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在整个科技创新链条中，科研供给是源头，也是科技成果转化的基础。我国能否转化出一批高水平的科技成果、培育一批世界科技产业龙头、筑造经济发展的基础，关键看是否拥有一批具有先发优势的关键核心技术和引领未来发展的基础前沿技术供给。而科技端供给质量不高，恰恰是我国当前存在的问题之一。
第一次工业革命以来，欧美发达国家依靠先发优势，长期引领全球科技创新发展。全球重大原始创新理论、颠覆性技术也大多诞生于欧美国家。而我国现代意义上的科技创新起步较晚，长期深处“跟随式”创新模式，高校和科研院所科研立项的方式通常是对标欧美国家最新研究成果，实施追赶。这种“跟随式”科研模式，导致我国科学研究大多跳过了对研究内容内在机理的深层次理解，不是以产业需求目标和问题为牵引，而是为超英赶美而搞的科学研究的“洋跃进”“土跃进”；导致我国“捅破天”的重大原始创新长期难以孕育和突破，面向产业需求的重大原始创新供给始终不足。
当然，我国科研工作长期陷入“跟随式”研究的局面，既有客观因素，也有主观因素。新中国成立初期，我国缺少最基础的科学知识体系储备，同时也缺少开展重大原始创新的大科学装置、科研仪器等基础设施。在此情况下，受客观条件和现实基础的限制，我们以“别人”为参照点，邯郸学步式地去补位科研空白，逐渐建立我国的科技创新体系，这无可厚非。
但当前我国已经积累了一定的科研基础，各类科研仪器和重大科研设施逐渐完备，仍旧采取“跟随式”研究，就是主观思想问题了。抛开国家科研立项方式不谈，就科研人员本身而言，一些科研人员已经丧失原创思维。当前存在一个非常客观的事实：我国科研界普遍缺乏科学鉴赏能力，缺乏伯乐，缺乏自信，缺乏攻坚克难的勇气。在长期惰性环境熏陶下，科研人员大都缺乏深邃的逻辑抽象思维能力和天马行空式的想象力，在惯性思维主导下很难凝练出关键科学问题，这是重大原始创新的绊脚石。
正如中国科学院研究员秦四清在其博文里所感慨的：试想，在这样的背景下，即使人财物方面都绰绰有余，但缺创新土壤，缺创新思想，缺“舍我其谁”之创新志气与勇气，缺十年磨一剑的毅力，能做出有重要影响力的原创成果吗？而更为可怕的是，科研人员的惰性思维一旦形成，短期内很难改变，会陷入一个长期恶性循环的生态圈之中。
基础研究旨在更好地理解自然运作的基本原理，它往往无法直接应用，却是技术创新的基础。正是基于这个原因，欧美发达国家高度重视基础研究，投入大量资金支持基础研究发展。但是，我国在基础研究上一直投入不足，不论是投入总量，还是在全国研发投入中的占比，与英、美、日、韩等国家都存在巨大的差距。
根据国家统计局公布的数据，2021年我国在研发上的投入达到了创纪录的2.79万亿元，比2020年增长了14%以上；但基础研究方面的总投入仅为1 820亿元，占中国整体研发支出的6.5%，总量依旧很低。
基础研究经费投入不足，高校和科研院所只能将有限的经费通过“撒芝麻盐”的方式分散在各个研究项目上，难以集中力量开展重大研究攻关。以中国科学院为例，其作为中国自然科学最高学术机构，肩负着代表国家开展全球科技竞争的使命。但中国科学院每年获得国家财政资金支持的金额仅为300亿元左右，300亿元分配给下属的上百个研究所的近7万名科研人员，每个研究课题获取的金额是“少之又少”。在当前新一轮科技革命和全球科技创新竞赛中，要想实现单个领域突破就可能需要数百亿元资金投入，而我国基础研发投入不足，很难集中力量在重大科学工程上开展国际较量。
除了投入不足，我国基础研究投入结构也存在不合理现象。我国目前的基础研究投入主要来自中央本级财政，其在全国基础研究总投入中占比达90%以上。而在一些发达国家，地方政府会承担支持基础研究的一部分责任，企业在基础研究总支出中的贡献也高于我国。如美国联邦政府对基础研究的投入占一半，而我国中央财政投入占到了90%；我国地方政府对基础研究的投入占7%，美国则是接近20%；美国的社会资金占基础研究总投入的20%，但是我国企业对基础研究的投入几乎可以忽略不计。由此可见，我国基础研究投入结构比例存在问题，亟须加快研究制定有效凝聚全社会力量投入的有效机制，汇聚各方资源支持基础研究取得重大突破。
长期以来，“以论文论英雄”、以激励短期科研项目为主的科研评价和考核体系，加剧了科技端攻关同产业端需求的脱节。作为“理性”动物，一般情况下，人会对外界的刺激做出相应的反应，科研人员也不例外。由于绩效考核是对科研人员工作能力的评估、工作量的核算，以及在此基础上进行科研效益衡量的主要计算方式，其结果也会直接与职称评审、岗位聘任等科研人员的切身利益挂钩，因此，考核对科研工作的导向起到非常重要的作用。
