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实现“贯通”，需要思想政治教育在人才培养体系中像“空气”、“钢筋”和“基座”一样存在。然而，由于多方面原因，“贯通”的实现程度和预期还存在较大差距，需要破解的问题还有很多，这些问题难以在短时间内全部解决，而且，解决问题的关键在于厘清深层困境并予以针对性破解。研究发现，实现“贯通”面临着三个方面的关键瓶颈。
构建新时代研究生思想政治教育体系，关键就是要实现由传统研究生思想政治教育体系建设向全员全过程全方位育人的“贯通”格局转变。实现这一转变首先需要从认识层面上更新观念、转变思维，形成育人自觉，需要全体研究生教育者在新的人才培养规格要求下，因势而谋、应势而动、顺势而为，不仅要从理论上认识到“贯通”的必要性和重要性，更新育人主体在德才并育的过程中应该掌握的理论和方法，也要将这些理论和方法积极运用于实际的教育活动中。然而在这一认识过程中，研究生育人主体的观念更新相对容易，但育人主体固有的思维惯性不易清除，二者形成了鲜明对比，呈现出新认识与旧思维的矛盾冲突，严重制约着科学合理育人格局和育人体系的形成。
一方面，对于思想政治教育体系贯通研究生人才培养体系是建设高水平人才培养体系的应有之义这一观念，研究生育人主体的认识与更新相对容易。首先，随着高等教育内涵式发展，研究生育人主体容易对研究生思想政治教育产生新的认识。当今时代，人才成为影响国家竞争力的重要因素之一，党和国家对高等教育和拔尖创新人才的渴求比以往任何时候都更加强烈。2015年中央全面深化改革领导小组会议审议通过《统筹推进世界一流大学和一流学科建设总体方案》，对我国高等教育建设提出新要求。包括研究生导师、专业课教师、辅导员、管理人员、服务人员等在内的各育人主体一直处于研究生教育教学一线，长期担负着研究生人才培养的重要职责，较为了解当前人才培养规格和研究生群体呈现出的新特点和新变化，容易认识到“育德”是研究生人才培养的关键和核心，明晰其是研究生人才培养的重要组成部分，理解研究生思想政治教育只有贯彻“大思政”理念，将思想政治教育体系贯通研究生人才培养体系，才能使育人实效得到最大限度的提升。其次，党和国家政策文件的相继出台也从外部推动着研究生育人主体对思想政治教育认识的深化。党的十八大以来，高校思想政治教育受到了前所未有的重视，党和国家主要领导人的讲话、先后颁布的思想政治教育相关文件都对各育人主体形成“贯通”认知做出了规定。习近平总书记曾指出“坚持把立德树人作为中心环节，把思想政治工作贯穿教育教学全过程，实现全程育人、全方位育人……做好高校思想政治工作，要因事而化、因时而进、因势而新。要遵循思想政治工作规律，遵循教书育人规律，遵循学生成长规律”
。2018年，习近平总书记在北京大学师生座谈会上强调：“人才培养体系涉及学科体系、教学体系、教材体系、管理体系等，而贯通其中的是思想政治工作体系。加强党的领导和党的建设，加强思想政治工作体系建设，是形成高水平人才培养体系的重要内容。”
党和国家的政策文件也充分体现了上述思想并做出了相关规范和要求：《中共中央、国务院关于加强和改进新形势下高校思想政治工作的意见》强调“把思想价值引领贯穿教育教学全过程和各环节，形成教书育人、科研育人、实践育人、管理育人、服务育人、文化育人、组织育人长效机制”
。《高校思想政治工作质量提升工程实施纲要》明确规定要“一体化构建内容完善、标准健全、运行科学、保障有力、成效显著的高校思想政治工作质量体系，形成全员全过程全方位育人格局”。2018年1月出台的《教育部关于全面落实研究生导师立德树人职责的意见》（教研〔2018〕1号）直接明确了研究生导师立德树人职责，包括提升研究生思想政治素质、培养研究生学术创新能力、增强研究生社会责任感等。通过对政策文件的学习和思考，以及各级党委、学校相关部门的宣讲培训和教育引导，容易激发育人主体对思想政治教育体系贯通研究生人才培养体系形成正确认识，从而实现内部生发与外部推动共同作用而产生的育人主体的观念更新。
另一方面，研究生育人主体的思维惯性难以克服。惯性是指“物体保持自身原有运动状态或静止状态的性质”
