，而参于《易》，并于《医旨绪余》中首创“命门动气论”，倡“不执方论”，为中医学的发展作出了杰出的贡献。
《医旨绪余》贯通医《易》之精神实质。书中认为：“故深于《易》者，必善于医。精于医者，必由通于《易》。术业有专攻，而理无二致也……彼知医而不知《易》者，拘方之学，一隅之见也。以小道视医，以卜筮视《易》者，亦蠡测之识，窥豹之观也，恶足以语此。”“《易》之神，得孙子之先君子传之……道遘异教家，秘之以岐黄术，始察之消息升沉，寒暑虚实，而《易》之神，神于胸臆间多矣”。史孟麟曰：“孙君过余而论《易》，为究乾坤之元，探有无之极，若悬河泻水而莫可底止，盖从事于圣人之道者，将不得谓之通一乎。道亦惟其所适。孙君之于医，亦可谓一以贯之矣。将不得谓医之圣者乎！”认为孙氏不仅能穷究易理而且能使之融于医理，因此誉之为医之圣者。在本书中立有《不知＜易＞者不足以言太医论》《太极图抄引》《太极图》《太极图说》《问三才所同者于人身何以见之》《命门图说》等多篇医《易》学专论，将二者熔为一炉，颇多深刻独到的见解，时人赞之曰：“东宿之于《易》也，深乎……东宿之书，以随证用药终焉，其又得太极生生之用矣！夫一中为造化，而四时为迭运，此天地人同一太极生生之《易》也。”可见其对《易》在医学中的阐发有重大贡献。
《医旨绪余》中发明太极阴阳之理备于人生，并以太极学说为说理工具进行了阐述。《太极图抄引》指出：“太极只是天地万物之理……人在大气中，亦万物中一物尔，故亦具此太极之理也。惟具此太极之理，则日用动静之间，皆当致夫中和，而不可须臾离也。医之为教，正示人节宣天地之气，而使之无过不及。攻是业者，不能寻绎太极之妙，岂知本之学哉。”并引用《黄庭经》以证明朱丹溪相火属右肾的错误。在“右肾水火辩”中，以先天后天图的坎离之变以证右肾属火之失。“观先天图，乾南坤北。后天图，离南坎北。五行火高水下，故仙家取坎填离，以水升火降，既济为道。谓采坎中之一阳，填离中之一阴，此还乾坤本源之意也……夫物物具五行，五行一阴阳，阴阳一太极……坎中之阳，即两肾间之动气，五脏六腑之本，十二经脉之根，谓之阳则可，谓之火则不可……”在《命门图说》中引用《中和集》曰：“阖辟呼吸，即玄牝之门，天地之根。所谓阖辟者，非口鼻呼吸，乃真息也。越人亦曰，肾间动气者，人之生命，五脏六腑之本，十二经脉之根，呼吸之门，三焦之源，命门之义，盖本于此。犹儒之太极，道之玄牝也。”指出了先天之太极，五行由此而生，脏腑继之而成。
《医旨绪余》另一学术贡献是对命门、三焦理论作出阐发。
孙氏认为《难经》所说的肾间动气即是命门。《命门图说》指出：“细考《灵》《素》，两肾未尝有分言者，然则分之者，自秦越人始也。追越人两呼命门为精神之舍，原气之系，男子藏精，女子系胞者，岂漫语哉！是极归重于肾为言。谓肾间原气，人之生命，故不可不重也……越人亦曰：肾间动气者，人之生命，五脏六腑之本，十二经脉之根，呼吸之门，三焦之源。命门之义，盖本于此……观铜人图，命门穴不在右肾，而在两肾俞之中可见也……命门乃两肾中间之动气，非水非火，乃造化之枢纽，阴阳之根蒂，即先天之太极，五行由此而生，脏腑以继而成。若谓属水、属火、属脏、属腑，乃是有形质之物，则外当有经络动脉，而形于诊，《灵》《素》亦必著之于经也。”