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肠道菌群与肠黏膜及肠淋巴组织长期相互作用而建立的良好稳态环境对维持人体健康十分重要。其中的益生菌能够预防、缓解或治疗多种消化道疾病、与消化道相关的疾病，以及一些非消化道疾病。益生菌对消化道疾病如炎症性肠病、旅行性腹泻、肠易激综合征、与抗生素相关的腹泻、结肠癌等有辅助治疗作用。如有人喝含益生菌的酸奶可缓解一些腹泻症状，就是由于酸奶中的益生菌使体内菌群重新达到新的平衡，实现症状缓解与治疗的目的。益生菌还可以预防、缓解或治疗一些非消化道疾病，如代谢综合征、肥胖等引起的代谢性疾病，非酒精性脂肪肝、肝硬化、泌尿生殖道感染、呼吸道感染、关节炎等。肠内的菌群失衡还会影响血脂代谢、血黏，甚至会影响全身的免疫力。
人体在健康状态和疾病状态之外，还有第三种状态，学者称之为亚健康状态。亚健康状态是机体代谢失衡的外在表现，处于亚健康状态的人不仅具有精神、饮食及睡眠等方面的异常，而且伴有严重的内分泌代谢紊乱。调查发现，青壮年由于生活不规律，多数亚健康人群以青壮年为主。结合诸多研究发现，亚健康人群的肠道微生物菌群与正常人群的菌群有明显差异，不仅反映在菌群的种类上，而且同类菌群的数量也相差甚远，这对身体健康影响极大。肠道微生物的活动与机体代谢有着密切关系，通过影响神经、内分泌、免疫或血液系统等影响着人体的新陈代谢。紊乱的肠道内环境和亚健康体质往往相互影响，导致人体免疫力进一步降低。亚健康人群肠道内环境紊乱，非益生菌代谢产生大量的酸性物质，使肠道的pH降低，酸碱失衡，较低的pH不适宜益生菌的生存，进一步影响身体的健康。
根据世界卫生组织的一项全球性调查发现，完全符合健康标准的人群仅占5%，已确定患有疾病的人群占20%，而既不符合健康标准，又未患病的亚健康人群占75%。在我国约有15%的人群是健康的，15%的人群属于患病的，处于亚健康状态的人群高达70%。亚健康状态是人机体功能失去平衡的表现，这平衡包括“天人合一”的宏观生态平衡和正常菌群与机体的微生态平衡。通过微生态制剂和肠道正常菌群的补充可以对这两种失衡进行调节，使机体由亚健康向健康方向转化。
作为机体内最大的微生态体系，肠道微生态平衡亦具有生理性、动态性、系统性的特点，且其具体的表现形式在不同分娩方式、喂养方式的婴幼儿，及不同年龄、不同地域、不同运动习惯的人群中具有一定的差异，呈现明显的群体个性化特征。
（1）分娩方式。消化系统内定植的初始化肠道菌群的结构与分娩方式紧密相关。顺产婴儿初始化肠道菌群与母体阴道微生态相似，主要是乳酸杆菌；剖宫产婴儿初始化肠道菌群与母体皮肤微生态相似，主要是葡萄球菌。由不同的初始化肠道菌群结构演变而成的肠道微生态平衡，亦具有不同的表现形式。如有研究表明，在一岁时，顺产与剖宫产婴儿的肠道菌群结构具有明显的差异性，后者有特异性的噬氢菌属和口腔杆菌属。
（2）喂养方式。母乳与配方乳在营养要素、免疫因子等成分上存在差异，因此它们对肠道菌群结构的调整作用会有所不同，从而导致不同喂养方式的婴幼儿的肠道微生态平衡也会有差异。母乳喂养1～6个月的婴儿，其肠道菌群以肠杆菌科、韦荣球菌科和拟杆菌科为优势菌群；人工喂养和混合喂养的婴儿，其肠道菌群以肠杆菌科和链球菌科为优势菌群。
（3）年龄影响。年龄的增长、人体生理机能及免疫系统的变化均可影响肠道微生态的平衡。因而，不同年龄的人群，其肠道微生态平衡的表现形式显著不同。对健康者的肠道微生态的研究表明，肺炎克雷白杆菌和肠杆菌较常见于15岁以下的儿童，而奇异变形杆菌常见于老年人（69～89岁）。
（4）地域影响。在不同地域，人群的饮食结构、饮食习惯彼此存在差异。不同的饮食结构对肠道微生态的平衡具有显著影响。有研究表明，以有机蔬菜为主的饮食结构可促进肠道菌群多样性的提高，而生鲜牛奶可降低肠道内的菌群种类，但可促进梭状芽孢杆菌及真杆菌的显著增长。由此可见，基于不同的饮食结构，不同地域人群的肠道微生态会表现出不同的结构特征。
