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目前我国卫生部批准的可用于保健食品的益生菌菌种有：两歧双歧杆菌、婴儿双歧杆菌、短双歧杆菌、长双歧杆菌、青春双歧杆菌、保加利亚乳杆菌、嗜酸乳杆菌、干酪乳杆菌、嗜热链球菌等10个菌种。卫生部公告2008年第20号：根据《中华人民共和国食品卫生法》和《新资源食品管理办法》的规定，批准低聚半乳糖、副干酪乳杆菌（菌株号GM080、GMNL-33）、嗜酸乳杆菌（菌株号R0052）、鼠李糖乳杆菌（菌株号R0011）、水解蛋黄粉、异麦芽酮糖醇、植物乳杆菌（菌株号299v）、植物乳杆菌（菌株号CGMCC No.1258）等为新资源食品。
2011年11月2日，根据卫生部《食品安全法》及其实施条例的有关规定，卫生部组织对已批准的可用于食品的菌种进行了安全性评估，制定了《可用于婴幼儿食品的菌种名单》，包括嗜酸乳杆菌、动物双歧杆菌、乳双歧杆菌和鼠李糖乳杆菌。2014年6月18日，当时的国家卫生计生委办公厅专门发文“同意罗伊氏乳杆菌（菌株号DSM17938）用于婴幼儿食品”。2016年6月8日，当时的国家卫生计生委对其进行补充，加入发酵乳杆菌和短双歧杆菌这两种新菌种。虽然嗜热链球菌研究人很多，临床时间较长，但根据相关规定，嗜热链球菌不能添加到婴儿食品当中。应用菌种时首先要看菌种及菌株，是否符合国家卫计委规定的《可用于食品的菌种名单》以及《可用于婴幼儿食品的菌种名单》。仅有以下几种菌株可安全应用于婴幼儿食品，分别为嗜酸乳杆菌NCFM、动物双歧杆菌Bb-12、乳双歧杆菌Bi-07和HN019、鼠李糖乳杆菌HN001和LGG等，其中嗜酸乳杆菌NCFM仅限用于1岁以上幼儿的食品。在挑选益生菌时一定要记得查看菌种成分，不可选择没有明确标注菌株号的菌种。