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清代新疆军府制度的确立经历了一个漫长过程。它是一个循序渐进、不断加强、不断巩固和不断完善的过程。
扎萨克制度是清政府为了统治蒙古各部，结合满洲八旗制度和蒙古部落制度的特点，逐步设立的一种带有军事色彩的地方行政管理制度。
康熙三十五年（1696），清军进剿准噶尔部噶尔丹到哈密，哈密的维吾尔首领额贝都拉率众归顺清朝。第二年，额贝杜拉属众擒获了噶尔丹的儿子塞卜腾巴尔珠尔等人，交给清廷。清政府为了奖赏额贝都拉的忠勇遂授予他“一等部长；伊子郭帕白克、白奇白克授二等部长，分编旗队，并令伊子郭帕白克率一百人驻扎肃州”，帮助他们一起办理回民事务。就此扎萨克制度在哈密率先确立下来。
雍正九年（1731），清军进剿到吐鲁番，吐鲁番的维吾尔族首领额敏和卓不甘忍受准噶尔部的侵扰，请求内迁。次年，清政府因额敏和卓协助清军作战有功，授封额敏和卓为“扎萨克辅国公”。由此，吐鲁番地区的扎萨克制度也得以确立。
随着清政府在哈密、巴里坤、吐鲁番、辟展（今鄯善县）等地开始驻军屯田，为了管理随军进疆的内地民户，清政府在乌鲁木齐及其以东地区也实行了与内地相同的州县制度。
乾隆七年（1742），清政府在哈密增设了“管粮员二员，经收粮务，兼理民情”。乾隆二十四年（1759），清政府将安西提督移驻巴里坤，将靖逆副将、都司移驻哈密，均归巴里坤提督府节制。同时，将安西道移驻哈密，安西同知移驻巴里坤，靖逆通判移驻哈密。次年，乌鲁木齐仿照哈密、巴里坤例。同年十月，清政府定哈密、巴里坤为直隶厅，有关事务照内地规制办理。新疆东部一带的驻防行政体制初步完善。
在出兵平定准噶尔部之前，清乾隆制定的统治政策是“众建以分其势”。清军初步平定准噶尔之后，仅留了定北将军班第 500 名驻扎伊犁，但阿睦尔撒纳的叛乱及准噶尔部其他各部落的反复降叛，迫使乾隆帝平定叛乱后，在伊犁驻扎重兵镇守。乾隆二十一年（1756），清军再次平定准噶尔部叛乱后，乾隆帝便以定边右副将军兆惠为“驻扎伊犁等处办事大臣”，统兵 2000 人，镇守伊犁。新疆北部的驻防体制初步确立下来。
而南疆各地，起初乾隆帝本着“因俗施治”“齐其政不易其宜”的原则，最初打算委派归附清廷的大小和卓招抚其地，实行代理统治的，但大小和卓很快反叛，打破了清廷的原有计划，中央政府决定在保留原有各地伯克的基础上，派兵驻守，对南疆采取直接统治。乾隆二十三年（1758），清军先后攻占了库车、阿克苏、乌什，派出大员驻防办事。次年，清政府在已经平定的喀什噶尔、叶尔羌、和阗、英吉沙尔、喀喇沙尔（今焉耆）设立办事大臣和领队大臣，统兵驻防。新疆南部的军政体制基本确立。
清军平定新疆后，在各地实行驻防制、屯防制、换防制、扎萨克制、伯克制、州县制多种形式并存。伯克、扎萨克官员办理各项事务，均有驻在当地的办事或领队大臣监督，驻防满营均受各地办事大臣、领队大臣的统率，驻防绿营兵则受巴里坤提督的节制，州县官员则由陕甘总督委任。
乾隆帝放弃了将新疆划入甘肃管辖的计划，进而派将军、大臣驻扎伊犁，统兵驻防的计划最终确定了下来。早在乾隆二十三年（1758），乾隆帝就下旨说：“伊犁入我版图，控制辽阔，不得不驻兵弹压。……其驻防伊犁大臣，即兼理回部事务。”
乾隆二十五年（1760），清政府委任参赞大臣阿桂为办事大臣总理伊犁事务。次年，清政府令明瑞赴伊犁代替阿桂办事。乾隆二十七年（1762）十月，清政府正式任命明瑞为“总统伊犁等处将军”，新疆军府制正式确立。
伊犁将军府设立后，为完善军府制体制，清政府对新疆原有的统治机构做了相应调整。乾隆二十七年（1762）十月伊犁将军府设立后，清政府又在伊犁设立了参赞大臣与领队大臣，协助伊犁将军处理军政事务。
乾隆二十九年（1764）至三十四年（1769），清政府将原伊犁领队大臣分为满洲、锡伯、索伦、察哈尔、厄鲁特领队大臣 5 员，分管各旗事务。乾隆三十四年（1769）至四十八年（1783），又在惠宁城、固特扎、惠远城、绥定城、塔勒奇城分设了管仓粮员。乾隆四十四年（1779），清政府又在绥定城设置了总兵 1 员，管理绿营屯工事务。如此这般，伊犁军府制军政体制算基本完成。
在新疆军府制建置的调整过程中，乌鲁木齐及其以东地区是最为繁复的一个区域。乾隆二十五年（1760），清政府在巴里坤设置提督 1 员，乌鲁木齐驻副将 1 员。乾隆二十八年（1763），该乌鲁木齐副将为总兵，归巴里坤提督节制。同年，将罗克伦巡检移驻特讷格尔，归乌鲁木齐同知管辖。昌吉巡检移驻呼图壁，归昌吉通判管辖。乾隆二十九年（1764），清政府将巴里坤提督移驻乌鲁木齐，乌鲁木齐总兵移驻巴里坤。乾隆三十七年（1772），清政府在乌鲁木齐设参赞大臣、领队大臣、巴里坤领队大臣各 1 员。乌鲁木齐满洲绿营官兵的一切屯田事务，参赞大臣皆与提督总管办理。改乌鲁木齐迪化府为迪化州，不久又改为直隶州，设知州 1 员，归镇西府管辖。又将巴里坤道移驻迪化，改为镇迪道。同年，清政府又因“乌鲁木齐所属地方宽阔，而距伊犁遥远，兵民辐辏，应办事件甚繁”，而将乌鲁木齐参赞大臣改为都统，成为掌管乌鲁木齐及其以东地区的军政事务的最高长官，仍归伊犁将军节制。
乾隆四十一年（1776），清政府改特讷格尔州为阜康县，设训导、典吏 2 员，仍隶属迪化州；改奇台通判为奇台县，隶属镇西府。乾隆四十三年（1778），清政府改玛纳斯县丞为绥来县知县，隶属迪化直隶州。乾隆四十四年（1779），设吐鲁番同知 1 员，巡检 2 员；哈密理事粮厅 1 员，巡检 1 员，归镇西府管辖。乾隆四十五年（1780），改辟展办事大臣为吐鲁番领队大臣。乾隆四十八年（1783）、五十六年（1791），清政府又陆续设立了库尔喀喇乌苏、精河、喀喇巴尔噶逊粮员。乾隆四十九年（1784），清政府因乌鲁木齐人口稠杂，将其编排保甲，实行与内地相同的保甲制度。至此，经过不断的补充、完善，乌鲁木齐及其以东地区的军政建置已经基本完成。
军府制通过了数十年的调整和补充，到了乾隆末期至嘉庆初年，新疆的军府制建置已基本完成。其间虽然也有过一些调整，但均无关宏旨。直到新疆建省以后，军府制才逐步处于次要地位，并最终为行省制所代替，乌鲁木齐成了新疆理所当然的一个政治、经济中心。