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到崇祯初年，一方面由于后金侵略的加紧，锐化了对外的矛盾；另一方面，由于农民叛变的扩大，又深化了社会内部的矛盾。在此内外矛盾的交织之中，庄烈帝即位以后第一个任务，便是以紧急的手段，消灭统治者阶层中内部的矛盾，加强统治者阶层中的团结，以应付内外的敌人，于是杀魏忠贤，歼灭阉党，释放东林党人，企图把政权紧握在自己的手中，内平流寇，外抗后金，把明代政权，从危机中挽救出来。所以他一面先后以杨鹤、洪承畴总督三边军务，进剿流寇；另一面又起用袁崇焕经略辽东，抵御后金。双管齐下，大有复兴明朝的雄心。
然而可惜的，是庄烈帝当时有一个见解，以为攘外必先安内，所以把大部分兵力财力，都用于进剿“流寇”，而对后金的守备则十分不够。除山海关略有配备外，其他蓟北则非常空虚。当时崇焕曾指出此种危机，他说：“臣身在辽，辽无足虑。惟蓟门单弱，敌所窃窥。请严饬前督峻防固御，为今日急着。”但他的建议，并没有引起当局的注意。而后金兵不久即利用这一弱点，避开山海关，由龙井关，大安口，喜峰口迂回入蓟北，于是陷遵化，“越蓟州而西，徇三河，败宣大援兵，遂取顺义，……因进兵薄京城，营于土城关之东。”
而燕京因以震撼。当时袁崇焕方整理关外防务，他刚刚镇压了宁远的兵变，斩杀了私通敌人的毛文龙，正准备进一步规复辽沈的计划。而忽闻此变，乃以骑兵兼程驰援，而步步随之。后金以袁崇焕再起非常害怕，于是乃实行挑拨离间的计策，于是袁崇焕不死于战场，而死于敌人之离间，死于昏庸之政府。据《明史》：“时宦官二人陷敌，敌设间，佯为崇焕密附满洲，故使闻之。待释归，其人奔告于帝”，
帝遂信之不疑。于是袁崇焕遂于三年八月十六日弃市，兄弟妻子流三千里。籍其家，家无余资。天下冤之。
袁崇焕死后，当时有布衣程本直为之诉其冤曰：
崇焕十载边臣，屡经战守，独提一旅，挺出严关。迄今山海而外一里之草莱，崇焕手辟之也；一城之垒，一堡之堞，崇焕手筑之也。试问自有辽事以来，谁不望敌数百里而逃，弃城于数十里而遁，敢与敌人划地而守，对垒而战，翻使此敌望而逃、弃而遁者，舍崇焕其谁与归。
客亦闻敌人自发难以来，亦有攻而不下，战而不克者否？曰，未也。客亦知乎有宁远丙寅之围，而后中国知所以守；有锦州丁卯之功，而后中国知所以战否也？曰，然也。……今日滦（州）之复，遵（化）之复，永（平）之复也，谁兵也，辽兵也；谁马也，辽马也；自崇焕未莅辽以前，辽亦有是兵有是马焉否也？
我们读程本直的诉冤书，不觉同情之心油然而生。我们所可惜的，不是袁崇焕个人的生命，而是明朝政府不能容忍抗清最力的将领，而是明朝政府毫不犹豫地执行敌人灭亡自己的国家的任务。论者谓袁崇焕之死与杀毛文龙有关。但据《明史》所载：毛文龙为阉宦魏忠贤的义子，亦即当时阉党余孽用以阴通敌人的线索。袁崇焕杀之，正是为国除奸。在毛文龙杀后，当时曾有如此的舆论：“自武登抚相与争而去，其欲得而甘心于文龙者，非一日也，非一人也；辱白简，挂弹章，可数百计也。是左右诸大夫皆曰可杀，国人皆曰可杀也。其不杀也，非不杀也，不能杀也，不敢杀也。是以崇焕一杀而通国快然。”
由此可知毛文龙乃是一个“国人皆曰可杀”而又“不能杀”、“不敢杀”的人物，然而袁崇焕却因为杀了这样一个通敌卖国的人物，而成为其致死的原因之一，明朝政府中的汉奸势力之大，于此可以想见。故袁崇焕之死，正表示着明朝汉奸势力之抬头。