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海南玉米育种中花期不遇的主要原因：育种人员经验不足，惯用北方气候条件下的生长期来计算花期；病虫鼠害等造成亲本补种；特殊的热带季风气候也是造成花期不遇的主要原因。相比于北方地区，海南日照时间长、温度高，容易出现多风天气，易造成花期短、雄穗散粉过快等现象。这时，如果发现母本比父本晚，母本应尽早去雄，可带1～2片顶叶去雄，待雌穗分化后，剪掉其顶端苞叶2cm，可提早抽丝2～4 d；如父本过晚，可以偏施水肥，中后期还可喷5～7 d生物肥。因此，只有勤观察、早发现，才能降低花期不遇的风险和损失。
整个玉米生育期的主要害虫有蚂蚁、地老虎、菜青虫、蚜虫、螟虫，主要病害是锈病。种子包衣可有效防止地下害虫，播种后可大面积喷施辛硫磷水溶液；苗期菜青虫危害严重时，可喷施辛硫磷1 500～2 000倍液或使用“通杀”，效果较好；成株期要注意防玉米螟的危害，可在大喇叭口期用通杀水溶液兑3％呋喃颗粒灌心。玉米锈病通常发生在灌浆期，采用“杨彩”兑“三唑酮”效果最佳，每10 d喷1次。
台风是形成于热带洋面上的气旋性涡旋，是中国沿海地区主要的灾害性天气。强台风袭击时，常常带来狂风暴雨天气，台风灾害是影响海南岛农业发展最主要的气象灾害：第一，大风造成的机械损伤，使得作物折枝伤根以及倒伏；第二，台风暴雨会产生洪涝或渍涝灾害，同时土壤表面过湿和空气湿度较大，导致植物病菌害发生发展；第三，大风加剧了迁飞性、流行性植物疫病和虫害的流行与传播，比如稻飞虱、稻纵卷叶螟等飞行类昆虫还会借助台风气流大规模迁入。大风具有方向性，玉米因风害出现倒伏后，植株会重叠在一起，导致群体结构被破坏，叶片在空间的正常分布秩序被打乱，叶片的光合效率下降，同时玉米倒伏还会对机械收获造成严重障碍。如果风害引起茎秆折断，则切断了植株的主要运输系统，既影响根系向叶片输送水和营养物质，也影响叶片向果穗输送光合产物，造成减产；如果茎秆折断严重，则折断部位以上组织会干枯死亡，光合作用和籽粒灌溉停止，减产更为严重，甚至绝产。
干旱灾害是指久晴无雨或少雨、土壤缺水、空气干燥而造成的农作物枯死、人畜饮水困难等现象。少雨的天气，遇到高温共同作用，旱情发展更加严重。干旱灾害是海南岛出现频率较高、影响范围较广、持续时间较长的第二大灾害性天气。受季风气候影响，海南岛降雨量分布不均，旱季、雨季分明，气象干旱时有发生，而且气象干旱通常伴随高温天气，会加速农作物蒸腾，植株体内水分失调，阻碍了玉米出苗，降低了玉米中部节间的伸长速率，减少了玉米穗行数及行粒数，导致玉米灌浆不足，从而造成产量和品质降低。玉米干旱造成的减产幅度除与干旱程度、持续时间有关外，还与干旱发生时期密切相关，不同时期玉米减产幅度由大到小的顺序为：小花分化期至散粉期＞灌浆期＞小穗分化期＞苗期。
暴雨洪涝灾害是指由于降水量过大、降水时间过长，农田地表积水或地下水饱和而使得作物生长发育受阻、产量降低甚至绝收的农业气象灾害。海南岛作为著名暴雨中心之一，暴雨日较多、强度较大，一年四季都有可能出现暴雨洪涝灾害，但主要集中在4—10月。暴雨洪涝灾害造成的损失是多方面的，包括洪水对作物的机械损伤和生理机能的破坏；暴雨洪涝带来的泥沙会覆盖作物和田地，使土壤变质，无法耕种；低洼地区的作物在受涝害后常引起烂根、倒伏，甚至腐烂死亡。多雨导致的低温寡照对抽穗扬花后的玉米积累养分，以及正常完成灌浆极为不利；多雨造成的土壤水分饱和，田间湿度过大，会致使玉米的锈病出现暴发性和流行性危害。过度的多雨潮湿天气，不仅会影响玉米根系的呼吸和吸收，对壮籽不利，还会使接近成熟或已经成熟但尚未收获的玉米增加发芽和被霉菌侵染的概率。即便是已经收获的玉米棒子或者籽粒，在多雨潮湿的天气里，要是得不到晾晒，也很容易发芽，并给霉菌的侵染创造便利，从而增加玉米发芽霉变的比例，影响玉米质量和最终收益。
