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处方序列分析（prescription sequence analysis，PSA）是药物流行病学的设计类型，由Petri在文献中加以介绍，是一种依据药品处方记录来检测药品反应的研究方法，主要用于研究药品的不良事件（adverse event，AE）。
PSA方法的使用要求基于现有的、完备的处方记录数据库来实现，当某些药物的AE本身是其他药物使用的指征时可以使用。因为在这种情况下，患者的处方药物记录会显示出某种特定的药物使用先后序列（顺序），在大量的处方记录数据库中表现出特定的频率分布，比如药物1和药物2，其中药物1是最初处方的药物，产生了某种AE，而这种AE需要药物2来治疗，这样在数据库中两种药物的使用频率分布就会发生变化，根据药物频率的变化确定哪些患者发生AE，从而对其特征或治疗进行研究。
可利用HIS数据采用PSA开展某些中成药发生AE的研究。药品AE属于小概率事件，在药品上市前由于样本量限制而难以发现，因此需要进行上市后的研究。HIS中记录了大量来源于临床大数据研究的临床诊疗数据，完整记录了患者住院期间的所有用药信息，但并未记录患者是否发生了AE，如当患者使用某种中成药发生过敏反应时，可能使用地塞米松注射液进行治疗，从时间上存在序列关系，符合PSA的使用条件，因此适宜采用此种方法进行分析。
PSA作为AE研究的一种类型，较其他药物流行病学研究方法耗时少且经济，研究结果外推性更好。但是本研究结果也存在局限性，由于属于回顾性的观察性数据，偏倚与混杂会对结果造成一定影响。