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因为找岔子要比理解肯定的东西容易，所以人们容易陷入错误，只注意国家的个别方面，而忘掉国家本身的内在机体。
——黑格尔
司法机关在国家治理结构中的定位是法治建构中的重要问题，而国家治理结构亦会直接地塑造相应的司法体制。按照西方学者所言的“纯粹分权理论”，以立法权、行政权、司法权分立为基础而形成的司法体制，能够忠实、有效地保证法律的实施。这是西方语境中关于法院的“理想化模型”的核心所在
。在当代中国语境中，司法机关在治理结构中的定位突出地体现为法院与地方治理系统之间的关系。对此问题，学术界形成“司法地方保护主义话语”，认为目前存在的主要问题是司法的“地方化”，要加强法院在地方的独立性，实现“去地方化”，并且认为这是重塑司法权威、维护司法公正的关键所在。近几年的司法改革以司法权是中央事权作为基本定位而展开，这在一定程度上也体现了此种思路。不过，这并不意味着理论界所言的“去地方化”主张与决策者的改革布局完全一致。
在我国的国家治理层级中，县域治理具有基础意义，构成国家政权体系最为完整的基层结构，“县一级处在承上启下的关键环节，是发展经济、保障民生、维护稳定、促进国家长治久安的重要基础”
。基层法院处于县域治理的体制结构之中，其运行形态亦受此影响。实际上，最高人民法院也强调基层法院应当在县域治理中发挥作用。就影响基层法院运行的体制因素而言，最为重要的是党政体制
。党政体制中的法院和其他的国家机构之间的结构性关系，与西方体制中的法院和其他的国家机构之间的结构性关系存在显著差别。这种结构性关系构成塑造中国各级法院基本运行机理的体制性因素。中国的县域治理具有明显的统合性，这种统合性依托党政体制而展开并实现，强调由党委进行全面领导，实现对县域治理的主体、资源等进行整合与协调。在此意义上，从县域治理的视角考察基层法院，能够体现出整体性，在一定程度上折射出大国治理的复杂性，而不会将基层法院建构与运行视为孤立的问题。
在县域治理中，党政体制是基层法院赖以建构与运行的结构性因素，基层法院所依托的条块关系均在党政体制中展开。在这样的结构性因素影响下，以中央、司法系统、地方党委系统作为构成要素的“一体双轨”司法调节机制得以形成：一方面能够保证地方党委领导的县域治理权力结构的完整性，另一方面能够保证基层法院有较大的独立审判空间。总体而言，在基层实践中，党政体制对保障司法机关一定程度上的独立性起到积极作用，但在某些情况下也会存在一定程度的张力。对于此种张力，要通过政治生态治理和司法体制改革加以调节或克服，而非单纯通过强调司法机关独立抑或“司法去地方化”就可以实现。进而言之，从国家治理的制度逻辑来看，对于基层法院在政制结构中的定位问题，其方向并不在于使基层法院从地方治理系统的影响中脱离。