《命门图说》指出：“夫二五之精，妙合而凝，男女未判，而先生次二肾，如豆子果实，出土时两瓣分开，而中间所生之根蒂，内含一点真气，以为生生不息之机，命曰动气，又曰原气，禀于有生之初，从无而有。此原气者，即太极之本体也。”即认为命门为两肾间动气，恰如坎卦，一阳陷入二阴之中，属坎中之阳，为生命之本始。并进而强调命门动气的重要生理作用及与呼吸之依存关系：“赖此动气为生生不息之根，有是动则生，无是动则呼吸绝而物化矣。”可见其间非水非火，而只是一种原气发动之机。
笔者认为《医旨绪余》对命门之认识有三方面：一是命门并非一个有形质的脏器，既无经络之循行，也无动脉之可诊；二为其部位虽在两肾之间，但不过是肾间动气所在、造化之机枢而已；三曰肾间动气虽为脏腑之本，生命之源，但并非是火。
其论三焦，宗《难经》无形之说，认为三焦为上、中、下三焦地位的合称，持三焦外有经而内无形之说。反对《脉诀》命门配三焦属相火之说，认为命门为三焦之源，“命门不得为相火，三焦不与命门配”，应以三焦、包络为相火。
孙氏以其命门、三焦理论指导其临床辨证论治，尤重对三焦原气的保护与治疗。由于三焦为原气之别使，又为相火之用，凡命门原气不足或相火衰弱皆可导致三焦原气不足，出现上不纳气，水谷不化，清浊不分。其辨证，重明辨表里寒热虚实气血。其立法主张宜权变不可执一，其施治喜益气温元慎苦寒，倡升降周旋忌呆滞。
“痰先治气”是《医旨绪余》在治疗痰病方面之认识，推究其理，盖为“痰因气病而生”之故。痰因气生，非人身素有，是津液代谢失常，凝滞结聚而产生的病理产物。津液赖阳气以蒸化鼓舞，乃能输布周身。明代王纶《明医杂著》指出：“痰者，病名也。人之一身，气血清顺，则津液流通，何痰之有？惟夫气血浊逆，则津液不清，熏蒸成聚而变为痰焉。”气滞津停生痰，情志不和，肝气郁结，疏泄不利，气滞则津停为痰；饮食失节，脾胃损伤，运化失司，中焦失和，湿浊内留为痰；外邪侵袭，肺气失宣，水道不通，津液停滞，结而为痰。其经治之法在于理气、益气。
一方面凡病而有痰者，皆当化痰，但化痰必须注重理气。这是因为痰因气病，气顺则痰利。《医旨绪余》指出：“是以治痰必先利气者，谓痰之所从来，皆由七情郁结，气道不清，气积生涎，今利其气，使郁结开而气道畅，抑何痰饮之有？宜七气汤、越鞠丸之类治之是也。”半夏厚朴汤方中厚朴、紫苏是辛散利气之良药，是方又称七气汤，功在开郁利气化痰降逆。半夏、厚朴虽皆化痰之品，二物味辛性温，辛散善于走气，温通则能开结，药虽两味，但身兼化痰、理气、和中三效。
另一方面，由于脾胃虚弱，运化无力，可见湿聚痰生证。气虚不运，津液不布，痰自内生。津液因气化而行，若脏腑损伤，阳气亏虚，气虚不运，阳虚不化，津液亦因之而停滞不化，结聚生痰。此时宜用益气化痰之法。《明医杂著》指出：“若因脾胃虚寒，而痰凝滞者，宜用理中化痰丸；若因脾虚而痰滞气逆，宜用六君子加木香；若因脾胃虚弱而肝木乘侮，宜用六君子加柴胡。”六君子汤、香砂六君子汤，此均为在二陈汤之基础上，加人参、白术、茯苓、甘草益气健脾之品助运化，是补虚益气与化痰并施之法。统观此书治痰之法，皆以治气为首务，而治痰之方，又以调气为先。