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爆发于清同治三年（1864）的那场陕甘大动乱，波及面之广、影响之巨大令我们今天想来仍不免毛骨悚然，心有余悸。
同治三年五月初一（1864 年 6 月 4 日），库车的回族、维吾尔族农民首先暴动起义，攻占了库车县城，杀死了库车办事大臣萨灵阿及维吾尔族阿奇木伯克等。此后南疆各地农民纷纷响应。同治五年（1866）春，伊犁农民起义军攻占了惠远古城，伊犁将军明绪自杀。清在新疆各地的统治机构基本瓦解，清政府残余势力被迫退至哈密、巴里坤等地区坚守。
清同治四年（1865）一月，浩罕统治者趁新疆内乱迭起，派军官阿古柏率军挟持了和卓后裔、张格尔之子布素鲁克侵入喀什噶尔。阿古柏以伊斯兰教与布素鲁克的名义欺骗喀什噶尔民众，首先占据的喀什噶尔回城疏附县，取得了立足点。然后阿古柏依靠从与沙俄战败中败退投靠而来的大批匪帮做帮手，采取各个击破的方式，很快打败了各地的割据政权。1870 年年底，阿古柏侵略军不仅占领了天山以南除哈密之外的全部地区，而且还占领了天山以北的乌鲁木齐、玛纳斯一线。
妥得璘要的是他的伊斯兰清真王国，阿古柏要的则是统治整个新疆。在满足了自己的欲望之后，妥得璘便委身于阿古柏匪帮，继续以宗教之名欺世盗名了。当时乌鲁木齐南山一带活跃着徐学功的民团义民，投靠阿古柏匪帮的马仲等率众前往进剿，被身材高大、手持大刀的徐学功挥刀斩于马下。后马仲的儿子袭承了亡父的阿奇木伯克之位，但其与妥得璘向来不睦，遂再次纠结阿古柏匪徒攻打妥得璘。妥得璘很快毙命后，其属下马明、马官均投降了阿古柏匪徒。从此阿古柏便在乌鲁木齐征收地税，“命令回汉剃发易服，效其旧俗，皆光顶园领，并搜刮汉回人金帛，转输南路，实其窟穴，而乌垣各城遂沦为异域矣”。尤当此时，在陕西逆匪白彦虎从甘州扁都口败窜出关也来到了乌鲁木齐。白彦虎自知力量不敌阿古柏，也便剃发易服顺从了阿古柏。
同治六年（1867），阿古柏在南疆建立了“哲德沙尔”政权，也叫“七城政权”。阿古柏按照中亚中世纪封建农奴制的方式对新疆进行统治，实行“苏玉尔阿列”制度，即将侵占的地方分封给他的随从亲信，当地百姓则沦为由他们任意役使和盘剥的农奴。在阿古柏统治时期，“各种税赋名目繁多，毫无定额，广大农民群众的财产收入几乎被掠夺殆尽”。阿古柏豢养有 6 万人的军队，另有遍布各处的密探，一发现对其统治不满者，便随意逮捕杀戮。
面对阿古柏入侵及残酷统治，新疆各地民众也开始了不屈不挠的反侵略、反占领、反奴役斗争。在南疆，阿古柏入侵之初，司迪克便带领柯尔克孜族群众六七千人在喀什噶尔进行抗击。在叶尔羌城下，当地维吾尔族、回族军民均数次大败阿古柏侵略军。
19 世纪 60 年代末，沙皇俄国亦完成了对中亚浩罕、希瓦和布哈拉三国的征服。沙俄已根据不平等条约《中俄勘分西北界约记》吞并了中国新疆 44 万多平方千米的领土，而且沙俄并未停止其侵吞新疆的步伐，随时伺机对新疆进行更大规模的入侵。同治九年（1870）底，当阿古柏侵略军侵入天山以北的乌鲁木齐、玛纳斯等地时，沙俄认为侵入新疆伊犁的时机已经成熟，抢在阿古柏之前侵占伊犁地区。同治十年（1871）四月，沙俄军队开始侵入伊犁地区。