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1875 年 11 月，赴新疆塔尔巴哈台上任的李云麟在《西陲事略》中说，造成新疆一系列变乱的根源是：“迨咸丰年间，东南用兵兼以中原多事，各省饷粮不能供给者十余年，关内外满绿各营，饥疲虚弱，直同虚设。因之回逆得以乘机而起，势如燎原。盖东南用兵，以致西北饷匮，是为乱根。溯陕甘变乱，起于咸丰之末，成于同治元、二年间，新疆南路变起三年，诸城失在四年。”
如今将近 150 年过去了，我们回过头来再看看那些过去导致新疆沦陷，以及乌鲁木齐巩宁城被焚毁的具体原因时便会发现，事情还远远不是我们所想的那样。但也正是如此，我们可以看出新疆的繁荣与稳定，与内地中原局势的稳定是息息相关，唇亡齿寒，休戚与共。
同治三年（1864），暴乱风潮很快就波及了新疆，整个迪化城的汉城和满营兵屯驻的巩宁城也顿时处于风雨飘摇的动荡之中。
同治三年（1864）五月，甘肃玉门的逆匪杨春趁着纷乱的形势潜藏到了新疆库车一带，他勾结当地的回族头子黄和卓煽动叛乱，如此一来库车城便很快陷落了。同治三年（1864）五月初一，那些回民暴动分子迅速北上进攻喀喇沙尔（今焉耆），包围了喀喇沙尔办事大臣依奇哩的官邸。依奇哩遂紧急向乌鲁木齐都统求援。“喀喇沙尔闻变，征兵乌鲁木齐，杨春亦潜求救于索焕章。”五月初八、初九两天，乌鲁木齐都统也得到了喀喇沙尔办事大臣依奇哩的求援奏报。
在喀喇沙尔办事大臣依奇哩向乌鲁木齐都统求援的同时，逆匪杨春也向乌鲁木齐提督府的索焕章在求救。因为杨春和索焕章之前就非常熟悉。当时，索焕章正任乌鲁木齐的参将，他的父亲便是前任甘州提督索文。索焕章素怀异志，得到杨春的求救信息，他便暗中与杨春商定计划，来阻止乌鲁木齐提督派出援兵去援助喀喇沙尔。
当时乌鲁木齐的提督是业布冲额，索焕章先给业布冲额汇报说，手下正在操练的兵丁很难调遣，以此来阻止提督调兵求援。也正因为平常索焕章对乌鲁木齐提督业布冲额的蛊惑非常有效，以致乌鲁木齐都统平瑞下令给业布冲额时，业布冲额竟称病不出。可当平瑞提出要亲自去探病慰问他时，业布冲额竟也不出面。于是，平瑞才连夜下令派乌鲁木齐提督派兵援剿。平瑞还与镇迪道伊常阿、粮饷主事达春泰等筹集粮草，准备车、驼随营转运。平瑞先派协领穆克德肯、佐领佟瑞带 400 名兵勇，都司张维昶带巩宁城守营的 100 名兵勇，合计 500 人，在五月十三日先行出发前去救援，然后又派库尔喀喇乌苏领队大臣文永带领佐领穆隆额等带满营兵 500 名、绿营兵 100 名前去喀喇沙尔救援，遣勇陈子才筹集 400 人随后出发，所有部队均归文永节制统率。
五月二十五日夜，陈子才率领的 400 名遣勇从迪化汉城启程去救援时，落在后面的遣勇朱小桂一抬头便瞅见，隐藏在迪化南关巷道中站满了一个个手握兵器磨刀霍霍的暴民。朱小桂手持兵器一阵狂奔返回提督府，急忙向提督索焕章报告，“大事不好”。朱小桂哪里会知道，阴谋叛乱的匪首恰恰是索焕章自己。索焕章眼见自己的阴谋败露，反而诬陷朱小桂谎报军情，将朱小桂五花大绑，推出去斩首。与汉城相距约十里地的巩宁城里的乌鲁木齐都统平瑞也很快得到消息，派了一名主事荫德赫前往提督府去索要朱小桂，希望再审一审，以查明究竟。然而此时，朱小桂早已经被逆匪内应索焕章杀掉了。
没有多久，托克逊便传来消息，托克逊发生暴动。平瑞得到消息后，立刻命令回族乡绅马如智告示回众，“以朝廷分良莠，不分汉、回之义”。同时，命令玛纳斯副将德祥、济木萨参将倭贺尽快召集兵勇，以与前去救援的文永部形成策应之势，且同时命令吐鲁番及山北各州、县严格把守关隘，搜捕外来煽惑叛乱者。
一个月后，从东面勘地回来的人告诉平瑞说，奇台县的汉城、回城均已经被暴动农民攻占陷落了。
第二天，又有消息传来，逆匪杨春已勾结索焕章秘密潜往乌鲁木齐南山，并纠结了约二千余名暴动农民攻打乌鲁木齐的南边关隘达坂城。霎时间，达坂城关隘火光四起，关隘很快便被暴动农民攻破了。
两个月后，北边伊犁也传来消息，已经派出的 4000 名援兵原定启程来援的，却因为叛匪猛攻惠远城的东南角，叛匪利用地下开凿地道炸开了城墙而延误了下来。
