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针对阿米巴经营模式的导入和落实，虽然各家企业所处行业不同，基础条件不同，但均需解决两个关键问题。
（1）决策层对阿米巴经营模式本质的认识与变革决心
对阿米巴经营模式的深入认识是统一决策层变革意志的基础。从实际情况看，决策层对阿米巴经营模式的认识水平参差不齐，甚至意见相左。常见误解或担忧包括：认为阿米巴就是搞承包，就是重新划分部门，换汤不换药；研产销直线职能制已执行多年，本身没有太大毛病，而且企业轻车熟路；企业问题由来已久，不是实行阿米巴就能解决的；对加大阿米巴激励有意见，认为能不能干好还是个未知数；等等。
阿米巴经营模式对一些企业来说还是新鲜事物，所以决策层对此产生分歧太正常了。况且对企业下一步发展，尤其涉及组织模式的演进，即使是决策层，某些成员可能也不清楚、不专业。但需要思考的是，随着企业的壮大和业务的多元化，多年修修补补的体制是否仍然适用？是否已成为企业发展的阻碍？用不用改变？阿米巴经营模式是不是企业的第一选择？对战略层面的问题必须给予清晰坚决的回答。一旦拍板，从高管层开始，就要坚定不移地执行，要把组织转型决策结果及执行当作纪律来要求。这样的硬性要求对推动经营模式的变革十分重要。
（2）战略澄清与业务重组
落实阿米巴经营模式的第一步并非组织架构设计，而是企业战略澄清和业务梳理。检讨公司战略，对其进行调整与完善，形成新版战略计划；根据最新战略计划，对企业多元业务进行用户群、业务属性的分析；同时，对竞争力、成长性、营利性、多业务资源保障性及组合优势反复讨论。最终，企业要依靠这些信息完成至少四项工作：
·决定是否对现有业务做加减法——增强优势业务及明确新业务，同时，压缩、冻结甚至割舍劣势业务或不具备资源支撑的业务；
·对主业与辅业做出定位，明确核心的事业；
·对业务进行属性分类，至少分出归属一致性与协同紧密性两大类别；
·开展业务模式主导思想再优化或再设计。
有了战略方向、业务布局和业务模式框架，才能为阿米巴组织设计指明方向。
从一些企业实际情况看，一步到位地蜕变到阿米巴经营模式确实存在难度，此时应该怎么敲开改制大门呢？对管理者而言，关键是找到恰当的切入点，或通过合适的过渡模式走上渐变路线，能够使团队成员有个适应期，从而比较稳妥和顺畅地完成阿米巴经营模式的构建工作。
阿米巴转型策略强调的是一种组织渐变推进模式，它呈现的是一种以阿米巴经营模式为目标和方向，从“小变”到“大变”，从“局部微变”到“整体彻变”，或“局部尝试、整体观摩”的过程，它使体制变革得以逐步展开。
下面以阿米巴组织为例，阐述体制转型的策略性路线。
（1）阿米巴试点
当企业决定尝试产品型阿米巴后，可在若干拟划分的产品线中找出一条具有代表性的产品线，委任管理团队先期试点创建出企业的第一个阿米巴，对其实施独立核算管理，而对其他产品线仍实行原有的研产销直线职能管理，待认定阿米巴试点成功后，可在企业内推广（见图2-4）。
图2-4 阿米巴试点企业组织结构
实施试点路线，企业需要较好地把握如下要点。
①选择什么样的试点产品线。试点的意义绝对不在于“救火”，因此，不能够把最糟糕的产品线交给新团队去尝试运营，不要想通过起死回生的“奇迹”来证明阿米巴经营模式是多么的优越。要知道，实行阿米巴经营模式是战略性转型，确保试点成功，这一模式才能继续下去，否则，会挫伤企业团队信心，导致思想的涣散。一般而言，应选择业务规模中等，业务发展总体稳定，存有长期成长空间，并已经暴露出对顾客需求反应速度慢、新品开发效率低、员工工作积极性降低等问题的产品线。这样的产品线所构造出的阿米巴既有挑战性，又具有发展潜力，便于企业把握，因此比较适合先期试点。