低温寒害是指热带、亚热带植物在冬季受到一个或多个低温天气（一般为0～10℃，有时出现低于0℃的情况）的影响，造成植物生理的机能障碍，从而减产或死亡。在海南岛冬春季节的农业生产中，常受到强冷空气的影响，导致农作物遭受危害；而且温度越低，低温持续时间越长，作物受到的伤害越严重。主要受到低温寒害的作物有经济林果、冬季瓜菜、南繁育制种、天然橡胶树等。在遭受低温寒害后，不同作物的表现症状有所不同，轻者花果脱落、果品变差，重者枝条干枯、死亡，导致减产，甚至绝收。低温寒害会使得橡胶树出现爆皮流胶、枝梢干枯烂脚等症状，而且寒害还具有滞后性，随着温度逐渐回升，橡胶树的寒害症状才陆续出现，如树体割面树皮坏死、枝梢干枯，甚至植株死亡。
海南的低温寒害过程多数伴随着低温阴雨天气，低温阴雨天气出现的时间多为每年12月至翌年2月。根据低温阴雨天气出现影响程度分轻、中、重三级，海南岛低温阴雨平均每年出现2.8次，12月至翌年2月均有出现，1月稍多。低温阴雨天气出现的日数和次数，以海南西北部、中部山区为最多，南部沿海地区基本不会出现，其中，临高、澄迈、屯昌、儋州和琼中出现低温阴雨天气的概率在90％以上，三亚、陵水几乎没有低温阴雨天气。低温阴雨天气维持的天数平均为7.4 d，其中，持续天数为3～7 d的占65％，8～14 d的占23％，15 d以上的仅占12％；五指山以南地区年均低温阴雨天气很少，保亭、三亚和陵水不足1 d。
高温热害是指气温持续偏高（或伴随空气湿度偏低），导致农作物生长发育受阻，并最终影响农作物产量的现象或过程，一般是外界环境温度超过作物生长发育所能承受的上限温度而造成的，主要有大田作物高温热害，以及果树、经济林木高温热害与灼伤等。玉米热害指标，以中度热害为例，苗期为36℃，生殖期为32℃，成熟期为28℃，开花期气温高于32℃不利于授粉。以全生育期平均气温为准，轻度热害为29℃，将导致作物减产11.9％；中度热害为33℃，将导致作物减产52.9％；严重热害为36℃，将造成绝产。当最高气温为38～39℃时，会造成高温热害，时间越长，作物受损越严重，恢复越困难。在玉米苗期，高温会使光合蛋白酶的活性降低，叶绿体结构遭到破坏，引起气孔关闭，从而使光合作用减弱；同时，在高温条件下，玉米叶片呼吸作用增强，消耗增多，干物质积累下降。在生殖生长期，高温可以加速玉米植株内的生理生化反应，导致生育期缩短，如雌穗分化时间缩短，雌穗小花分化数量减少，果穗变小。在生育后期，高温会使玉米植株过早衰亡，或提前结束生育进程而进入成熟期，灌浆时间缩短，干物质积累量减少，导致玉米千粒重、容重、产量和品质降低。在开花授粉期，玉米植株对温度十分敏感，当气温持续高于35℃时，不利于花粉形成，开花散粉受阻，表现在雄穗分枝变小、数量减少，小花退化，花药瘦瘪，花粉活力降低等方面，同时植株受损的程度随温度升高和持续时间延长而加剧。当气温超过38℃时，雄穗不能开花，散粉受阻。高温还会影响玉米雌穗的发育，致使雌穗各部位分化异常，延缓雌穗吐丝，导致雌雄不协调、授粉结实不良、籽粒瘦瘪。另外，高温易引发病害，并使玉米的产量和品质下降。海南高温天气主要出现在春季和夏季（3—8月），以5—7月为最多；10月至翌年2月，海南岛月高温日数不足0.2 d。海南岛各区域年高温日数分布差异悬殊，由西北地区向东南地区递减，西北部地区的高温日数最多，如澄迈、定安、屯昌、儋州和西部昌江等地区，均超过30 d；而东部万宁、中部五指山、南部陵水和三亚、西部东方等地，不超过3 d。
冰雹灾害在海南发生的频率也不低，破坏性较强。冰雹天气一般来势汹汹，强度较大，并伴有狂风暴雨，对农作物危害极大，轻则造成作物减产，重则颗粒无收，还可砸坏建筑物，危及人畜安全，一般春夏季在海南中部发生。