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清政府在乌鲁木齐的军事行政管理方式经历了乌鲁木齐办事大臣、参赞大臣和乌鲁木齐都统这样一个过程。乾隆二十四年（1759）设置乌鲁木齐办事大臣，到乾隆三十六年（1771）改为乌鲁木齐参赞大臣，共 8 任。乌鲁木齐参赞大臣历经 2 任到乾隆三十八年（1773）改为乌鲁木齐都统，一直到新疆建省时裁撤，历经 64 任，均受伊犁将军的节制。
乌鲁木齐的首任都统是索诺木策凌（1710—1782），满洲镶黄旗人，姓钮钴禄，额亦都五世孙。乾隆三十六年（1771）授予伊犁领队大臣，进入新疆任职。乾隆三十七年（1772）授予乌鲁木齐参赞大臣，次年补授乌鲁木齐都统，总理巴里坤等处屯田事务。乾隆四十年（1775）三月，伊犁将军伊勒图赴京觐见期间，署理伊犁将军一职，直至伊勒图返回任上，其回任乌鲁木齐都统。
乾隆三十六年（1771）清政府将乌鲁木齐办事大臣改为参赞大臣。乾隆三十八年（1773），又改乌鲁木齐参赞大臣为乌鲁木齐都统。乾隆三十七年（1772）索诺木策凌补授乌鲁木齐参赞大臣，清政府改乌鲁木齐参赞大臣为都统时，索诺木策凌也顺理成章被授予了乌鲁木齐都统一职，即索诺木策凌为乌鲁木齐的首任都统。
索诺木策凌上任乌鲁木齐参赞大臣时，正值乌鲁木齐建造巩宁城，城池扩建大兴土木，蒸蒸日上的时候。两年后，巩宁城建造竣工，大批满营官兵入驻，各类相关服务设施及庙宇也已陆续建成。
索诺木策凌任职乌鲁木齐都统九年，是任职时间最长的一任乌鲁木齐都统。在其任职期内，清廷已完成了对新疆的统一，社会生活进入稳定时期，经济秩序也进入了恢复与重建时期。
索诺木策在任期间，乌鲁木齐的南关屯城、迪化新城、巩宁城形成了三城鼎立的格局。其辖内吉木萨尔建立了恺安城、保惠城；巴里坤建造了会宁城；玛纳斯建造了康吉城、绥宁城；奇台兴建了边关城；吐鲁番兴建了广安城；鄯善兴建了辟展城。这些城池的陆续兴建，对加强戍边屯垦，保卫疆土及社会安定起到了一定的作用。
为保证满营驻军及其眷属的日常生活需要，索诺木策凌曾倡导军民兴建渠道、引水造田、移民屯田、发展手工业生产、实行军屯制度，这都对乌鲁木齐的开发建设起到了积极的推动作用。
索诺木策凌在任乌鲁木齐都统期间，督促属下在水磨沟建造了嵌泉、建亭、建庙。在乌鲁木齐的红山上建造了砖塔庙宇。
若依照索诺木策凌以上的政绩，他还算是一个政绩卓著的清廷官员，无奈人走过的路径总会留下这样那样的痕迹。索诺木策凌步步晋升、平稳安享晚年的如意算盘被第三任乌鲁木齐都统明亮打碎了。
乾隆四十五年（1780），索诺木策凌调走几个月后，伊犁将军伊勒图在查处巴里坤知府嵩柱的贪污案时，牵扯出了索诺木策凌的贪腐行为。此案越查牵扯的人越多，终于暴露出了乌鲁木齐都统管辖区域内的其他人的问题。伊勒图迅速奏报了朝廷，革去了索诺木策凌盛京将军的官衔。
乾隆四十六年（1781）十月，伊犁将军伊勒图“疏劾原任镇西府知府嵩柱折收监粮，旋复买补。因前任都统索诺木策凌据实复奏，失于觉察，咎实难辞”。后副都统图思议奏参革哈密通判经方亏短银库达四十七万九千余两，由该处径行报销，实际上全部由索诺木策凌在该处径行报销支取走了。“十二月，都统明亮查实，经方所管库内应贮银十三万三千余两，皆经方私用。据供称私取偿债，又被家人、吏役花费，以致亏短。前任都统索诺木策凌每年收受节礼食物并未查办。部议经方论罪如例，索诺木策凌应革职。”
