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尽管农村发展取得的成绩举世瞩目，然而由于我国农村人口较多且素质参差不齐，农业覆盖面积较广但农用技术水平差异显著，华东、华南、华西和华北的自然环境以及地形地貌迥异，使得我国在推进农村绿色发展过程中仍存在许多不确定因素。此外，作为一个庞大的农业改革项目，农村绿色发展的改革手段需要实时更新，推动机制也颇为复杂，并且牵涉不同经济主体，因而当前农村绿色发展仍然存在较多的问题，综合来看主要表现在以下四个方面。
一是绿色农产品生产意识薄弱，供给体量偏小。受历史因素影响，我国农产品供给长期以来都更为强调量，而忽视了质，这种思路也决定了农业生产主要采取的是粗放式的手段与模式，生产效率低，污染要素投入大。此外，我国广大农民受教育水平整体偏低，为了降低农作物的病虫率，也为方便农产品的储存和运输，倾向于采用提高农药使用量的方式，因此绿色农产品也减少了。二是针对绿色农产品供给的监管手段不到位。绿色食品因其更加环保和健康，往往更受消费者青睐，但绿色食品也存在价格相对偏高的弊端，一些厂商和农户于是将污染超标的农产品宣传为绿色农产品，通过这种方式谋取不正当利益。但这种行为并没有得到食品监督管理部门的有效监管，也没有被媒体有效曝光，从而提高了非绿色食品的市场占有率，也助长了市场的恶意竞争行为。三是绿色农产品在市场流通和交通运输环节方面存在天然劣势，由此转换为价格劣势，这也不利于绿色农产品抢占消费市场。此外，绿色农产品的供给会影响到其他农户的经济利益，因而会受到其他农产品的挤压，最终导致农产品供给市场上出现“劣币驱逐良币”的现象。
随着《农业农村污染治理攻坚战行动计划》、农村“厕所革命”等系列方案的推进，我国农村生态环境治理取得了较好的成效。但仍然存在一些不足，突出表现在三个方面。其一是生活污水排放量居高不下，这一方面与农户自身的生活习惯和环保意识存在较大关联，另一方面也与当地环保政策与监管手段密不可分。其二是秸秆焚烧整治方案的效果不太理想，除少数农户能够自愿有效回收秸秆，大多数农户仍然倾向于采取焚烧的方式。尤其是在机械化得以运用的背景下，秸秆的回收利用率明显不足。此外，因为存在价格优势和使用便利性，塑料薄膜的整体使用率偏高，但回收效果并不理想，由此引发的农村白色污染较为严重。其三是耕地质量偏低，正在推进的退田还耕政策对提高我国耕地质量收效不明显，一级质量的耕地面积占比较少，中等质量的耕地面积较大，全国耕地质量整体呈现正态分布（戴晓鹂等，2019）。
近年来，农业生产的科技步伐在不断加快，但我国农村地区的机械化水平与发达国家相比仍然存在较大差距。2020年，我国综合农业机械化水平仅为33％，而澳大利亚的甘蔗机械化水平已超过90％，美国在棉花和甜菜等农作物的播种到收割环节则实现了全面机械化。此外，受地域和地区发展影响，我国农村地区的机械化利用程度存在区域差异性，具体表现在平原地区的机械化水平相对较高，尤其是东北平原的农业机械化水平非常高，其中黑龙江省建三江垦区的农业机械化水平已经超过了98％，远超同期美国平均水平，但丘陵地带和高原地带的机械化水平则整体较差，大型农业机械无法得到推广，使得科技成果的转化应用价值较低。
在农村生产的人才要素方面，我国也存在农村劳动人口不足和劳动生产效率不高等弊端。改革开放以来，我国广大中青年人口逐渐向省会城市与发达地区聚集，这样一来我国农村适龄劳动人员也在不断减少，仅靠空巢老人和独居老人支撑的农业人口已经明显无法满足农村生产的人才需求。在机械化水平无法及时跟进的前提下，一些农田和耕地都处于荒废状态，人均创造的农业生产总值较低，与乡村振兴战略规划提出的目标值存在较大差距。此外，我国人口老龄化趋势愈发明显，这不仅在较大程度上改变了农村生产要素投入比例，也引发了产业结构的变化。与此同时，农村人口老龄化的显现，也倒逼作为理性经济人的农户做出改变农村宅基地和耕地利用形式的选择，从而给农村生态空间的扩展提供了机会（李秀彬等，2011），但也因此降低了农产品的供给规模（廖柳文等，2018）。
这一弊端突出表现在三个方面。一是农业灌溉水资源利用效率不高。我国水资源相对稀缺，尤其是中西部地区的降水量极为不足，而农业用水量又相对偏高，但传统的地面灌溉和喷灌方式存在较为严重的蒸发、水耗和浪费问题，水的利用率很低。现代农业微灌溉技术具备良好的精确性，能够更好地提高单产和果实品质，但因存在一定技术含量和资金要求，在落后的边远农村地区不能得到普及。加之农户的节水意识较为薄弱，有限水资源在同一地区不同农户家庭之间也缺乏有效配置，农田灌水的两极分化较大，使得水资源的综合利用效率整体偏低。二是农药和化肥使用量偏高，但综合利用率低。农药可以降低病虫鼠害的影响，从而提高农作物产量，化肥的使用则可以为农作物生长提供必要的营养，因而农药和化肥的使用在保证农产品供给过程中发挥着重要作用，也成为农作物生产必不可少的投入要素。但由于当前农户所需的农产品已经基本实现自给自足，在不将粮食出售作为主要收入来源的背景下，农户对于农药和化肥量的使用缺乏科学估计，为了减少劳动频次或提高杀虫效果，过度使用农药和化肥的现象在农村地区极为普遍，资源有效利用率严重降低。三是农业资金有效供给不足。受多种因素制约，农户自发性投资用于农村建设的潜力很小，“三农”发展的资金主要来源于国家财政。而得益于国家政策对“三农”的扶持，我国支持“三农”发展的建设资金确实在不断提升，但整体来看，“三农”财政资金比例仍然较低。尤其是在新冠病毒感染疫情的冲击下，企业迫切需要减税降费，这就进一步要求政府要“财政过紧日子”，使得“三农”建设资金有效供给仍然存在较大缺口。