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袁崇焕之死，为明代政治的一大转变点。从此以后，明朝政府开始以全力剿灭流寇，而对后金，则有意无意表示妥协的倾向。宰相温体仁，兵部尚书刘宇亮、薛国观等“阴鸷谿刻，不学少文”之徒，相继执政，他们又“蔽贤植党”，于是“国事日坏”，以至于不可救药。
但是当时并不是没有精忠报国之士，孙承宗即其中之一。他继袁崇焕之后，曾击退敌人，恢复滦州、迁安、永平、遵化四城，将敌兵驱逐于关外，并连而捷兵出关，在大凌河修筑堡垒，然而终以政府的掣肘，与巡抚邱禾嘉的反对，守备未固，而敌兵又围攻大凌城。于是明朝政府以“筑城起衅”罢免孙承宗，企图以此谢罪于敌人；但是敌人之目的，并不在于孙承宗之罢免，而在于明朝的土地。所以跟着又有旅顺之沦陷。旅顺的沦陷，若谓为敌人之功，毋宁说是明朝宠将毛文龙的部下孔有德耿仲明之引敌入室、尚可喜之开城投降的结果。自旅顺失而明朝与朝鲜之通路断，而朝鲜全部沦入后金，从此敌人遂挟关外的人力物力，以开始其对明朝内地的侵略了。
然而即于此时，若能接受三边总督杨鹤招抚流寇，共抗后金之议，则明朝政权还是可以挽救。然不此之图，杨鹤却因此建议而下狱，并且远戍袁州。
现在明朝的大军，不在国防要塞，而在朱大典、曹文诏、洪承畴等的指挥之下，追剿“流寇”于山、陕之间。此外，陈奇瑜则总督五省的兵马，进剿川、湖的“流寇”。于是而有崇祯七年的清兵四路来侵。一从尚方堡经宣府趋应州，至大同。一从龙门口入会于宣府。一从独石口入于应州。一从得胜堡入，历大同，趋朔州。而“总督张宗衡，总兵曹文诏、张全昌等不敢战”。这还不算奇怪，最奇怪的是这种无能的将领，明朝政府不但不加以处罚，反而“留张全昌、曹文诏为援剿总兵，讨流寇”。难道当时“流寇”就可以不战而破吗？还是这些将军们勇于剿“流寇”而怯于御清兵呢？
即至此时，假使能用礼部侍郎文震孟的建议，“陛下宜行抚绥实政，先收人心，以遏寇盗，徐议浚财之源，毋徒竭泽而渔”。
一面减轻剥削，一面招抚“流寇”，则不但剿“寇”的兵力可以解放出来，即“流寇”的力量也可以转移为抗清的力量，举国一致，尚可以作最后之奋斗。然而可惜竟不被采用。于是清兵又攻锦州，由朔州毁武宁关而入，略代、忻、应、崞，俘斩七万余人而去。到次年（九年），清兵又分路逾独石口，入居庸，克昌平，逼燕京，过保定，克十二城，五十六战皆捷，俘人畜十八万。而督师张凤翼、宣大总督梁廷栋按兵不敢战。在另一方面，唐王聿键起兵勤王，却废为庶人，幽之凤阳。应该御敌的不敢战，而敢战却不许战，明朝政府的这种措施，真是有些亡国的征兆了。