后经调查，查出乌鲁木齐都统索诺木策凌在任内共侵吞库银 47 万两，以及向属下索贿 3 万两的丑闻。乾隆四十七年（1782），伊犁将军伊勒图上奏乾隆皇帝，后经过九卿会审，赐令索诺木策凌自裁。受此案牵连的 11 名官员，全部被先后处死。
《清宫流放人物》载：“乾隆三十八年（1773）后粮食价格迅速下跌，迪化（今乌鲁木齐）知州德平等人趁机钻空，在收购粮食时，按三十八年后的现行低价付款，向国库报销时，却按以前奏报的高粮价结算。这样每收购一石粮食，可以剩银三四钱及五六钱。各级官员就把这笔数目可观的冒销银两全部私下瓜分，贪污肥己。七八年间竟无一人上奏揭发。到四十七年（1782）案发时，所查各级历任官员贪污的银两，少则数百、数千两，多则数万至十余万两。宜禾（今巴里坤）知县瑚图里贪污银十二万三千两，奇台知县窝什浑任职不长时间，就贪污银四万余两。经一一查证，几乎所有主要军政官员都与此案有牵连。”
明亮（1735—1822）字寅斋，富察氏，满洲镶黄旗人。父亲广成，官至都统。其姑母是乾隆皇帝的第一位孝贤皇后。乾隆三十年（1765）明亮在銮仪卫任上授伊犁领队大臣之职而赴新疆，随行的有任职伊犁将军的堂兄明瑞去镇压乌什起义。乾隆四十六年（1781）参与镇压甘肃撒拉族起义，后被授予第三任乌鲁木齐都统。
明亮赴任途中遇到了哈密通判经方贪污案发，其与哈密办事大臣佛德一同奏报经方贪污 15 万两之事。乾隆四十七年（1782）二月十日，又将接受贿赂、徇隐不报的镇迪道员巴彦岱判处斩监候，秋后处决。其后，明亮又查出了更大的窝案——乌鲁木齐采买冒销贪污案。首任都统索诺木策凌被赐令自尽；明瑞的胞弟、第二任乌鲁木齐都统奎林也因失察，被革去承恩爵位。
乾隆四十八年（1783），在清统一新疆后，乌鲁木齐一年一度的四月十五日在红山山顶遥祭博格达山神的祀典上，明亮曾主持了“望祭”仪式。
明亮自乾隆四十六年（1781）就任乌鲁木齐第三任都统。乾隆四十八年（1783）夏天，因河水断流，影响农田灌溉，明亮率清兵前往勘察。移开了阻塞河水向下泄流的渠道，解决了缺水的问题。但他引天池水灌溉农田的行为，却遭图思义（第四任乌鲁木齐都统）诽谤，乾隆四十八年（1783）八月，明亮被缉拿解赴进京，追究其天池引水，实与屯田无益，即令停止开挖。所用银两皆由明亮赔缴。
乾隆四十九年（1784）明亮获释，以蓝翎侍卫跟随大学士阿桂镇压固原回民起义后，授头等侍卫。后历任乌什、喀什噶尔参赞大臣兼刑部尚书，乾隆五十七年（1792）后出任黑龙江将军。乾隆五十九年（1794）底调任伊犁将军。乾隆六十年（1795）秋，黑龙江将军衙门总管舍尔图派遣家人赴京控告将军舒亮、副都统安庆贱价强行向属下购买貂皮。明亮亦受到牵连，被乾隆下令：杖一百，徒三年。从重发往乌鲁木齐效力赎罪。
明亮被流放不到一年，于嘉庆元年（1796）再次被起用，先后参与镇压湖南苗农民族起义。六年（1801）入觐授二等侍卫，次年秋再赴乌鲁木齐任乌鲁木齐都统一职。这是明亮继乾隆四十六年至四十八年（1781—1783）任乌鲁木齐都统 19 年之后再次赴任乌鲁木齐都统一职。
