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与朱熹将二程一系的理论在理论上加以完备化几乎同时，陆九渊（1139—1193）也形成了其心学体系。陆九渊虽然并未置身于理学思潮之外，但在不少问题上却与朱熹存在重要分歧。他们曾往返辩驳，就理气关系等展开论战。
陆九渊曾致书朱熹，对朱熹在理气关系上的观点提出批评，认为朱熹将阴阳之气仅仅视为形器，而把它排斥在道之外，表明不懂得道器之分。这可以看作是对朱熹将理（道）归结为超验实体的责难。按陆九渊的看法，道与器是不可分割的，道并不存在于具体事物之外：“道外无事，事外无道。”这种看法无疑否定了朱熹将世界二重化的思维趋向。在伦理学与价值观上，陆九渊对天理与人欲的对立也颇为不满：“天理人欲之言，亦自不是至论，若天是理，人是欲，则是天人不同矣。”（《陆九渊集》，中华书局，1980年版，第395页）这里当然不是肯定人欲的正当性，而是反对把天理与作为主体的人彼此对立起来；在否定“天是天，人是人”这种论点的背后，是对朱熹将外在天理与个体存在对立起来的批评。
然而，陆九渊固然注意到了朱熹哲学的某些内在痼疾，但其体系又包含着自身的问题。在心性关系上，与程朱“性即理”的命题相对，陆九渊提出了“心即理”的命题。在论述这一论点时，一方面，陆九渊一再地将心解释为个体之心，要求“尽我之心”，并强调此心完全听命于我：“人之于耳，要听即听，不要听则否，于目亦然，何独于心而不由我乎？”（同上书，第439页）在这里心似乎被归入了与耳、目等感官相同的序列，并主要决定于个体的意志。这种完全由个体决定的心（由我之心）实际上已被抽去了理性等普遍规定，而表现为一种个体意识。
另一方面，陆九渊又反复强调心的普遍性品格：“心只是一个心。某之心，吾友之心，上而千百载圣贤之心，下而千百载复有一圣贤，其心亦只如此。”（同上书，第444页）“东海有圣人出焉，此心同也，此理同也；西海有圣人出焉，此心同也，此理同也；南海、北海有圣人出焉，此心同也，此理同也。”（同上书，第388页）千百年前与千百年后，主要是就时间关系而言，东海、西海等等，则涉及空间关系；就是说，无论何时，无论何地，只要有人存在，则其心便无实质的区别。在此，心又呈现为一种超越时空的存在，并与普遍之理重合，而其个体性的品格则相应地被架空。
陆九渊的以上看法在理论上显然颇难相容：当他将心与耳目等感官并提，并称其为“我之心”时，心似乎与特定的感性的存在彼此一致；而当心被界定为时间上永恒（无上下古今之分）、空间上无界（无东南西北之别）的存在时，它又获得了超验的品格。对心体的以上二重规定，使陆九渊的心学很难摆脱内在的紧张。
在陆九渊的后学中，心学中的个体性的方面似乎受到了更多的关注。陆九渊的弟子杨简便由强调个体性而进一步将自我视为第一原理：“天地，我之天地；变化，我之变化。”“在天成象，在地成形，皆我之所为也。”（《慈湖遗书》卷七）在这里，陆九渊的心学实际上已开始向唯我论发展。