②委派一个什么水准的阿米巴长。一定要将能力突出的巴长推到试点的岗位上来，确保试点成功。这名巴长不仅要有胆识和魄力，而且管理手段要刚柔相济，善于对下对上沟通。缺乏胆识的人是不适合进行试点操盘的，因为，试点阿米巴肯定会有制度需要建立和完善，有管理课题需要探索，这种情况下，阿米巴长的凝聚力、领导力将起到关键作用。同样，过于鲁莽、一意孤行的人也不利于试点阿米巴的经营调整和管理修正，甚至可能会导致试点阿米巴的混乱和失败。
③试点阿米巴关键职能部门负责人如何选择。构建试点阿米巴，就要围绕所选择的产品线，进行研、产、销职能的整合，因此，研、产、销负责人，以及试点阿米巴关键职能部门负责人人选十分重要，那么，如何选择阿米巴关键职能部门的负责人呢？中心原则是“强调凝聚性，忽视监管性”。也就是说，要选派一批首先是阿米巴长认可的人，组建团结一致的阿米巴管理团队。所以，选人时企业可采用阿米巴长提名制，阿米巴长先提名人选，再由企业商议是否可用。另外，在上述主要原则基础上，要注意管理团队成员间的互补性，从而构建能力全面的团队。
④如何消除试点阿米巴对研、产、销职能管理者的影响。将一个产品线拿出来进行阿米巴试点，对其他产品以及研、产、销职能部门会有影响，员工会对下一步的企业体制走向有各种各样的议论和猜测。面对这种状况，企业应该做好三项工作：第一，试点前企业领导班子成员应统一思想，达成共识，并向员工公布企业的新体制走向；第二，现有未分化的产品线和研、产、销职能部门依然坚持原有业绩考核方式，确保其完成公司既定的各项经济、市场、技术、产品、管理等目标；第三，试点期间，企业可同步酝酿试点全面推开后的阿米巴构建方案，包括阿米巴长的遴选，但对这些应严格保密。
⑤试点成功后，确定是全面推行，还是一个一个剥离？试点成功后，企业马上面临一个课题，就是剩下的产品线经营是平行一次性构建出各自的阿米巴，还是走渐进的路线，一个一个地分化，直到全面实现新体制。如果企业先期试点经验总结较好，自身管控水平比较高且阿米巴长人选充足，那么一步转型到位为好。如果受各种条件所限，尤其是没有足够的、合适的阿米巴长人选，那么可以逐步剥离到位。
（2）研、产、销内部细分对应制
在保持现有研、产、销三大块职能组织平台不变的情况下，将研发、生产、销售体系按照产品线进行内部细分。即，围绕产品线在研发部门内部细分出相应的产品研发部门，该细分部门只对该具体产品的研发负责；在销售和生产体系也做这样的处理——围绕同样的产品线进行细分（见图2-5）。
图2-5 职能细分制组织结构
当细分组织构建完成后，对应产品的细分机构就构成了跨部门的协作关系。毫无疑问，这会增加一定的管理成本，但好处是围绕每个产品线的横向对应点和协作过程脉络清晰，而且围绕产品的日常经营活动下沉和权限下移，可以实现更直接的运营互动。
需要充分认识到，细分对应制的实质是阿米巴转型过程中的一个过渡模式，最大意义在于能够尝试性地进行产品线划分和对应职能互动演练，并在此过程中寻找巴长人选（将巴长候选人放到相应产品线横向协调岗位上锻炼），也使新体制到位变得顺理成章，这一模式的潜移默化效果比较突出。
当细分对应制运行一段时间后，按照产品线进行研、产、销细分职能的归集和整合，构建出若干阿米巴就变得比较容易。
在这里，还要重点说明这种细分对应制的两种深化模式。
第一种，为进一步下放经营权限，同时，也向新体制方向迈进一步，在细分对应制运行一段时间后，企业可以尝试取消研、产、销职能平台的直管负责人，而将围绕产品的细分机构从原来的平台中剥离出来，构建一个包含多个产品研发中心、多个产品销售中心的中心体制（见图2-6）。
