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科研项目管理中涉及不同的利益主体，需要将科研项目管理机构超脱于相关政府部门的利益。科研项目管理的权力分离意味着需要将科研项目的管理机构与科研机构隔离，引入专业的第三方机构，使专业管理机构成为重要的科研项目管理主体，负责优先支持领域的确定、科研项目的遴选、审核与监督执行等。
一方面依托专业化的队伍对科研项目实施有效管理，另一方面整合各部门的科研需求。
在具体的科研项目管理权力分离中，需要构建权威的法律保障、完善的内外监督和有效的绩效评价体系。内部监督包括主管部门和项目承担单位的日常监督，外部监督包括政府层面的宏观监督和审计部门的事后监督，监督的内容覆盖从科研项目立项到科研经费的使用过程，再到科研经费使用效果的监督和评价等。通过建立完善的监督约束机制，科研项目的权力分离才能达到预期目的。
科研项目管理应做到起点公正、过程公开和结果透明，从而使政府职能真正
向科研活动的价值链回归，降低科研经费的损耗，提高科研经费的使用效率。
（1）针对不同的科研项目建立分类管理制度。在符合国家科技和教育发展的总体部署和规划下，结合高等院校高层次人才培养的特点、学科布局及发展的需要，
对科研项目进行分类管理，将其分为文科、理科、工科等类别，分别采取相应的项目管理办法和资金管理办法。同时，科研项目既有基础研究，也有应用研究和试验开发，其中，基础研究往往由政府委托的基金会进行运作与管理；应用研究包括重大的前瞻性基础研究，往往由国家实验室承担，需要通过严格的契约授权方式委托第三方负责运行与管理。而国家科研机构或政府直属的科研机构以及专业协会等也应建立符合自身特征的管理制度。欧盟根据项目的不同功能定位形成了合作类、创新类、人才类、能力类四位一体的差异化项目分类管理模式。
（2）信用评价结果也要进行分类管理。从科研项目的指南编制到结项验收，从科研项目承担单位到普通科研人员，从评估评审专家到中介机构，都应纳入科研信用评级范围，并根据信用评级结果实施分类管理。一旦科研信用管理的“黑名单”制度启动，科研不端行为将得到遏制。
长期以来，我国科研投入管理制度强调“物”和活动，但对人力资本的补偿不足，科研项目管理的人本主义呼之欲出。因此，应坚持以人为本，充分考虑科研创新中人的智力价值。只有给予人力资本必要的补偿和激励，才能充分发挥科研人员的主观积极性，更好地激发其创新热情。
（1）科研最需要的是核心人才，因此要加大对项目人才的补偿和激励。为使科研劳动得到充分尊重与激励，应进一步修订完善有关科研经费管理办法，扩大科研项目成本中的劳务费支出范围。同时，提高人员经费预算比例，并相应削减餐饮费、招待费等模糊项目报销。人员费不应限于研究生和临时外聘人员的劳务费开支，项目负责人和课题组成员根据贡献大小也可以提取一定比例的科研津贴、劳务酬金
或借鉴社会科学领域“知识创新工程”试点经验，发放一定量的“智力补偿费”。相关津贴、劳务酬金等的标准应与国际接轨，以稳定科研队伍、吸引国际一流人才。
（2）建立和完善科研项目全成本核算制度。“全成本”是指应计入科研项目的一切产品和有偿服务活动的合法支出的总和。在进行科研项目成本核算时，
依照“全成本”口径，保证科研项目成本的完整性、真实性、准确性和可靠性，改进的重点在于通过合理、完整地核算各项科研成本，确定人员经费等各项间接成本的合理水平，使得包括人力资本支出在内的各项直接和间接成本、专项成本和分摊性成本，都能得到相应的经济补偿，使科研资金
能较充分地形成对研究主体的激励效应。在目前人员“绩效支出”从间接费用中安排的制度规定下，应加快推进事业单位绩效工资制度配套改革，建立科研人员科研工作量核算和绩效评定办法，健全间接费用中人员绩效支出管理办法，明确其具体内容和实现方式。