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实验动物从生产到使用都要经过运输这一环节。当把实验动物由原来的生活环境放到运输箱或运输笼，再运送到其他动物房或更远的其他实验动物中心时，可诱发动物的紧迫或危机感。如果运输方法不当，还可能对动物造成严重伤害。因而在运送实验动物的过程中必须采用合适的运输方式，使用符合实验动物质量标准等要求的运输工具和笼器具，保证实验动物的质量和健康要求。同时必须遵守国家、地方实验动物运输过程中的相关法律和法规。大多数国家都颁布了动物运输的检疫法和动物保护法。科技部《实验动物管理条例》第4章第21条规定：“实验动物的运输工作应当有专人负责。实验动物的装运工具应当安全、可靠。不得将不同品种、品系或者不同等级的实验动物混合装运。”
运输过程中承载实验动物的运输笼（箱）结构、材质要符合实验动物健康和福利标准，无毒、无味，并符合运输规范和要求。运输箱或运输笼必须足够坚固，能防止动物破坏、逃逸或接触外界，并能承受短暂性的挤压。运输箱或运输笼的大小、形状应符合运输实验动物的生理、生态和习性等生物学特性，在运输前提下使动物感觉舒适，保证实验动物的健康与安全。运输箱或运输笼可分成一次性和反复消毒两种。在运输无特定病原体动物（SPF）时，运输箱或运输笼需要加一层特殊滤网，以防止外界微生物的污染，同时保证足够的通风换气。注意在同一运输箱或运输笼内不能混合不同品种、不同性别或不同等级的动物。
国际实验动物运输以空运为主。空运动物必须符合国际空运协会（International Air Transport Association，IATA）的空运规定。规定包括活动物空运运输箱的规格及空间要求，以及濒临绝种动物国际交易公约（Convention on International Trade in Endangered Species，CITES）的名单附录。IATA对活动物空运规定每年都会更新一次，所以每当有国际动物运输时，应依当年规定为准。国际动物运输和进出口，必须注意是否有齐全的文件及证明，因为齐全的证明文件是动物进出机场海关所必需的。
从国外科研单位、高等院校或供应商进口小鼠，通常情况下需要先在国内委托一家有代理进出口资质的公司，签订委托代理进口合同；再由该进出口公司与国外联系安排进口流程。在整个进口过程中，需要与代理进口公司积极配合，向海关、出入境检验检疫局和相关政府部门（林业部门、农业部门、濒管办等）提供所需的各种信息和说明。以进口小鼠为例，流程如下。
1.与国外确认可以出口所需的实验动物品种、品系和可行的运输路线。
2.寻找代理进口公司，并签订代理进口合同。
3.确定进口动物的隔离检疫场。
4.代理进口公司到当地出入境检验检疫局申请进口检疫许可证（通常需要1个月时间）。
5.得到进口检疫许可证后，由代理公司与国外协调安排运输、清关。
进出口家畜或野生动物，应遵循国际兽疫办公室（International Office of Epizootics，IOE）的规定，还要根据我国出入境检验检疫局的规定，动物出入境必须取得国家出口或进口许可证，不能进口来自特定疾病疫区的动物。依国际规范，野生猎捕灵长类动物需测试肺结核、疱疹B病毒、埃博拉和其他相关传染病病原才能引进。亚洲来源的野鼠需检疫汉坦病毒，才能进口用作实验动物。我国引进其他国家的实验动物（啮齿类），须要求动物健康证明文件（health certificate）。
空运活动物规定包括最佳的动物运输容器设计，重点推荐空气滤网容器。实验动物装运前应反复审核运输箱的安全性，检查通气孔及滤网通风是否顺畅。箱外必须贴上标签，标签包括下列内容。
1.收件人姓名、地址、单位及电话。
2.寄件人姓名、地址、单位及电话（以及紧急联络电话号码）。
3.装箱时间、运输日期及时间。