图2-6 中心互动制组织结构
第二种，为加强对产品职能中心的协调，企业可成立暂时与各中心并列的且对应的产品协调中心（或设产品经理），以便更好地对接各职能中心间的断层，及时处理有关横向矛盾（见图2-7）。将阿米巴长的人选放在产品协调中心的负责人岗位上充分锻炼，等时机成熟时，产品协调中心就从与中心的平行关系变为垂直管理关系，但此后，这个协调中心仍是企业的一个职能管理部门，直至其与产品中心充分整合，共同纳入一个利润中心的体制框架内，阿米巴的构建就算基本完成了。
图2-7 产品协调中心制组织结构
（3）销售研发体系最先分化制
①销售体系最先分化。企业第一步可以将销售体系按照产品线（或客户）进行细分，而保持研发、生产体系不动，这样就形成了多个产品营销中心对应统一的研发、生产平台的情况（见图2-8和图2-9）。在“多对一”的模式下，可以将产品营销中心做成虚拟利润中心，为下一步的阿米巴分化做好准备。也就是说，待时机成熟，将研发、生产体系按照产品线细分后，对应归入各个营销中心，从而构建出产品线阿米巴。
图2-8 销售体系按产品线最先分化的组织结构
图2-9 销售体系按客户最先分化的组织结构
销售体系最先分化制的特点是：先构造出多个承担营销责任的利润中心，逐步吸纳研发、生产职能，从而转型为阿米巴。特别要说明的是，多个产品营销中心的使命是创造出多业务、多单位的企业体制，而且，这种最先分化形成后，营销中心将是公司各个产品线的统领机构，它的职能绝不单单是产品销售，还包括对研发、生产职能的协调。因此，实行这种体制，需要赋予产品营销中心一定的协调权限。从产品营销中心成立那一天起，就应该安排阿米巴长人选到产品营销中心工作，给他们提供充分锻炼的机会。
虽然销售体系分化制只是阿米巴转型的一个开端，但是为阿米巴的最终完善提供了一个值得尝试的路径。
②研发体系最先分化。企业从研发体系分化开始，围绕产品线或客户群形成多个产品研发中心，保持销售、生产体系不动，同样形成“多对一”的产品运营互动模式（见图2-10和图2-11）。产品研发中心可设定为利润中心，待时机成熟，吸纳细分的销售、生产职能，最终形成产品型或客户型阿米巴。
图2-10 研发体系按产品最先分化的组织结构
图2-11 研发体系按客户最先分化的组织结构
实行研发体系最先分化，研发中心就成为公司的产品运营主导机构，由其对相应产品线进行总体协调。在这种体制下，研发中心的使命已经不仅是传统意义上的技术研究、生产开发，还要在产品走向市场的全程管理中发挥协调作用。在这种情况下，围绕产品的多个研发中心就成为“产品营发中心”。
到现在，一个问题浮现了，既可以按照销售体系最先分化，也可以按照研发体系最先分化，那么企业依据什么做出选择呢？
企业可以考虑两点。第一，如果企业未来阿米巴长的人选主要来自当前销售体系，就实行销售体系最先分化制；如果来自研发体系，则实行研发体系最先分化制。只有完成“实行利润中心的分化”和“职能吸纳”两个步骤，才能使阿米巴长的成长顺理成章、水到渠成。第二，判断企业当前处于营销拉动阶段还是技术驱动阶段，根据判断优先分化处于主导地位的职能。
通常情况下，不采取生产体系最先分化制，因为企业很难通过生产体系完成围绕产品线的总体协调和产品经营职能。
某制造企业把采购部、制造部、销售部作为独立核算单位，各部门建立内部交易制度。采购部门采购原材料卖给制造部门，制造部门生产出成品后卖给销售部门，销售部门将商品出售给顾客，每个部门独立核算。
