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一些临床药物及科研试剂是干扰RNA合成的抗代谢物。
2-氨基嘌呤、6-巯基嘌呤、8-氮鸟嘌呤、硫鸟嘌呤、5-氟尿嘧啶、6-氮尿嘧啶等碱基类似物有以下作用。
1.作为核苷酸抗代谢物直接抑制核苷酸合成 例如6-巯基嘌呤进入体内可通过补救途径转化为巯基嘌呤核苷酸，抑制嘌呤核苷酸的合成，在临床上用于治疗急性白血病和绒毛膜上皮癌等。
2.掺入RNA 使其形成异常结构，失去生物活性。例如5-氟尿嘧啶能掺入RNA，在临床上用于治疗直肠癌、结肠癌、胃癌、胰腺癌、乳腺癌等。
以核苷类前药利巴韦林（XJ05AB，XJ05AP）为例，作为嘌呤核苷类似物，其磷酸化产物发挥以下作用：①掺入RNA病毒的RNA：诱导致死突变。②抑制RNA病毒的RNA聚合酶：从而抗RNA病毒复制。③抑制某些DNA病毒RNA加帽：从而抑制其翻译，如痘病毒。④抑制IMP脱氢酶：从而抑制GTP的从头合成，抗DNA病毒，但因此有副作用。⑤增强T细胞的抗病毒活性：例如抗丙型肝炎病毒（HCV）。
● 国家食品药品管理总局（CFDA）在2006年的药物不良反应信息通报（第11期）中指出“警惕……利巴韦林的安全性问题”。
一些放线菌素，包括放线菌素D、色霉素A
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、橄榄霉素和光神霉素等，属于模板干扰剂。放线菌素D是从链霉菌中分离到的含肽抗生素，在与DNA非共价结合时，其酚
嗪酮（phenoxazone）环平面可嵌入（intercalation）相邻的GC碱基对之间，其肽部分在DNA的小沟内阻碍RNA聚合酶移动转录，且对原核生物和真核生物都有效，故用于治疗某些肿瘤。
某些抗生素和化学药物能够抑制RNA聚合酶活性，从而抑制RNA合成。
1.利福霉素 是1957年从链霉菌中分离到的一类抗生素，能强烈抑制革兰阳性菌和结核［分枝］杆菌，对其他革兰阴性菌的抑制作用较弱。利福平（XJ04AB，XS01A）是1962年研发的半合成利福霉素B衍生物，有广谱抗菌作用，对结核分枝杆菌杀伤力更强，用于治疗肺结核。不过有1/3患者的结核分支杆菌会发生突变而产生耐药性。利福霉素及其同类化合物的作用机制是与细菌RNA聚合酶全酶β亚基活性中心旁的RNA-DNA结合区特异性结合，抑制其活性，将转录起始阻止在RNA只合成2～3nt的环节，即抑制启动子清除。
2.利迪链菌素 与细菌RNA聚合酶的β亚基结合，抑制转录延伸反应。
3.α鹅膏蕈碱 是真菌毒鹅膏（又称鬼笔鹅膏）合成的一种八肽，可抑制真核生物RNA聚合酶活性（抑制移位，从而抑制启动子清除），特别是RNA聚合酶Ⅱ（ K d =10nmol/L），致死浓度10 -8 M。对细菌RNA聚合酶的抑制作用极弱。