。在长期的研究生教育实践过程中，育人主体“由过去的知识、经验或习惯形成认知的固定倾向，即形成比较稳定的、定型化了的思维路线、方式、程序、模式”
，这种思维定式对于育人主体实现思想政治教育全员全过程全方位育人的“贯通”要求产生了直接的阻碍。这种阻碍的产生有两点原因：其一是相关研究生育人主体对职责的思维惯性不易清除。部分育人主体基于固有思维，认为研究生“育德”工作应主要由研究生导师、思政课教师等一线队伍开展，专业课教师只要完成好所承担的教学任务、管理部门只需完成管理任务、服务部门只要完成服务工作即可，尚未形成只有将思想政治工作贯通研究生人才培养体系才能实现德才并育的认识，尚未对如何开展研究生思想政治教育工作产生思考，甚至从未明确承担过“育德”职责。在这种传统思维影响下，育人主体完全剔除思维惯性，落实“贯通”要求，在教学、管理和服务等环节均落实育人整体要求，很难在短时间内实现。其二是现有育人格局的思维惯性难以打破。随着高等教育的深化发展，研究生教学、管理、服务等职能逐渐细分，有效推动和促进了各个领域的科学化和专业化发展。然而，这也为“贯通”思维的形成带来了不利影响，在这种“小思政”格局下，部分育人主体，如研究生导师、研究生辅导员、思政课教师等虽能形成“德才并育”意识，但往往各自为战，缺乏统筹和协调，只能形成思想政治教育的“点”位突破，而无法相互联结形成思想政治教育的“面”。同时，传统“小思政”体系之外的研究生育人主体不承担“育德”使命也渐成固化形态，这与研究生人才培养需要“贯通”这一新形势和新要求，即与研究生息息相关的高校全体教职工都要承担研究生思想政治教育的育人使命难以契合。
研究生思想政治教育队伍完成立德树人使命，不仅需要深刻认识这一时代赋予的历史使命，更需具备完成这一使命的能力。然而现实情况是，研究生育人主体清晰认知肩负的思想政治教育使命相对容易与自身育人能力素质难以迅速提升之间形成矛盾冲突，这本质上是“做什么”与“做得怎么样”的冲突，是认知内容与实践方法的不匹配导致研究生思想政治教育贯通研究生人才培养体系的关键环节不畅、中坚力量缺位，致使立德树人的要求无法落到实处，严重影响了育人实效。
一方面，研究生育人主体对研究生思想政治教育的使命体认相对容易。首先，传统的研究生思想政治教育理论为育人主体进行育人活动提供了理论支撑。从“三育人”“十大育人体系”发展到现在的全员全过程全方位育人，传统的研究生思想政治教育者一直对育人的本质、目的、内容等有着深入的思考和深刻的认识，这些认识为育人新格局提供了科学的理论基础和经验借鉴。同时，其他各育人主体虽未明确承担育人职责尤其是育德职责，但在长期与研究生群体的接触中，直观地了解到研究生群体特点的不断变化，在育才、管理、服务等过程中，对研究生的“德行”逐渐形成了隐性的期待。当其身份明确转换为育人主体、肩负育人使命时，这种隐性的期待就能快速地转换成实际的、直接的育人需求和育人内容。不同的育人主体，尤其是长期身处研究生人才培养一线的育人主体对自身的育人使命更能够自觉体认。其次，党和国家对育人目标的新要求为育人主体的使命体认指明了方向。党的二十大报告提出落实立德树人根本任务，培养德智体美劳全面发展的社会主义建设者和接班人，进一步强化了育人为本，德育为先，培养德智体美劳全面发展的社会主义建设者和接班人的历史使命。这就要求发挥思想政治教育在研究生人才培养中的统领、凝聚、推动作用，遵循“有虚有实、有棱有角、有情有义、有滋有味”四个原则做好研究生思想政治教育，进一步强化价值引领，打造全员全过程全方位育人队伍，把解决思想问题和教学科研、学习就业等实际问题结合起来，增强教育的时代感和实效性。
