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秦始皇统一以后，面临的最大问题是在幅员和组织都空前巨大的帝国里，如何能够维持皇帝和皇室的统治权力。秦始皇当然是一个雄才大略、能力很强的皇帝。理论上所有的权力都是他的，所有的事情都是他决定的，但实际上却很难做到。《史记·秦始皇本纪》记载：“天下之事无小大皆决于上。”“上至以衡石量书，日夜有呈，不中呈不得休息。”皇帝的工作太繁重，秦始皇也忙不过来。于是他给自己定了工作量，一石在当时是120斤，他一天的工作量是批阅120斤的简牍文书，并且干不完就不休息。即便以如此的工作量，秦始皇也不可能做到“事无小大皆决于上”，因此皇帝必须要建立一套制度，帮助其管理庞大的帝国。秦始皇统一之后的制度建设，对后世产生了深远的影响。
《商君书》云：“圣人之为国也，壹赏、壹刑、壹教。”追求整齐划一，是秦始皇制度建设的特点。首先是废分封、行郡县。分封制从西周开始到秦统一全国，已经实行了近千年，所以在秦始皇统一以后，丞相王绾等人就说“诸侯初破，燕、齐、荆地远，不为置王，毋以填之”，边远地区，如果不封一个王，是不好管理的，因此“请立诸子，唯上幸许”。提出了分封的计划。秦始皇把这事情让百官来讨论，“群臣皆以为便”，大臣们都认可分封的做法。这说明在当时人看来，已经实行了近千年的分封制有相当的合理性。廷尉李斯持反对意见，李斯议曰：“周文武所封子弟同姓甚众，然后属疏远，相攻击如仇雠，诸侯更相诛伐，周天子弗能禁止。今海内赖陛下神灵一统，皆为郡县，诸子功臣以公赋税重赏赐之，甚足易制。天下无异意，则安宁之术也。置诸侯不便。”他说分封制并不好，以前西周大行分封，最后诸侯互相残杀，周天子无法控制。现在这些功臣、子弟，只需要给他们一些物质上的赏赐即可，不必分封。秦始皇说：“天下共苦战斗不休，以有侯王。赖宗庙，天下初定，又复立国，是树兵也，而求其宁息，岂不难哉！廷尉议是。”
秦始皇拍板决定，肯定了李斯的意见，因此废除分封，把战国以来已经开始实行的郡县制用秦的强力推行到秦国的版图上。这是一次重要的变革。同时，秦还建立了配套的中央和地方制度，中央有三公和诸卿，地方是郡县二级制。这些在汉代的一讲当中还会进一步介绍。
其次，建立严格的户籍制度和繁密的法律制度。户籍制度在讲春秋战国变革时已经说到，它是和富国强兵的目的联系在一起的。同样，秦始皇统一全国之后，“使黔首自实田”，黔首是指百姓，让百姓登记自己的田亩、户口，国家力图准确掌握全国的人力资源和财税资源。掌握最高法权也是集权的重要基础，《汉书·刑法志》称秦始皇“专任刑罚”。秦统一六国以后，以秦律为基础，参照六国律，制定了通行全境的法律。换句话说，秦朝基本上是把秦律推行到了全国范围，秦律的特点在于法网严密、条目繁重、轻罪重刑、严刑酷法。其严密到甚至人穿什么样的鞋子都有具体的规定，严酷到死刑之下即是不设期限的徒刑，用今天话说，就是所有徒刑都是无期徒刑。严刑酷法与秦的速亡是相关的。
秦统一后还建立了统一的军事制度，它规定：男子爵在不更以下，年龄在傅籍以上，一生中随时都有被征兵的可能性。秦军主要是由步兵和车、骑兵构成的混合编队，以步兵为主。通过秦始皇兵马俑，对秦的军队情况也可以窥其一二。从兵马俑中可以看到，秦已经实行了类似今天的军衔制度。兵马俑的不同冠饰，可以区分其身份。将军俑头戴鹖冠、军吏俑着板冠，而士兵俑则没有冠，只着介帻或为圆髻、扁髻（图3.6），类型等级清晰，制度化程度很高。
图3.6 秦兵马俑
除了政治制度的建设，秦也相当重视政权合法性的宣扬，最主要的是采纳了“五德终始说”。这种思想，是战国以来兴起的，认为当时的世界是由金、木、水、火、土五种基本元素构成的。这五种元素构成了相克和相生两种关系，相克关系表现为：金克木、木克土、土克水、水克火、火克金，以此解释政权更替的合法性。秦始皇采纳此说，“以为周得火德，秦代周，德从所不胜”，周是火德，秦就自称为水德，以水克火之故。“方今水德之始，改年始，朝贺皆自十月朔。衣服旄旌节旗皆上黑。数以六为纪，符、法冠皆六寸，而舆六尺，六尺为步，乘六马”（《史记·秦始皇本纪》），十月为岁首、颜色尚黑、数字配六等，都是以水德为基准进行的相关制度安排。
在中国古代，五德相克主要用来论证通过战争获得政权的合法性。中国古代政权更迭的方式，除了战争以外，还有禅让。解释禅让政权的合法性，往往利用五德相生的说法。水生木、木生火、火生土、土生金、金生水。对政权合法性的论证，是秦政权建设中的重要一环，也为后代所继承。
《史记·秦始皇本纪》载秦始皇“平定天下，海内为郡县，法令由一统，自上古以来未尝有，五帝所不及”。总的来说，皇权的加强和神化，郡县制的全面推行，体现专制皇权的官僚机构和各种制度的建立，法律的完备和统一，皇帝对军队的控制加强，对政权合法性的论证等，都是专制主义中央集权的主要内容。这些内容在秦始皇建立统一帝国以后，基本建立起来，对后世产生了深远的影响。周良霄的《皇帝与皇权》，能够帮助我们理解中国古代的皇权包括中国古代的官僚帝国体制，可供参考。
秦巩固统一的措施还有一些。秦朝的疆域空前，为了巩固统一，加强中央对地方的控制，就要修筑道路，当时被称为驰道。《汉书·贾山传》记，秦“为驰道于天下，东穷燕、齐，南极吴、楚，江湖之上，濒海之观毕至。道广五十步，三丈而树，厚筑其外，隐以金椎，树以青松”。“道广五十步”，相当于今天的69米左右，据考古发掘秦直道和汉驰道遗迹，路面宽度往往达到50至60米，与文献所述相当。“厚筑其外”就是通过多层夯筑，使整个路面高于地表。“隐以金椎”，“隐”即“稳”字，即以金锥筑之使坚稳。
罗马帝国建立以后，也修筑了大量的道路，或许可以说明这是稳固统一帝国所必需的工作。
为了达到一统，秦还推出了统一的文字、钱币、度量衡。中国各地的方言千差万别，虽然语言不通，但秦以后使用同样的文字，使书写交流成为可能，这对中华民族文化的发展及文化认同的产生，意义极其深远。