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户籍制度的推行奠定了城乡二元格局，使城市在产业集群、资源要素配置、分工效益等方面优于农村地区，地缘群体和地方保护意识也在不同程度上加速了城乡差距的不良循环。改革开放的推进打破了农村劳动力流动的局限性，农民工进城发展也可能造成农村发展所需劳动力不足的问题，从而约束了农村的有效发展。与此同时，“三废”逐渐向农村地区转移，乡镇工业污染和农村面源污染较为严重，因而国家在统筹城乡发展的过程中开始整治农村污染。
为了有效解决农村发展困境，改革公有制经济的弊端，也为了积极统筹城乡发展，1978年，安徽省凤阳县小岗村率先试点分田到户，取得了较好的成绩。至此，包产到户、包干到户得到了国家的认可，1982—1986年，频繁出台的中央一号文件都强调了“三农”问题的重要性，并指出社会主义生产责任制应该包括包产到户、包干到户，人民公社旧体制逐步废除，家庭联产承包责任制开始在全国推广。这一时期，土地所有权和经营权得到分离，农民积极性空前高涨，农业生产效率也得到明显提高。
随着粮食产量出现较快增长，农村富余劳动力进一步向城市和乡镇企业聚集，在邓小平南方谈话以后，农民进城务工的势头更为明显。随着党的十六大报告明确提出要统筹城乡发展，提高农业的基础性地位，在这一格局中，《畜禽养殖业污染物排放标准》《农业农村部关于深入推进生态环境保护工作的意见》《农业资源与生态环境保护工程规划（2016—2020）》等法规制度，明确指出要加强农村环境保护、禁止城市向农村转移污染，并提出建设生态农业的相关要求。而随着农业税条例的依法废止，以及党的十七大进一步提出要推进农业现代化，针对农村地区的环境保护要求得到重视。