当时，围在巩宁城外的叛匪也在开凿地道，整夜的炮声隆隆，没有停歇。待到二十三日这天，巩宁城内的曙光才刚刚出现，城内的地雷爆炸了，顿时山崩地裂，城内外喊杀之声如涛声传来。
而这时候，已被围困多日的巩宁城内的所有粮食都吃完了，牛、马、鸡、狗也都被吃干净了。更为凄惨的是，就连用来酿酒的麸皮、小麦，还有牛、马的皮革都被煮熟了用来充饥，“茹草根，啖树皮，殍馑枕途”，指挥作战的将帅和兵勇，也全部病倒了。
两天后的夜里，呼图壁民勇送来了 200 余车粮食，但送粮车队走到离巩宁城还有三十里的地方，再次遭到劫持。“九月初三日寅初风起，……俄而城内关帝、城隍各庙皆火起，贼掘东门拥入”。都统平瑞在巩宁城的西北角上督兵接战。有人提议平瑞可以先出城，以后再图发展从长计议时，遭到都统平瑞的斥责：“我平某受国重恩，城亡与亡，恨未能仰报君上，诸公死生自裁，我不能强。”
都统平瑞的顾问在城上对他说，若要打巷战，还是我来吧！当时巩宁城还剩下 20 多个少年，手里拿着枪，跟随着他。都统平瑞知道这么做不会达到目的，但他手执佩刀对那些少年说：“我身为大臣，不可受贼辱，尔等各觅生路。”平瑞说完，向城关跪下叩头，然后站起来自戕身亡。其身后的夫人，两个女儿，两个公子皆举着火把，相拥着抱坐在火药桶上，一家六口自杀身亡。
十一年后，光绪二年（1876），清军收复乌鲁木齐后，都统英翰统计查明这次事件，平瑞在已经点燃的火药桶上英勇殉职。巩宁城都统及以下两万人被杀。
索焕章与宗教阿訇妥得璘阴谋暴动成功后，在如今的团结路中段建造了一座“清真王国都城”。这座城周长 1260 米，面积 0.1 平方千米，原来城高 3米，墙厚 2 米。
这片土地原是一片耕地，占地两斛。乌鲁木齐市第六中学的东校门院墙及自治区电影发行放映公司之间是当年这座城的东门，城东南角在今天的乌鲁木齐六中的水房附近，城东北角在现陶瓷厂西北家属楼处，西南城角在和平南路的南端，“皇城清真寺”处，城西北角在今天和平南路小巷内。因此城当初建在此片区域的地高处，从大湾引来的河水经二道桥—饮马巷—西河坝入乌鲁木齐河，地处高处的“皇城”无水可饮用，主要依靠渠水，所以后来清军进攻此城时，皆切断其水道。
同治十年（1871），此城被马人得以及阿古柏等侵略军进行过毁灭性的破坏，城内房屋也被夷为废墟平地。此城只存在了五年时间。
索焕章叛乱后，河州流窜到迪化南关的阿訇妥得璘，自称为“清真王”，建造了伪皇城。妥得璘的逆回弟子马泰、马仲、马明、马官，打着他的旗号分别盘踞在古牧地、吐鲁番、玛纳斯等城。
六年后，逆回妥得璘信徒曾与阿古柏匪帮发生激战，失败后，妥得璘向阿古柏祈求投降，依附了阿古柏。阿古柏允许妥得璘可继续自称“清真王”，盘踞在迪化城。后徐学功率领乌鲁木齐民团，集聚在乌鲁木齐南山，攻打妥得璘等匪徒，战斗中杀了妥的党徒马仲。其后，妥得璘也很快毙命了。自此，乌鲁木齐陷入阿古柏的黑暗统治时期。
塔尔巴哈台参赞大臣李云麟曾在《西陲事略》中说：“西陲变起……乌垣境内先经汉回将旗汉人民残杀殆尽……官兵克复地方复将汉回诛杀殆尽，今统计乌垣辖境内，东自巴里坤之镇西厅起，西至伊犁迤东，绥来县境止，山北之地绵亘数千里，民不及三千户，而商户及汉回在内，不过千数百耳，尝行经其地唯见各军留防，客勇棋布星罗，联营不断，或竟日不见居民，所历城池市镇旧日人烟凑集处，荆棘成林瓦砾满地不见一人，伤心惨目不可胜言。细询其故，半由乱后……焚毁使然，半由克复后，驻防客勇拆屋为薪，日久拆毁净尽……今数千里内一片焦土矣，兼之满汉额兵荡然无存，去客勇则无兵，无兵何以为守？留客勇则有兵无民，何以供支？仰给内地则劳费万状岂能持久？”
光绪二年（1876），清军驱逐了阿古柏匪帮以后，收复新疆，亦采取坚决镇压的措施。《清实录》记载：清军进入迪化“经过卡垒一律踏平，悉数歼除，搜斩无遗”。
同治十一（1872）年秋，阿古柏侵入乌鲁木齐，叛乱匪首妥得璘败走玛纳斯，后城陷自尽。匪首索焕章在阿古柏侵入迪化后，镇守吐鲁番，后病死。一个无耻的卖国贼，最终落得个惶惶不可终日、急火攻心得病而死的可悲下场。