另一方面，研究生育人主体自身能力不足且提升举步维艰。育人主体不仅需要认识研究生思想政治教育的育人使命，更需要与之匹配的能力素质作为支撑，但研究生思想政治教育队伍现在所具备的育人能力并不能完全适应研究生思想政治教育体系的“贯通”要求，而且由于育人能力提升的规律等多方面限制，育人主体的育人能力难以在短期内实现全面提升。在全员全过程全方位的育人格局中，为满足育人使命的现实需求，育人主体全员需要在传统研究生思想政治教育理论和实践的基础上“学新课”，即在贯通格局下进行新思考、探寻新方法，着力将思想政治教育融入研究生日常的科研、教学、管理和服务工作，从而匹配不同育人主体的多层次需求。在此基础上，过去没有明确育人使命的育人主体还需要“补好课”。长时间缺乏对育德使命的重视和落实直接导致部分育人主体缺乏对研究生思想政治教育目标、任务、内容和方法的系统学习与深入实践，育人方式和育人效果往往和预期有较大差距，尤其是不同学段研究生思想政治教育进度、深度不同，本科生和研究生思想政治教育难以衔接，部分高校甚至出现“断崖”现象，需要努力“补课”。然而，无论是“学新课”还是“补好课”，研究生思想政治教育队伍育人能力的提升所需时间漫长、过程复杂，受到诸多因素的影响和制约。一是“育人能力自身的复杂性”
。研究生思想政治教育队伍由多个育人主体构成且应具备的育人能力既指向不同又构成复杂，需要掌握和具备多元的知识技能方可切实提升育人主体的育人本领。从理论上看，研究生思想政治教育队伍“不仅需要加深对马克思主义理论、思想政治教育工作基本理论的思考，加强对教育学、心理学、管理学等专业知识的掌握，更需要具备坚定的文化自信以及无私奉献精神等意志品质，关注时事热点并在实践中自觉地运用马克思主义立场、观点和方法回应现实问题”
。由此可见，育人能力是“由理论与实践、专识与通识、素质与品质多元要素构成的复杂体”
，这就要求研究生思想政治教育队伍必须投入大量的时间和精力，才能形成这种具有复杂性的能力和素养，这在本质上体现出了育人能力提升的艰难。二是“育人能力发展有其自身规律”
。事实上，育人能力的形成需要一定的周期并呈现独特的自身规律。马克思主义认为，“事物的发展是由肯定到否定、再到否定之否定的过程，是螺旋式上升或波浪式前进的；事物发展的过程是前进性和曲折性的辩证统一”
。研究生思想政治教育主体育人能力的提升势必也需要经由“育人理论的学习、育人经验的积淀、育人理念的修正，再将育人心得投入新的育人实践中的‘肯定—否定—否定之否定’的曲折发展历程”
，才能通过量的积累最终达到质的飞跃，只有经历一定的能力形成周期和发展阶段，才能促进自身育人能力的提升。由此可见，育人能力发展的规律性和周期性决定了其提升进程的缓慢。三是“育人能力的形成需要多维条件的支持”
。正所谓“巧妇难为无米之炊”，研究生思想政治教育队伍育人能力的形成与提升也需要多维条件的支撑。良好的环境氛围、完善的培训机制是提升育人能力的重要因素；研究生思想政治教育队伍育人能力的提升还需要研究生群体自主意愿的配合，只有充分挖掘研究生群体的需求才能找到研究生思想政治教育队伍育人能力提升的瞄准点。与此同时，以研究生导师为代表的高校教师面临的科研压力、教学压力不断增大，而现有教师评价机制则更加集中地体现在对科研成果的评价上，研究生导师迫于多种压力往往认为自己的任务主要是指导学生写好论文。其他教师同样也会认为自己的任务就是上好课，完成知识传授即可，把“育人”放到了更为次要甚至“不必要”的位置，忽略了对研究生思想品德、政治品质等素质的培养，“育德”职能被忽视。同样，其他管理和服务人员也更为注重本职业务工作，以“干好本职工作”为第一要务，缺少提升育人能力的积极性和主动性，难以实现育人能力的有效提升。由此可见，育人能力形成所需的多维条件支持不足也制约着育人能力的迅速提升。
明确的责任分工、科学的效果评估、完善的激励约束是激发不同研究生教育工作者育人积极性的关键，也是思想政治工作贯通研究生人才培养体系的必要绩效管理机制。通过顶层设计、优化体制、完善制度，可以有效实现各育人要素育人使命的明晰分配。但是，对育人结果进行测量、评价和归因分析的过程中，很难划分不同育人要素育人绩效的有无与多少，从而很难进行相应的奖优罚劣。相对容易的责任分工与难以实现的绩效评价之间的矛盾冲突，不仅削弱了不同育人主体的育人自觉，也阻碍了各育人要素合力育人内在动力的生成，成为制约研究生思想政治教育体系贯通研究生人才培养体系的“最后一公里”
。