这样划分的好处在于，在采购部、制造部、销售部之间开展内部交易和独立核算，将外部市场的自由竞争引入企业内部，下一道工序的部门可对上一道工序的部门提出要求，模仿外部合作签订合同，明确产品价格、品质、交期、服务等，激励上一道工序的部门比外部的供应商更加努力。这样划分后，每个部门就是一个阿米巴（见图2-12和表2-2）。
图2-12 按照企业职能部门划分组织
表2-2 按职能部门形成的计算体系
通过例子，我们可以看出，采购部、制造部、销售部都是独立核算单位。它们之间需要通过内部交易的方式，使每个部门都有各自的支出和收入，这才是一个完整的独立核算单位。
不论是批发企业、零售企业还是制造商，由于扩大规模，都会拥有许多产品群。因此，以产品群为类别明确损益计算是极其重要的（见图2-13和表2-3）。
图2-13 按照企业的产品群（产品线）划分组织
表2-3 按产品类别形成的计算体系
某软件公司在政府市场做得非常出色，但在学校市场、医院市场没有起色，为此，该企业做了政府、学校、医院等客户群体的划分（见图2-14和表2-4）。
图2-14 按照客户群划分组织
表2-4 按客户类别形成的计算体系
某时装公司根据不同品牌定位划分了组织（见图2-15和表2-5）。
图2-15 按照品牌划分组织
表2-5 按品牌类别形成的计算体系
一般情况下，采用上述四种划分方法。此外，企业可根据其他实际情况和管理目的，考虑并实施其他方法。
＜方法1＞
·将营销部门按区域（见图2-16）进行细分，将细分部门作为计算对象，如按营业所类别设立计算单位（见表2-6），或按店铺类别设立计算单位等；
图2-16 营销部门按区域划分阿米巴
表2-6 按营业所类别形成的计算体系
·按销售渠道类别细分营销部门，并将其作为计算对象，如按直销方法类别设立计算单位等；
·按销售方法类别细分营销部门，并将其作为计算对象，如分为店铺销售和目录销售，或分为现金销售体制和分期付款销售体制等。
＜方法2＞
·按工厂类别细分制造部门（见图2-17），并将其作为计算对象，如在大工厂（见表2-7）；
图2-17 按工厂类别划分阿米巴
表2-7 以工厂为类别形成的计算体系
·按机能类别细分制造部门，将加工机能与设备维护保养机能分离，分别计算，并将加工机能细分作为计算对象。
当统一的工作以协同作业的方式实施时，不可将其细分为独立的计算单位。例如，一家服装店铺的接待流程为“迎客—待客—推介—试穿—赞美—买单—送客”，这七道流程必须以团队协作的方式完成，密不可分，一旦分割，服务的品质就会出问题。
当前工程（部门）的工作对后工程（部门）的工作有重大影响时，不可将其细分为独立的计算单位。例如，在工厂，如果上一道工序的品质对下一道工序的品质产生重大影响时，不能按照工序类别细分。
辅助部门、管理部门可以作为独立的计算单位，但不可作为损益计算的对象（只是作为计划管理）。例如，经营企划部、经营管理部、辅助部门（如财务、人事、总务、信息等）三大类部门只有费用的支出，企业只对这些部门的费用进行管理，不对其收入进行计算，否则管理成本会越来越大。
组织细分没有标准答案，没有最好的，只有合适的。如何建立经营组织是阿米巴经营模式的开始，也是阿米巴经营模式的完成，是决定成败的关键。
借鉴外部市场，阿米巴形成了内部市场，阿米巴之间既对立又统一，相互依存，相互制约，共处于一个统一体中。内部市场运行需要相应的规则和机制，否则无法维护内部交易秩序。其中，价格机制是重中之重，签订合作协议也很重要。
