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从乾隆二十四年（1759）建造迪化屯城，到四年后的乾隆二十八年（1763）建迪化新城，再到九年后的乾隆三十七年（1772）的巩宁城建造，我们可以清晰看出：清政府对乌鲁木齐的建城并没有一个长远规划。其中原因，便是清政府在治理新疆的思路上发生着变化。
清政府从准噶尔部叛乱平定到“众建以分其势”，再到军府制政策的制定，从南疆剿灭大小和卓的叛乱到各城设兵置守，采用军府制治理方式，经过了一个复杂的过程。
新疆地处亚欧大陆中心，是处于丝绸之路经济带上的核心区域，起着沟通中西交通的重要作用。控制住了新疆，也便扼守住了新疆通往中原与西方各国政治、经济、文化等方面交往的咽喉，而且还可以此为基地东进中原、西出葱岭、南下西藏、北控大漠，四面出击。
中原历代王朝在与北方游牧民族争霸过程中，中原王朝经营西域往往从南部着手，而北方游牧民族则多从北部入手。而由北向南则比由南而北要容易得多，控制了北部，才能最终控制南部。这是新疆的自然地理条件决定的。
新疆远离内陆，四周高山环绕，属典型的大陆性气候。天山山脉横亘其间，将新疆分为了南北两个相对独立的区域。北部系围绕古尔班通古特沙漠，即准噶尔盆地四周形成的绿洲经济；南部则是围绕在塔克拉玛干大沙漠，即塔里木盆地四周形成的绿洲经济。南部则又处在喀喇昆仑山与天山山脉交会形成的世界屋脊——帕米尔高原，北有天山山脉阻隔，来自太平洋和印度洋的东南暖流与来自北冰洋和大西洋的西北冷空气均很难抵达这里。
这里气候干燥、炎热，沙漠一望无际，只是沙漠边缘的盆地会有一些少量的冰山雪水形成的一些可供人类居住的绿洲。因此，绿洲农业是这里的主要经济特征。中原王朝从河西走廊进入南疆，主要还是南疆的农耕经济同自己的农耕经济形态十分相似，很容易形成联盟。但南疆的自然经济其基础非常脆弱，长久经营，还有赖于南疆当地脆弱的自然经济来维持，一旦河流改道，政权便不复存在。当地居民的赋税很难供养驻军的粮饷，由内地转运粮食等十分困难。于是，中原王朝驻军于此，往往采取“寓军于农”的办法，来保证其统治。
相较于南疆而言，北疆则要湿润得多。天山山脉与阿勒泰山脉将准噶尔盆地从东、南、北三面包围了起来，西面则异常开阔。西北的冷湿空气南下，形成降雨，加之北疆纬度较高，蒸发量较小，气候凉爽，无霜期短。部分地区适宜农耕外，其余地区则是优良的天然牧场。这些牧场与东部的蒙古高原和西部的哈萨克草原连接在一起，形成游牧民族的理想场所。
南北不同的经济形态，决定了古代天山南北不同的经济格局。南部散落在一片片绿洲之上的城邦诸国，往往以农耕为生，面临外敌入侵时，很容易被各个击破。北部则基本没有田畴之忧，往往呼啸而来，呼啸而去，常年的游牧厮杀，使他们形成了一种粗犷彪悍、好勇斗狠的尚武精神。由于他们娴熟的骑射技术和迅捷的军事行动，他们往往很容易征服南部各地，将其作为自己的人力、物力补给地。此便是“北可制南，南不可制北”的缘由。
欲取南疆，必先取伊犁。这也是伊犁所处的地理位置所决定的。伊犁北部的东、南、北三面环山，外部不易进入，西部地势开阔，是内外出入的重要通道。伊犁正处于这个咽喉位置，其北部是塔勒奇山雄踞，南部是汗腾格里山屏藩，东部是博罗布尔噶苏山，仅敞开西部之山口，伊犁河自东向西贯穿其境，流入哈萨克斯坦。伊犁河谷地土壤肥沃，水源丰沛，冬暖夏凉，宜耕宜牧，是理想的天然牧场。据有伊犁，不仅很难受到来自北、东、南面的攻击，且又可以向东迫焉耆，西进中亚，南越天山穆素尔达坂，直向乌什、阿克苏、库车等地。所以驻守伊犁，若没有重兵，又很难控制得住。这也是清代在此屯兵驻扎，粮秣供给极为便利，“以西域治西域”之策，在伊犁实行驻军肩负戍守边陲与屯田生产之双重任务。这也便是清代在新疆建立伊犁将军府的根本原因，也即清实行军府制，“寓兵于农”的由来。