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HIS作为医疗电子数据库的主要表现形式，在我国医疗卫生行业中应用已有20余年的历史。它是利用计算机软硬件技术、网络通信技术等现代化手段，对医院及其所属各部门人流、物流、财流进行综合管理，对在医疗活动各阶段和各流程中产生的数据进行采集、存储、处理、提取、传输、汇总、加工生产各种信息，从而为医院的整体运行提供全面的、自动化的管理及各种服务的信息系统。
纵观我国近20年大中型医院的医疗信息化发展历程，总体来说到目前为止可以分为以下三个发展阶段。
第一阶段是系统的建设阶段，时间节点在2000年前后。各家医院HIS从无到有，从小到大，实现了从手工到计算机的转变。这一阶段的特点是电子化、联网化，各医院纷纷设立医院信息中心，建立医院级数据机房、基础网络和中心数据库，并构建各类信息系统，用以替代以前的手工报表、电子报表以及单机版的信息管理软件。这一阶段的信息系统涉及医院经济运行和医生、护士、检查科室、检验科等与患者医疗相关的多个环节，其中医疗电子数据涉及医嘱处理、病历记录、药品管理、检查、检验、监护等多个业务系统，这些系统在帮助医护人员完成业务工作的同时还充当医疗信息收集者的角色。
第二阶段的时间节点在2010年前后，是以电子病历为代表的发展阶段。在这一阶段各医院实现结构化电子病历的同时，还进行临床路径和各信息系统数据集成的研究工作，如形成电子病历系统（electronic medical record system，EMRS）、影像归档和通信系统（picture archiving and communication systems，PACS）、实验室（检验科）信息系统（laboratory information system，LIS）等。实现临床医疗数据的全流程管控，进而产生真实、全面、完整的患者电子健康档案和医疗记录。其核心价值是能够满足临床诊疗过程中的信息需求，可以为医生临床诊疗实践提供信息支持，以及为患者提供更全面的临床决策与诊疗服务。同时，产生的数据具有更高的科研价值，主要表现为具有医疗过程管理能力、电子化临床路径、闭环医嘱管理，以及部分医疗辅助决策支持系统的实施应用等。现今，尚有诸多医院的信息系统仍处于这一发展阶段。
第三阶段为部分医院已开始尝试并取得了一定成果的全面智能型医院信息化基础的构筑，主要内容是在数据集成的基础上搭建集成平台，以及在其基础上的各类数据中心和相关顶层应用的建设。这一阶段要完成全部信息系统数据在统一接口上的互联互通和综合利用，然后在覆盖医疗全流程的一致的数据基础上构建临床数据中心、管理数据中心、影像数据中心和区域数据中心等多种类型的数据中心，并且构建更多类型的内外网智能应用，更好地将集成的数据应用于临床诊疗辅助决策和科学研究，以及应用于医院指导经济运营和患者提高满意度。同时，这也为HIS数据在临床大数据研究中的应用提供了更好的契机和更宽广的平台。