企业之所以能够构建起内部市场机制，主要是因为作为虚拟利润中心的多个阿米巴的存在，且阿米巴之间存在交易行为，同时，这种内部市场交易行为具有较外部市场成本更低、质量更优、效率更高以及提升企业整体竞争力的效果。因此，内部市场交易既是阿米巴自发的，一定程度上也是被企业鼓励的。为建立内部市场机制，企业需要建立一整套市场规划，以此维护内部市场秩序，使交易行为顺利并公平达成。内部市场机制的设计应把握好以下几个方面的工作。
阿米巴之间进行交易的产品或服务必须定好出售价格，这是实现内部市场交易的关键。
（1）常规产品的定价
①未实行集中生产的情况，即不存在制造型阿米巴的情况。此时，产品线阿米巴之间购买产品，可视为代理行为，因此，可以参照代理价格政策定价——临时购买或签订代理协议长期合作，甚至一方成为另外一方的总代理，什么合作模式就对应什么样的代理价格。显然，作为供方的阿米巴应提供一系列的技术服务指导与支持，这样的服务伴随销售行为产生，或在产品之外另行计价，或服务价格包含在产品售价中，总之要在代理价格政策中界定清楚。
②存在集中生产的情况，即存在制造型阿米巴的情况。为完成产品的加工制造，产品线阿米巴首先与制造阿米巴之间发生一次内部交易，该价格可参照社会制造类企业的出厂价格确定。在制造阿米巴出厂价的基础上，作为供方的产品线阿米巴仍要参照社会代理价格进行内部市场的定价，从而将产品卖给兄弟阿米巴（见图2-18）。显然，如果出厂价过高，则在一定程度上压缩了买方阿米巴的定价空间或利润空间，直至影响其价格的竞争力。
图2-18 集中生产情况下常规产品定价
现实操作中，一些企业会采用成本加成定价法确定制造阿米巴所生产产品的出厂价。采用成本加成定价法需要解决三个方面的问题。
第一，准确核算成本。相当一部分企业由于管理基础差，做不到准确核算。主要原因是数据不准，或在部分费用的归集上遇到了困难。针对一个单件产品或者一个集成项目，说不准成本到底是多少的企业不在少数。
第二，成本加成要有参照。成本加成不是封闭存在的，成本加成后的价格与外部市场价格相比较，应在一个可接受的范围内。否则，应该通过锁定出厂价倒逼制造阿米巴降低成本。
第三，内部价要固定。这里的成本加成不是随实际成本变化随时浮动的价格，而是计算后需要固定的价格。只有这样，制造阿米巴才有动力合理压缩成本，否则，会产生支持成本增加的负向激励。
（2）常规服务的定价
常规服务的定价在这里特指提供后勤服务的阿米巴对产品线阿米巴输出的服务定价。服务定价中，有的价格标准相对明确，从而容易确定内部服务的价格；有的比较抽象，没有明确标准。例如，一张A4纸的复印费比较好确定，因为外部复印社价格标准较透明，但是诸如代办劳动保险等工作不是容易确定的。此时，企业可以制订相应的服务定价原则——存在社会公认标准的要遵循社会标准，标准模糊的则按照一定成本加价率进行定价（成本加成定价法）。成本加价要有理有据。在这一点上，产品线阿米巴就可以起到监督的作用。无故加大成本是不能被接受的，因管理问题导致的成本过高也是不能被接受的。加价率的确定可遵循此流程：服务阿米巴提供方案，阐述服务的价值，并据此制订适合的加价率，报请企业审批。当然，产品线阿米巴可以对此提出质疑，要求复审。成本和加价率的意见交换为内部服务价格的确定提供了协商的基础，如仍争执不下，可由企业进行价格仲裁。在这里，需要说明的一个细节是，供各阿米巴使用的房屋的租金，可以参照社会房租来定价。当然，为了降低新建阿米巴的成本，也可推行某些优惠政策，给予房租优惠甚至免租。
（3）分利模式的定价