（5）运动习惯。运动对肠道微生态系统平衡的影响，可通过对机体生理状态的调整来完成。对中长跑运动员的研究表明，不同运动个体存在其个体特征菌群，且不排除新型菌群的出现。
微生态失调是指正常微生物群与其宿主之间、正常微生物群之间的微生态平衡，在外环境影响下，由生理性组合转变为病理性组合的状态。
（1）外源性因素。外源性因素主要包括以下五方面：①气候因素。研究指出，高原低氧环境下，交感神经兴奋，肠黏膜下动静脉开放，导致流经肠黏膜的血流减少，进而致使肠黏膜缺血、缺氧，造成肠黏膜损伤、通透性增强，菌群失调，细菌及其产生的毒素穿过肠黏膜而发生易位。②饮食因素。饮食进入机体消化系统后，可直接影响肠道正常菌群的生存环境，影响其繁殖，从而对肠道微生态施加影响。不健康的饮食习惯会造成胃肠微生态失调。有研究表明，高脂饮食可降低正常小鼠肠道内大肠杆菌、双歧杆菌、拟杆菌和真杆菌的密度。③环境污染。重金属污染可造成肠道微生态的紊乱。④病原微生物感染。肠道内的正常微生物群落是机体的天然屏障。病原微生物的侵入可打破肠道内的微生态平衡，导致微生态失调。⑤食品添加剂的使用。例如，作为常用甜味剂的糖精钠可促进大鼠肠道内需氧菌的繁殖，促使菌群比例失调；植物精油组合具有体外抗菌作用。由此可知，食品添加剂对机体内的肠道微生态具有显著影响。
（2）内源性因素。肠道微生态失调的根本原因在于机体内部。内源性因素导致机体局部损伤或免疫力下降，影响肠道微生态的平衡，继而在外源性因素的作用下菌群发生紊乱。内源性因素主要包括以下三方面：①营养代谢障碍。有研究指出，葡萄糖代谢终产物的增加、糖代谢异常可改变肠道内环境的pH，间接影响肠道内的厌氧环境，因此老年糖尿病患者肠道内拟杆菌、双歧杆菌的菌群密度较非糖尿病老年人的低。正常小鼠进食高脂饲料后可导致高脂血症的发生，同时伴随着肠道菌群密度、菌群多样性的失调。②器官功能失调。肾病患者消化吸收功能降低，其肠腔内潴留的氨基酸、蛋白质刺激大肠杆菌的快速繁殖，从而易出现肠道微生态紊乱。主要表现有：双歧杆菌及乳酸杆菌的数量减少，肠杆菌、肠球菌及拟杆菌的菌群密度升高。③癌症。消化道肿瘤患者极易出现肠壁水肿、充血等症状，这显著影响了肠道菌群的生存环境，导致乳酸杆菌、双歧杆菌数量的显著减少，粪肠球菌数量的显著增加。
（3）医源性因素。医源性因素主要包括以下三方面：①药物作用。药物对肠道微生态的影响主要体现在抗生素及其他化学合成药物的应用方面。抗生素的应用，不仅影响致病菌的新陈代谢，还影响正常菌群中敏感菌群的繁殖，导致其菌群密度降低。同时，不敏感菌群大量繁殖，形成优势菌群，致使微生态失调。②放、化疗作用。放射线可严重损伤肠黏膜，致使肠道上皮完整性被破坏、通透性增强、肠蠕动增加。在这种情况下，肠道内环境的改变可直接影响肠道内定植的正常菌群。细胞毒性药物可直接损伤肠黏膜、增强肠道通透性，进而导致肠道内菌群的紊乱。③手术作用。腹腔手术可破坏肠道内的厌氧环境，减弱肠蠕动；消化道手术可导致消化道黏膜水肿、通透性改变、屏障功能减弱，肠道内菌群的生存环境发生变化，从而使肠道菌群紊乱。
健康的肠道微生态对外环境的影响有良好的抵抗力，能够自我维持微环境的稳定。肠道内共生菌的种类及数量，即菌群结构，并不是一成不变的，它会受外部环境的影响。饮食对肠道菌群及人体健康的影响最为直接。保护肠道菌群，首先是平衡膳食，多吃蔬菜、杂粮等富含纤维素的食物，而不是长期吃大鱼大肉、高热高脂饮食，这样才利于肠道菌群生长，从而维护人体健康。其次是规律作息和饮食。肠道菌群在与人体的长期磨合中，形成了自己固定的“生物钟”和“食谱”。只有养成规律的作息和饮食，才能保证肠道菌群不致失调而引发多种疾病。还有一个保护肠道菌群的方便的方法就是服用益生菌制剂，特别是亚健康人群，多进食一些富含益生菌的发酵食物，比如酸奶、发酵豆制品。益生菌的摄入，在一定程度上可壮大肠道共生菌的队伍。最后，要切记不要滥用抗生素。长期服用、滥用抗生素，特别是广谱抗生素，会在杀死致病菌的同时将有益的肠道菌群一并杀掉，对肠道菌群结构造成严重影响，进而破坏肠道菌群平衡。因此，抗生素必须遵照医嘱，规范使用。