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科学性原则反映了农村绿色发展的相关指标都应当具有重要的经济价值，能够从不同角度体现对农村的基本定位和对绿色发展的基本要求。通过收集历史信息和文献资料，本书发现在已有研究成果中，众多学者从不同角度设计了农村绿色发展的度量指标。事实上，所有评价指标的选取都应当紧密结合评价对象的具体内涵。基于对农村绿色发展的理论阐释，本书所选择的评价指标一方面必须是针对农村地区或者农业市场，应当具有典型的“三农”属性，另一方面则要突出绿色发展的理念，包括绿色资源的使用和绿色环境的维护。
制约和反映农村绿色发展的指标体系很多，并且指标之间可能还存在领域交叉和结构关联，因而仅利用单一指标不可能对农村绿色发展水平和波动特征进行全面衡量，还需要从不同角度来选择指标以综合反映农村绿色发展各个方面的特征和状况，力求得到一个更佳的效果。根据上一小节的内容可知，评估农村绿色发展的指标体系应该具有全面性，也要综合考虑绿色基础指标、绿色资源指标、绿色环境指标和绿色技术指标。同时，针对每一个维度，应该尽可能地用更多的指标来体现其全面特征。
全面性原则体现了对农村绿色发展所需指标的综合考察，但当前的统计制度决定了对核算指标的考察难以做到非常全面，并且过多的指标也将影响到数据收集的可操作性，提高了加工处理的难度。为此，针对每一个维度设计有代表性的指标显得尤为必要。首先，选取的指标要能体现出重要的经济意义，这样才能在反映农村绿色发展方面更具有专业性和针对性；其次，要求指标的时序波动性较为灵敏，这样才能反映出农村绿色发展的变动趋势；最后，指标在各地区间的差异应当较为明显，这样才能体现出农村绿色发展的区域差异，为分地区寻找农村绿色发展的差异化特征提供依据。因此，为了体现代表性原则，具体选择方案将对指标属性提出分类要求，需要系统比较和评价定性指标与定量指标、相对指标与绝对指标、比率指标与速度指标在衡量农村绿色发展中可以发挥的作用，以明确衡量农村绿色发展最适用的指标类型。
已有研究主要聚焦于全国层面的农村绿色发展问题，也有部分学者关注特殊地区的农村绿色发展问题，但针对全国各地区展开综合测算与比较分析的成果较少，一个重要的原因在于不同地区的统计指标缺乏可比性。地大物博是我国的基本特征之一，作为传统的农业大国，我国东南西北不同方位的农业产品和服务存在较大差异，这使得从全国范围内寻找具有可比性的统一口径的农业指标存在一定难度，尤其是在满足指标全面性和代表性原则的基础上，需要设法进一步创新指标的选取模式，从而提高数据获取的可行性。可行性原则不仅要求各项指标都可在地区层面通过相关网站媒体和数据库找到基础资料与数据，也要求能够根据相关数据测算得到各地区农村绿色发展的综合水平、发展速度与绩效。因此，在基于全面性原则来考虑更多指标的过程中，必然会有部分指标在一些地区因缺乏较多数据而不得不舍弃，这样虽会减少纳入分析的指标数量，但可以增强数据处理与分析的可操作性，也将提高研究结论的科学性。