阿米巴间分利模式实质是内部交易定价的一种形态。要知道，阿米巴之间的合作不仅是产品和后勤服务交易两种。例如，A阿米巴的大客户订单是在B阿米巴的大区机构协助下签订的，也就是说，B阿米巴并没有从A阿米巴购买产品后再出售给客户，而是在商务环节做出了贡献、体现了价值。此时，A阿米巴要评估B阿米巴的贡献，并为其分利。分利方式主要基于该订单实现的毛利或收入，以此为基数，计算提成。如A阿米巴承诺，将订单毛利的30%分给B阿米巴。当然，由于毛利的核算并不能做到完全透明，B阿米巴为了保障自身利益，也可以要求A阿米巴按照合同金额的一定比例（比例定价法）分利。如果A阿米巴与B阿米巴合作非常愉快，那么有可能达成长期合作，并将分利模式确定下来。
一般说来，在某些行业里分利标准是约定俗成的，计提多少比例行业内资深人士都会知晓。但是这样的标准还是不够细化，且合作情况比较复杂，对贡献大小并不能做到百分之百的准确评估，因此，双方还是要协商确定分利标准，并在长期合作中将这一标准稳定下来。
在内部市场当中，内部协议是内部市场交易的法制性约定与凭据。阿米巴要保护自己，避免自身在内部市场中蒙受损失或引起麻烦，就应该严肃、规范、细致地起草并签订相应协议。具体协议往往要基于总公司的若干类别的协议范本，因为内部协议是总公司对内部市场的职能部门的备案。这里的备案实质带有公正、审查性质，如果协议签订存有重大疏漏、模糊甚至违规条款，总公司将不予备案，此时，当事双方阿米巴要及时修改协议，交易也将被冻结，无法实现既定操作。例如，在作为供货方的A阿米巴与作为代理方的B阿米巴签订的代理协议中，A给B的代理价低于外部代理价50%，而B承诺的协议销售额并没有体现出很大的销售额贡献，对于这样的一份协议，总公司职能部门显然要提出质疑。再比如，融资协议中注明了此笔内部融资免息，但从货款额度、还款周期以及阿米巴的现实情况来看，不应该给予优惠免息，则相关阿米巴要做出解释。
阿米巴内部市场中使用的内部协议一般包括：临时性购销合同、区域或行业代理协议、区域或行业总代理协议、某条产品线总代理协议、临时性分利协议、服务协议、咨询协议、顾问协议等。一般来说，这些协议应参照外部市场通行的协议、合同来制订，并结合本企业有关政策与规则的要求进行改进。
对于没有签订内部协议而直接交易的行为，需要在结算时补办协议，否则结算中心无法实现款项的划拨。同时，由于这样的做法没有遵守内部市场交易规则，属于违规行为，影响了内部市场运行秩序，因此，企业对阿米巴及相关负责人要进行经济处罚。
内部协议的条款要保持一个逐步完善和优化的态势，该工作要由总公司管理部门坚持做好，只有这样，总公司才能对内部交易过程起到更严格的监管与约束的作用。
第一，阿米巴建立之初，如果需要公司政策扶持，总公司管理费用可以暂时不分摊下去，但要记得阿米巴的利润并未分摊总公司费用（例如，阿米巴的利润为正，但分摊了费用也许就为负数等情况），并以此为前提来高设阿米巴的经营指标，同时，利润要处于严密监控下。待核算水平提高后，分摊工作可以正常启动、落实。
第二，阿米巴往往都有这样的担心：总公司费用分摊多少不受控，如果费用高，会直接冲减阿米巴利润。实际上，总公司费用要控制在预算额度内，花超了不向阿米巴多分摊，花少了也不向阿米巴增利润，阿米巴只承担预算额度部分。总公司费用预算会带来两个好处：一是阿米巴不用担心超预算额度的费用；二是总公司要加强费用的管控，否则超出预算部分会直接冲减公司利润。
第三，阿米巴的奖金应在考虑了总公司分摊费用后进行预算，这样阿米巴就不必担心奖金会受到总公司分摊费用的影响。
第四，按照阿米巴组织铁三角模型，如果建立了产业服务阿米巴，那么总公司的部分费用会通过内部交易获取，这部分费用就不存在分摊的问题了。
第五，对于总公司其他待分摊费用，如果用类似于销售额、销售量、毛利额、利润额、固定费等占比口径来一刀切地大分摊，误差会较大，也不合理。因此，要对费用分类，然后逐项找出分摊标准，不同费用分摊标准可能不同，但是会相对合理和准确。