明亮这一次的任职历经两年，他在乌鲁木齐红山的西北面修建了一座公园，即明园，在乌鲁木齐友好路至西北路之间的自治区石油管理局的位置。
明亮英勇善战，嘉庆九年（1804）任兵部尚书，十五年（1810）授协办大学士。次年因隐瞒家中仆人聚众赌博降为西安将军，后复官至兵部尚书、协办大学生。嘉庆二十二年（1817）晋升为武英殿大学士，道光二年（1822）去世，享年 87 岁。
由明亮的经历，可以看出清代的官吏皆是能上能下，而且没有任职年限限制，直到任职去世。我们再看另一个两度任职乌鲁木齐都统的人尚安，又叫宜绵。
尚安曾在乾隆五十二年至五十九年（1787—1794）、乾隆五十九年至六十年（1794—1795）两度出任乌鲁木齐都统。
乾隆四十七年（1782），尚安在广东巡抚任上，“以盐商沈翼川狱瞻徇，褫职，戍新疆”。后来，尚安以四品衔授为吐鲁番领队大臣，历任库车办事大臣、喀什噶尔办事大臣、乌鲁木齐都统。乾隆四十一年（1776）时，乾隆曾下谕：子孙班辈永绵二字，将来承绪者，以永作颙，以绵作旻，将尚安改名为宜绵，以示对其职器重。尚安任乌鲁木齐都统时，乌鲁木齐经常发生水灾，他便在红山山顶与之相对的雅玛里克山上各建造了一座九级青砖塔，用以镇水消灾。乾隆五十九年（1794）奉旨进京，途中遭遇陕西固关发生水灾，其即去赈抚，卓有成效，乾隆大为赞赏。乾隆六十年（1795）授陕甘总督之职。
和宁（1740—1821）字太庵，因避讳道光帝旻宁而改名为和瑛。俄勒德特氏，蒙古镶黄旗人。乾隆三十六年（1771）进士，“娴习掌故，优于文学”。曾任西藏办事大臣 8 年，嘉庆五年（1800）调任山东巡抚。嘉庆七年（1802）春，济宁州府金乡县生员控告童生张敬礼等，和瑛诬断，遭弹劾。
八月三十日，道光皇帝下谕旨：和瑛革职，发往乌鲁木齐，效力赎罪。
和瑛接旨随即赴戍，除夕抵哈密接到谕旨，命其蓝翎侍卫任叶尔羌帮办大臣。其赋诗自嘲说：“驿路七千二，年华六十三。伊吾除旧岁，叶尔税征骖。戎俗春光闹，劳人夜梦酣。五更羊胛熟，爆竹听何堪。”嘉庆八年（1803）十月，和瑛调任喀什噶尔参赞大臣。其任职次年，便撰成《回疆通志》十二卷，至今也是研究清代天山南北政治、经济、军事、文化方面不可或缺的资料。
嘉庆十一年（1806）十月，和瑛调任乌鲁木齐都统后，很快又完成了《三州辑略》九卷的编撰，为研究清代哈密、吐鲁番、乌鲁木齐三地的通志。
嘉庆十四年（1809）春，和瑛奉旨进关，授陕甘总督一职。后迁任盛京刑部侍郎，回京任兵部尚书。因在任盛京将军时失察于宗室裕瑞强娶有夫之妇，被降为盛京副都统。嘉庆二十一年（1816）授工部尚书，奉旨赴甘肃按察仓库亏空，查得陕甘总督先福徇庇贪纵，革职发往伊犁效力赎罪。和瑛晚年授军机大臣、领侍卫内大臣、文颖馆总裁。其一生诗作总汇于《易简斋诗抄》四卷，存诗 576 首。
平瑞是清政府在乌鲁木齐的最后一任乌鲁木齐都统。在平瑞殉亡及至阿古柏入侵，统治新疆 12 年时是清政府在新疆实行军府制统治的极其黑暗时期，直至新疆建省后，军府制衰亡，乌鲁木齐都统也寿终正寝。
在150 多年的军府制统治时期，先后有奎林、图思议、明亮、海禄、宜绵（原名尚安）、永保、和宁（又名何瑛）、平瑞、景廉、金顺、恭镗等 64 人担任过乌鲁木齐都统一职。有些人甚至是两任、三任乌鲁木齐都统；也有很多人任职的时间非常之短，几乎没有留下什么印迹。