一方面，在研究生思想政治教育全员全过程全方位育人格局中实现全体教职员工各司其职、各尽其责，划分不同育人主体的责任相对容易。首先，在党和国家的研究生人才培养方向和目标指引下，相关文件规定逐步明确了研究生人才培养的规格，对不同育人主体在研究生人才培养过程中的责任分工划定了相对清晰的界限，并且具有方向性指导和强制性规范的作用。以作为研究生培养的第一责任人的研究生导师为例，2015年中国研究生院院长联席会开展了一项关于研究生导师在研究生培养过程中的权利与职责调查，编制了“研究生导师职责与权利调查问卷”，面向全国高校进行了广泛调研，结果显示导师对“培养学术道德”“引导树立正确三观”这种明确出现在学校规章制度中的强制性职责赞同比例明显高于“关注学生在个人生活方面遇到的问题”等倡导性职责
，体现了政策文件规定对强化育人主体责任认同的重要影响。其次，依托现有的组织机构加以创新的体制机制，为准确划分育人主体责任提供了现实可能性。当前，由于教育性质、教育经验和个体差异，不同研究生教育者对于应该承担的育人职责的感知呈现出理解层次不同、认识深度不同、践履参差不齐的现象，对“贯通”过程中统筹协调、打破壁垒、细分育人主体职责任务提出了强烈的希望，为育人主体责任划分提供了现实的必然依据。同时，基于研究生思想政治教育理论和实践经验，构建“三全育人”的研究生思想政治教育格局相对容易。在高校党委统一领导下，可以通过一体化的体制机制构建，完成协作有序的顶层设计，自上而下贯彻精神、落实要求、明确职责，从而划定育人主体的职责分工，规范育人主体的育人行为，提升贯通效率。高校还可以从制度层面规定教学部门、人事部门、组织部门、宣传部门、服务部门等不同部门和育人主体的任务分工，规定一线教师、管理队伍和服务人员的育人要求，从而使各育人主体在育人过程中共同创造有利于研究生养成高尚品德、做到德行合一的成长环境，为研究生全面成长成才提供全方位的教育引导和咨询指导。
另一方面，对研究生教育者开展科学的育德绩效评估面临诸多困难。当前，育德效果评价及其归因分析是研究生思想政治教育面临的壁垒性难题，这是由育德效果和绩效评价二者自身的特殊性决定的。首先，育德效果内在的迟滞性和潜隐性，难以满足科学绩效评价中所需的外显性、即时性指标。
道德的培养有其自身的周期性，未经一定的培养环节无法实现预期效果。研究生思想政治教育主体首先需要使研究生掌握与道德相关的概念定义等理论知识，其次需要引导研究生通过深化理解将这些知识内化于心，最后需要引导研究生将学到的知识落实到实际活动之中。可以看出，对研究生道德品质的培养至少需要经由上述基本环节，而对某种道德观念的接受和认同，可能需要这些环节的循环往复方可实现。这充分证明了育德过程具有长期性，进而导致育德绩效的外显具有迟滞性。同时，育德的效果并不能像育才的效果那样直观地外显，更多的只能是于细微处见真章，对其量化则更是难上加难，具有显著潜隐性。研究生思想政治教育主体对研究生道德品质的影响是潜移默化、深远持久的，这种影响和培育仿若“水滴石穿”，虽然改变每时每刻、实实在在地发生着，但是育德效果的显现往往只是冰山一角。育德效果的迟滞性和潜隐性使得对育人效果难以进行动态、实时监控，育德效果的反馈机制时效性弱且无法进行明确的阶段性效果区分，从而难以形成具有明确价值导向的科学评价。其次，育德效果的边界不清，与分割明晰的绩效评价难以匹配。
研究生思想政治教育的成效显著地体现于研究生人才培养效果之中，即体现于研究生的成长发展之中，在“才”和“德”的领域都反映出显著的重要变化。但是研究生个体德育成效究竟是哪个主体、哪个部门在哪一个环节和过程中实现的，却难以甚至无从考证。换言之，不同育人主体在实现育德目标的过程中究竟发挥了多大的功效难以评价。同时，育德是一项整体性工程，学校这个“场域”之外的影响因素也不可忽视，家庭和社会都对大学生的思想观念、道德认知和价值判断产生着重要的影响。这种育人过程的“殊途同归”使得绩效评价无所适从，既无法科学准确地对不同的育人主体实施激励与奖赏，大大影响不同育人主体的育人积极性，也无法对不作为的育人主体采取相应惩戒措施，进行系统的监督，研究生教育的教育者创新教育方法、提高育人能力的动力就更加不足，导致融育德于研究生人才培养全过程的环境愈加恶劣，育德效果不容乐观。