企业实行阿米巴经营模式，其集中核算主要包括两个方面内容。
为支持公司经营管理会计汇总，确保公司基本经营管理会计运行有序以及体现对阿米巴经营成果评估的公平性，总公司需要统一全公司范围内的财务核算口径与标准，在充分体现阿米巴之间业务差异性的同时，尽最大努力做到求同。例如，横跨不同行业的阿米巴，在成本、费用核算，固定资产目录内容、折旧方法等方面可能存在差异。再比如，会计科目的设置是否存在一定差异，尤其在涉及销售额、费用、利润和特殊业务方面，而且在多级核算单元体系中，会计科目的设置是个关键细节，需要满足统一核算的要求。当然，对阿米巴经营管理会计核算流程也要予以规范，重要流程制度需要公司审批。
在核算上，使用信息化手段是个必然。在信息技术的支持下，企业可以顺利实现账表一体化的核算模式，即在企业整体账表中，各利润中心分别拥有自身的账表——这当然也是阿米巴的必然核算模式。在信息化技术的帮助下，这套系统运行得更具效率，企业的很多分析、管理意图可以快速实现。
为建立虚拟利润中心体制，企业可向阿米巴注入虚拟资本金，同时，明确阿米巴利润核算模式和过程，界定内部收入和内部采购行为，并根据阿米巴所在行业特性、所持业务的不同提供详细的计算方法。其中，对阿米巴间内部交易价格的提前确认十分重要，因为这是阿米巴内部核算的重要基础。总公司作为管理机构，需要计提管理费用及各项资源统筹等费用，如基础研发基金、全国性形象品牌维护费用等。这些费用的计提要遵循一定规则，其在阿米巴间的分摊比例也要体现出公平性。
阿米巴的利润核算不同于常规利润核算。首先，阿米巴是公司内部创建的利润中心，并非法律意义上的公司，因此，阿米巴的利润核算属于内部核算，不受法律规范约束，利润核算模式完全可以按照管理意图来设计。其次，要彻底明白企业实行阿米巴经营模式的意图，在于模拟公司化运营，强调最重要的经营成果——利润，并为企业下放权力及阿米巴自主操作与发展提供空间。
常规利润核算有明确的核算步骤和体系，阿米巴的利润核算为何不遵照既定模式，却要另辟蹊径呢？除了上面说到的内容外，主要是为了通过利润核算过程建立更直观、更有效的激励和约束机制，从而推动阿米巴良性发展。换言之，就是为了弥补常规财务核算的不足，而用更具引导和管控作用的经营管理会计核算体系取而代之。阿米巴的利润核算，独到之处包括至少以下四个方面。
（1）阿米巴的利润结果可以不等同于常规财务利润结果
利润=收入-应归集的成本与费用，这是公认的利润公式。但在阿米巴经营模式下，作为经营单元的阿米巴，其利润核算则体现了一定的创新性和灵活性。
例如，对于产品线阿米巴与销售阿米巴分开的情况，该怎样核算前者的利润呢？通常想法是，产品线阿米巴利润=按内部供货价核算的内部收入-应归集的成本与费用。可是，在现实中，核定内部供货价却是一个难点。原因有两点，一是外部市场价格信息难以收集，从而无法参照，二是供求双方阿米巴难以达成共识，甚至公司都无法快速做出公正判别。另外，如果客户端市场价格波动达到一定幅度，那么内部价是否要及时做出调整等，这些都是要考虑的问题。一句话，内部定价体系是一套繁杂的体系，并可能导致重重矛盾，带来较大内耗，甚至会因有失公允而挫伤某一方的积极性。
那么，有没有既能实现常规利润又相对简明的利润核算方式呢？是否可以绕开内部供货价，而以用市场价计算的收入的一定比例直接作为产品线阿米巴的收入呢？好处是收入信息非常明确，收入的计算特别简单。再有，市场压力会直接传递给产品线阿米巴。在成本费用不变的情况下，产品如果具有竞争优势，则价格会提高，阿米巴的利润就高；相反，则会压缩利润空间。或者虽然产品降价了，但产品线阿米巴压缩了成本，仍会保持较高利润。
