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在制定方案时即需对预期达到的目标与成果有明确的认识，预期目标与研究目的须对应，要能够解决研究的临床问题，证实科学假说，首尾相顾，从而完成一份完整的科学研究。预期的成果是疾病和药品在临床大数据里的应用情况，可以是疾病发病规律、用药方案、剂量与用法用量、证候分布规律、使用临床实践指南等，药品有效性、安全性、经济性、合理用药、联合用药等研究报告。
通过以上研究方案中涉及的题目、背景、目的、研究方法等关键问题的详细说明，对研究方案的制定能够起到一定的指导作用，但是在方案制定中还会有更多具体的问题出现，此时可参考临床流行病学、药物流行病学以及相应的指南，从而设计出符合临床大数据研究特征的临床研究方案。