4.动物数量、性别、品种、品系和年龄等相关资料。
5.运输箱件数。
6.动物健康证明或相关资料。
动物装箱运输时，需要有足够的空间可以移动身体。同时也要避免因运输中的摇动致使箱内动物受伤。运输箱设计要考虑动物能站、坐、躺及回转，常以单只动物大小、体重设计运输箱的公式。
长度=从鼻到尾根部的体长再加1/3长度。
宽度=动物的肩宽乘2倍。
高度=头可完全抬举的高度。
常见实验动物装箱规格如表3-17。
表3-17 实验动物装箱规格
续表
1.实验动物运输前，应详细了解和严格执行国家对鲜活动物运输的有关规定。实验动物的进出口运输管理，还应按照国际上动物运输和进出口的有关规定办理。
2.在运输装卸时，实验动物应最后装上运输工具，到达目的地时，应最先离开运输工具，以减少实验动物的在途时间。地面运送实验动物应使用专用运输车，配有维持实验动物正常呼吸和生活的装置及防震设备，小动物运输车还应配置温控设备，以控制运输车内的温度。
3.实验动物运输应按相应等级标准进行包装和运输。运输时装箱（笼）密度应符合实验动物生理、生态要求。不同品种、品系、性别和等级的实验动物不得混合装运，以防止相互干扰。
4.实验动物在水陆运输时，应有懂得实验动物方面知识的人员负责管理；空运时，发运方应将飞机航班号、到港时间等相关信息及时通知接收方，接收方接收后应尽快运送到最终目的地。
5.一般超过4小时以上的长途运输应供给动物充足的、含水量丰富的营养性食料；也可使用饮水瓶，但需有防漏措施。
购入的实验动物需进行隔离检疫。在检疫期间对动物的呼吸系统、消化系统及其他病状进行常规观察，并按本单位检疫规范做细菌、病毒、内外寄生虫的抽样检测。检疫目的在于使所有新引入动物能尽快适应新环境，并且经过适当的检查以保证动物的品质，防止疾病的感染或排除特定的病原体感染。以小鼠为例，检疫范围应包括进入本单位所有动物室、转基因动物室、实验室的动物。
1.动物抵达单位后，立即隔离饲养在隔离检疫室中，预期在隔离检疫室观察饲养14天；主管兽医师可根据新进动物情况与其来源，决定是否需要再观察10～14天。
2.隔离检疫室为独立的饲养设施，有条件的单位应采用IVC或隔离器饲养新引入的动物。所谓独立是指隔离检疫室有独立的饲养环境，出入隔离检疫室的人、物、料、气、水应是完全独立的。此室备有通道式高压灭菌器和传递箱（passing box）与渡槽，所有器具与物品都必须经过此高压灭菌锅或传递箱搬运进入本室；检疫室废弃物、动物样品、尸体等通过高压灭菌锅灭菌后运出。
3.动物引进时，若有动物死亡或有临床症状呈濒死状态，应做全套病理解剖，必要时应做病毒抗体测定及细菌分离等工作。
4.动物引进第一天，应由兽医师与诊断室技术员检查，记录任何异常、病变或症状，采新鲜粪便做细菌培养及寄生虫检查。体表毛发皮肤可用解剖显微镜检查有无皮肤炎、体外寄生虫或真菌感染。
5.动物引进后第一周，如有必要（根据进口动物健康证明书），同一来源的动物取3～5只，由眼眶或尾静脉采血。制备血清做特定病原体的抗体测试，采新鲜粪便做寄生虫检查。
6.同一批引进动物数目足够时采样5%，如有必要（根据进口动物健康证明书）考虑随机挑选3～5只做全套病理解剖及微生物培养。
7.种质保存单位可引入7～8只公鼠，其中3～4只用作微生物检测，主要检测能垂直传递的病毒、细菌和寄生虫。检测结果阴性即采用同步发情、胚胎操作或剖宫产、保姆鼠代乳的办法，通过传递窗传入配种后的受体母鼠的子宫、输卵管。
8.工作人员离开隔离检疫室，务必脱去进入隔离检疫室穿戴的衣帽鞋等，经清洗后，离开动物房，且避免当天再度进入其他动物饲养和动物实验区。
9.对病原检查阳性鼠群，动物不可移动，由兽医师报告单位主任后予以处理。
10.检疫期结束，负责兽医师填上“新进动物检疫”报告并签名。报告书一份归档，副本一份送生产组。