显然，这样一种利润核算方式不同于内部价方式——当市场价格面临压力时，如果采用内部价计算收入，那么产品线阿米巴会竭力反对降低供货价，因为其面对的是平级的销售阿米巴，肯定会基于各种理由为自身利润辩护。而将用市场价计算的收入的一定比例确认为阿米巴收入的方式则不然，因为客户议价能力不可同日而语。面对客户的降价要求，阿米巴如果想要继续保持利润，要么把产品做出差异化优势，要么降低成本费用，而这样一种刺痛及快速反应，正是企业所希望的，也是阿米巴自身急需的。
同时，对于销售阿米巴，在利润核算上也可以做出有益的改变。通常情况下，其利润核算思路为：用市场价计算的收入-产品内部采购成本-销售阿米巴自身费用-其他分摊费用。不过，还有一种简单的计算方式：市场价计算的收入的一定比例-销售阿米巴自身费用及其他分摊费用。这样核算的好处是，销售阿米巴的利润不受内部供货价的影响，不必为产品线阿米巴的成本控制不利来买单，因为销售阿米巴确实无法参与其他阿米巴的降本工作。当然，确定这个收入的比例还是有难度的，可根据销售阿米巴和产品线阿米巴两个部门利润率相等倒推来确定各自收入的比例。
交易就是站在经营者的立场，对交易的立场进行设定，是以自己为核心参与市场竞争还是以顾客和市场为核心参与市场竞争。站在顾客的立场设定交易价格为拉动式，即比率定价。站在供给方的立场设定交易价格为推动式，即成本加成。在增量市场用成本加成法是可行的，但在存量市场用比率定价法比较适合，因为竞争激烈，所以顾客说了算。
（2）阿米巴收入项的设计
现举例详细说明。
①针对阿米巴是按产品线划分，而且为研产销一条龙的情况——这是最贴近公司制的阿米巴类型，利润核算也最接近公司利润核算方式。不过即使如此，也可以将利润公式中的收入换成到账回款。这样一种改变，目的在于强化阿米巴的回款意识，减少欠款积压，保障现金水平。当然，这么做是要具备前提条件的，如阿米巴的资金必须与利润挂钩，收入也要具有关键考核指标。由此可见，阿米巴利润核算的机制性作用特别突出，一定要加以利用。
②鼓励相关业务发展。如公司特别希望阿米巴能在某类细分市场、某类客户群加大开发力度，或者特别强调新品、特定品类的销售，则可为这类业务取得的收入加乘一个大于1的系数，从而让这样的收入更超值，加大对利润的影响。
（3）阿米巴的成本费用项的设计
由于成本费用项目较多、性质不同，因此，要分门别类地设计有关机制，要点是搞清企业的管控意图，即“要控制什么”，以及“要放开什么”。
①关于需要控制的成本费用。质量成本：对于质量成本，要给阿米巴施加压力，严加控制，从而促使其尽快改善产品与服务的品质，为此，可将质量成本放大计入，甚至按时间逐步加大倍数。新员工超限流动成本：为避免阿米巴随意招人或者新人没人理、无人带的情况，要对新员工流动率做出规定，从超出流动率指标部分开始，将在一定范围内，按照相关标准取费计入阿米巴成本。超时应收款：按照合同约定，对未及时到账的应收款，可采用计息的方式计入成本。当然，还有一些重要项，如直接材料成本、呆滞物料等，均可采用类似方式予以管控。
②关于需要放开的成本费用。计划外的合理研发、改造费用：可采用多年分析的方式予以计入，否则，会对阿米巴利润冲击过大，最终可能因生产负向激励，导致阿米巴不愿就计划外项目进行立项，即使这个项目非常值得去做。人力成本：在可控范围内，对需要结构性调整、引入高端人才的阿米巴，可将这部分人力成本按照一定比例缩减后计入成本，鼓励团队提升能力，提高工作效率。历史性负担性费用不计入成本，从而扶持阿米巴尽快走上正轨。