当前，国内大多数科研院所对科研人员进行激励、职称评定时，注重强调科技论文的数量、影响因子、专利数量，对相关人员进行层层考核，在经费拨付、职称评定等限制性因素上“下功夫”。这种情况下，科研人员就会根据自身发展的需要进行选择。于是，“重研发、轻转化”“重论文、轻专利”等现象层出不穷，科研人员也就对科技成果转化的工作缺乏积极性。职称评定和绩效考核这两大政策，也是导致我国高校科技成果转化动力不足的主要因素之一，这种影响在211高校和985高校中尤其明显。
目前，尽管在国家政策驱动下，各高校和科研院所对外宣称将科技成果转化作为职称评定和绩效考核的重要指标，但实际情况是：一旦科研人员带着成果创办企业，特别是专职从事科技成果转化的科研人员，可能就丧失了职称晋升的机会。
专利申报数量和授权数量长期以来是高校和科研院所对科研人员评级、评优、评奖、评项目的重要指标，而极低的“沉没成本”也成了“鼓励”科研人员对“有效性不足”的专利进行申请的一大因素。比如，中国专利申报的成本相对低廉，发明专利的申请费用仅为3 000~4 000元，申请时长为1~3年。在专利申请的低成本和激励机制的强力“诱导”下，发明人做出申请专利的决定是很容易的，但申报的专利是否真正具有产业价值却很少在考量范围之内。
在第四届世界顶尖科学家论坛上，图灵奖得主约翰·霍普克罗夫特指出，中国高校更关注如何提高国际声望和指标，即研究经费和发表论文的数量。马大为院士也表示，科研人员要养家，在“非升即走”的压力下，倾向于做“短、平、快”研究，只要论文发表得多、观点新颖，马上就名利双收。在此种评价方式倒逼下，科研人员普遍急功近利，很难在一个领域深耕产出“十年磨一剑”的重大原创性科研成果，以论文、专利等形式存在的大部分科技成果只能长期束之高阁，与产业化应用和需求的距离自然就越来越远。
科技成果归属权不清晰，也在一定程度上限制了科研人员的积极性。根据我国法律法规，职务发明专利权属于单位。《中华人民共和国专利法》第六条规定：执行本单位的任务或者主要是利用本单位的物质技术条件所完成的发明创造为职务发明创造。职务发明创造申请专利的权利属于该单位，申请被批准后，该单位为专利权人。该单位可以依法处置其职务发明创造申请专利的权利和专利权，促进相关发明创造的实施和运用。但是，该法条提出的“主要是利用本单位的物质技术条件所完成的发明创造为职务发明创造”中的“主要”提法过于笼统。如多大比例才是“主要”？法律条文中并没有对单位提供的资金、信息、设备和各种技术条件的份额做出明确的规定。在实际操作过程中，职务发明和非职务发明、本职发明与兼职发明难以区分。如科研人员在完成本单位分配任务过程中产生的其他发明创造，或利用本单位科研活动产生的科技成果再创造所形成的新成果，是否属于职务发明创造？此类情况很难清晰界定。在进行科技成果归属权实际认定时，一项科技成果尽管只是利用了一小部分单位的科研资源，而大部分是科研人员通过自己努力取得的，通常也会被认为是职务发明创造，成果归属权大都被认定为单位所有。此外，职务科技成果是国有资产，在成果转化过程中，一旦定价低或转化失败，就可能触及国有资产流失的红线，科研人员和管理人员存在不敢转的顾虑，需要职务科技成果单列管理。目前，尽管国家正在大力推动相关法律法规的制定，但实际上包括股权、期权、分红等在内的激励方式存在发布主体过多、措施偏宏观、交叉重叠性强等问题，高校和科研院所在微观层面上的成果归属权、收益权管理制度等机制仍未完善，或是在激励政策的执行上无动于衷，导致政策形同虚设。
此外，在现有科研考核体系下，科研人员把大量精力投入“拉赞助”中，没有精力对科技成果进行转化。不少科研人员吐露，职称越低，越依赖单位自主科研经费和个人募集。因此，科研人员要把大量的精力和时间花在“搞钱”“搞关系”等与科研本身关系不大的事务上，一通忙碌之下，可能还拉不到“赞助”，结果便是耽误了工作，一流的科技成果也遥遥无期。
在《光明日报》2020年刊登的一篇时评文章中，作者就写道：当前，科研人员都很忙。比如，为了获得课题和项目，科研人员是否也需要“迎来送往”，搞好与有关部门、评审专家的关系？课题、项目立项如果不能坚持由专业同行评价，而要受到非学术因素影响，这种状况就几乎不太可能消失。现在不少高校博导、科研院所研究员称自己是“超级业务员”，要填很多表格，常年出差，到处去“拉业务”。因为只有拉到课题和项目，才有经费，进而才能维持课题组的生存，给博士生相应的经费资助。在“头衔化”“帽子化”的学术评价体系中，要让科研人员日子过得更好，就必须弄到“头衔”“帽子”；没有“头衔”“帽子”，生存处境就越来越难。而要获得“头衔”“帽子”，就必须融入“头衔”“帽子”的学术江湖中。除此之外，折腾经费、跑报销也早已广遭诟病。
也有很多科研人员对自己研究的领域盲目自信，在科研选题上鲜有对生产实践中的实际技术问题进行考察和调研，开展研究涉及面小、内容少、重复多，总体忽略了市场的需求和企业的要求。
尽管一些课题结题评审的鉴定意见是“国内领先水平”“行业领先水平”，实际上却是重复研究或是技术含量不高的研究，不是真正有市场潜力、有推广价值、有成熟度、适宜转化的科技成果。缺乏战略和市场化思维并被固有思维限制，导致很多研发成果难以被市场所接受、为社会所应用。