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《灵枢·经脉》记载：“经脉者，所以能决死生，处百病，调虚实，不可不通。”说明了经络在生理、病理和疾病的防治等方面的作用。其所以能决死生，是因为经络具有联系人体内外、运行气血的作用；处百病，是因为经络具有抗御病邪、反映证候的作用；调虚实，是因为刺激经络有传导感应的作用。
经络具有联络和沟通作用。人体的五脏六腑、四肢百骸、五官九窍、皮肉筋骨等组织器官通过经络的联系而构成一个有机的整体，完成正常的生理活动。十二经脉及其分支等纵横交错、入里出表、通上达下，联系了脏腑器官，正如《灵枢·海论》所说：“夫十二经脉者，内属于腑脏，外络于肢节。”
《灵枢·本脏》说：“经脉者，所以行血气而营阴阳，濡筋骨，利关节者也。”气血必须通过经络的传注，才能输布全身，以濡润全身各脏腑组织器官，维持机体的正常功能。如营气之和调于五脏，洒陈于六腑，这就为五脏藏精、六腑传化的功能活动提供了物质条件。
《素问·气穴论》说“孙络”能“以溢奇邪，以通营卫”，这是因为孙络的分布范围很广，最先接触到病邪。当疾病侵犯时，孙络和卫气发挥了重要的抗御作用。
经络又是传注病邪的途径，当体表受到病邪侵犯时，可通过经络由表及里、由浅入深。《素问·缪刺论》载：“夫邪之客于形也，必先舍于皮毛，留而不去，入舍于孙脉，留而不去，入舍于络脉，留而不去，入舍于经脉，内连五脏，散于肠胃。”说明经络是外邪内传的渠道，外邪从皮毛腠理内传于脏腑。
经络也是病变相互传变的渠道，是脏腑之间、脏腑与体表组织器官之间相互影响的途径。如心热移于小肠、肝病影响到胃、胃病影响到脾等，是脏腑病变通过经络传注而相互影响的结果。此外，内脏病变可通过经络反映到体表组织器官，如《灵枢·邪客》说：“肺心有邪，其气留于两肘；肝有邪，其气留于两腋；脾有邪，其气留于两髀；肾有邪，其气留于两腘。”
针刺中的得气和气行现象都是经络传导感应的功能表现。人身经络之气发于周身腧穴，《灵枢·九针十二原》说：“节之交，三百六十五会，所言节者，神气之所游行出入也。”所以针刺操作的关键在于调气，所谓“刺之要，气至而有效”。当经络或内脏机能失调时，通过针灸等刺激体表的一定穴位，经络可以将其治疗性刺激传导到有关的部位和脏腑，从而发挥其调节人体脏腑气血的功能，使阴阳平复，达到治疗疾病的目的。
经络学说的临床应用，主要表现在诊断和治疗两个方面。
1.经络辨证 是以经络学说为理论依据，对患者的症状、体征进行综合分析，以判断病属何经，并进而确定发病原因、病变性质及病机的一种辨证方法。经络有一定的循行部位和脏腑属络，可以反映经络本身及所属脏腑的病证，所以在临床上，根据疾病所出现的症状，结合经脉循行的部位及所联系的脏腑，可以指导分经辨证。如头痛一症，痛在前额部多与阳明经有关，痛在侧头部多与少阳经有关，痛在后头部多与太阳经有关，痛在巅顶部多与厥阴经有关。另外，临床上还可以根据所出现的证候进行经络辨证，如咳嗽、鼻流清涕、胸痛、上肢内侧前缘痛等，与手太阴肺经有关。
2.经络望诊 是通过观察经络所过部位皮表所发生的各种异常改变来诊断疾病的方法。经络望诊主要观察全身经络穴位的色泽、形态变化，如皮肤的皱缩、隆陷、松弛，以及颜色的变异、光泽的明晦、色素的沉着和斑疹的有无等。《灵枢·经脉》说：“凡诊络脉，脉色青则寒且痛，赤则有热。胃中寒，手鱼之络多青矣；胃中有热，鱼际络赤；其暴黑者，留久痹也；其有赤有黑有青者，寒热气也；其青短者，少气也。”说明诊察络脉所表现的各种不同颜色，是诊断不同病证的重要依据之一。
3.经络腧穴按诊 是在经络腧穴部位上运用按压、触摸等方法来寻找异常变化，如压痛、硬结、条索状物、肿胀、凹陷等，借以诊断疾病的方法。这一诊法常可为针灸临床治疗提供选穴的直接依据。经络按诊的部位多为背俞穴，其次是胸腹部的募穴以及四肢的原穴、郄穴、合穴或阿是穴等。
4.切脉诊断 也是经络腧穴按诊的重要组成部分。《灵枢·九针十二原》指出：“凡将用针，必先诊脉，视气之剧易，乃可以治也。”目前临床切脉，独取手太阴肺经寸口，但在临床上遇到危重患者时，除了寸口之外，还须兼切趺阳、太溪二脉，以验胃气、肾气之存亡。《素问·三部九候论》所说的对人身上、中、下各部经穴的遍诊法，以及《伤寒论》提出的人迎、寸口、趺阳上中下三部合参诊脉法，都是以经络学说为依据的。
5.经络腧穴电测定 是利用经络穴位测定仪检测经络腧穴部位的电参量，借以判断各经气血之盛衰的方法。测定内容主要包括经络穴位皮肤的电阻或电位。由于人体腧穴具有低电阻特性，并且还受疾病等因素的影响而发生变化，因此，测定这些变化，对于诊断经络脏腑疾病和选取治疗穴位，都有一定参考价值。
1.指导针灸治疗 首先，指导针灸临床选穴。在明确诊断的基础上，除选用局部的腧穴外，通常以循经取穴为主，即某一经络或脏腑有病，便选用该经或脏腑的所属经络或相应经脉的远部腧穴来治疗。例如上病下取、下病上取、中病旁取、左右交叉取及前后对取等。如胃痛近取中脘，循经远取足三里、梁丘；胁痛循经选取阳陵泉、太冲；前额阳明头痛，循经选取上肢的合谷穴和下肢的内庭穴等。《四总穴歌》“肚腹三里留，腰背委中求，头项寻列缺，面口合谷收”就是循经取穴的很好例证。其次，指导刺灸方法的选用。如根据皮部与经络脏腑的密切联系，临床上可用皮肤针叩刺皮肤、皮内针埋藏皮内来治疗脏腑经脉的病证；根据“菀陈则除之”的原则，使用刺络出血的方法来治疗一些常见病，如目赤肿痛刺太阳出血，咽喉肿痛刺少商出血，急性腰扭伤刺委中出血等；经筋的病候，多表现为拘挛、抽搐等症，治疗多局部取穴。
2.指导药物归经 药物按其主治性能归入某经或某几经，简称药物归经，它是在分经辨证的基础上发展起来的。因病证可以分经，主治某些病证的药物也就成为某经或某几经之药。徐灵胎《医学源流论》说：“如柴胡治寒热往来，能愈少阳之病；桂枝治畏寒发热，能愈太阳之病；葛根治肢体大热，能愈阳明之病。盖其止寒热、已畏寒、除大热，此乃柴胡、桂枝、葛根专长之事。因其能治何经之病，后人即指为何经之药。”此外，中医各科也可以经络理论为依据进行施治，如目病有时可以不治目而用补肝的方法，因为肝经联系于目；心火上炎的口舌生疮，可清泄小肠，导火下行，是因为心与小肠为表里，在体内通过经络有联系等。