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王敦之死，表明琅琊王氏在政治上失势，虽然依旧是名门望族，可是因为兵权丧失，在朝廷中的地位大不如前。
王敦与钱凤等亲信密谋篡晋，不慎被堂侄王允之（王舒之子）获悉。王允之假装酒醉沉睡，骗过了王敦。他不久便以回京探父为由回到建康，通过王舒、王导将王敦的图谋报告给了司马绍，引起了朝廷的警觉。
这件事还有另外一个版本：
王右军年减十岁时，大将军甚爱之，恒置帐中眠。大将军尝先出，右军犹未起。须臾，钱凤入，屏人论事。都忘右军在帐中，便言逆节之谋。右军觉，既闻所论，知无活理，乃阳吐污头面被褥，诈熟眠。敦论事造半，方忆右军未起，相与大惊曰：“不得不除之！”及开帐，乃见吐唾从横，信其实熟眠，于是得全。于时称其有智。
王敦于不久后患病，病势愈来愈重，遂矫诏拜养子王应（王含之子）为武卫将军，作为自己的继承人。
他的智囊兼心腹钱凤问：“公若有万一，王应能接过重任吗？”
王敦认为，王应年少难当大事，提出了三套方案：上策为放弃兵权，复归朝廷；中策为退回武昌，拥兵自守；下策为举兵东下，颠覆朝廷。
钱凤却认为下策才是最好的计谋，遂与沈充决定在王敦死后发动叛乱。
王敦病势沉重不能领兵，便以王含为元帅，与钱凤等率军向建康进发，沈充亦于吴兴起兵，直趋建康。
王敦死在姑孰军府，终年五十九岁。他临终遗命，让王应先即位称帝再为自己操办丧事。但王应却秘不发丧，只用草席包裹王敦尸身，外涂白蜡后埋于军府厅堂之中，而后便日夜与下属纵酒行乐。
树倒猢狲散，王敦的死讯此时逐渐传开，叛军顿时军心涣散。王含、沈充等自知大势已去，遂连夜烧营溃逃。
及王敦死，王含欲投王舒，王应劝含投彬。含曰：“大将军平素与江州云何，汝欲归之？”应曰：“此乃所以宜往也。江州当人强盛时，能立同异，此非常人所及。睹衰厄，必兴愍恻。荆州守文，岂能意外行事！”含不从，遂共投舒，舒果沈含父子于江。彬闻应来，密具船以待之。既不至，深以为恨。
王应劝父亲去江州投奔王彬。王含认为，王彬一直不赞成王敦举兵，多次提出反对意见，二人关系不佳，不能依靠。而王应认为这才是应投奔王彬的原因，王彬在王敦得志之时仍能持异见，常人难以做到。在看到他们遇险时，必会心生恻隐而进行帮助；但王舒遵从法度，很难通融。
胳膊拧不过大腿，儿子要听爹的话。王含坚持要到荆州投奔王舒，面都没见着，父子二人就被王舒派人溺杀于江中。
王彬听闻王含、王应可能会来投奔，就暗中准备船只接应，结果他们始终没来。
在利益面前，亲情、友情可能会大打折扣。
南朝敬胤曾经感慨地说：“昔郦寄犹以卖友见讥，况贩兄弟以求安乎？若夫王舒，可谓非人乎！”
钱凤、沈充相继被杀，首级传送京师。
司马绍命起出王敦的尸首，焚毁其所着衣冠，摆成长跪的姿势斩首戮尸，随后将王敦、沈充等人的首级一同悬挂在城南朱雀桥上示众。