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笔者的研究框架如图1-1所示，按照“理论重构→现状分析→国际经验→政策建议”的思路展开。
图1-1 研究框架
笔者对相关文献及国内外相关研究动向进行检索、跟踪、整理和分析，同时依据调研和对已掌握一手资料的整理，对我国财政经费管理的政策进行梳理，对国外高校科研项目和经费管理的情况进行归纳，为后续研究提供理论支持。
另外，笔者对美国和德国高校科研项目经费管理制度，包括经费来源、支出方式、绩效评价、审计监督等的特征，以及财务管理实践与影响进行了分析，提出加强科研项目和资金管理的建议。
笔者在理论研究和现状分析的基础上，对我国科研项目和经费管理现状进行总结，对“十二五”以来财政科研项目资金管理的模式和资金的规范性、安全性等进行分析。同时，借鉴国外管理的经验，在符合国家财政财务管理要求的框架下，结合科研规律和特点，对科研项目资金管理的经验进行系统总结和归纳。
另外，笔者针对目前财政科研项目和经费管理中存在的问题进行深度剖析，如长效机制尚未建立，预算管理的科学化、精细化有待加强，资助项目资金管理、资金使用绩效的评价及财务管理监督需进一步加强等。
在现行管理模式下，应建立适应新时期（“十三五”）项目和经费管理要求的安全、规范、高效、资金规模与资金管理质量并重的财务管理体系。新时期改进财政科研项目管理主要从以下方面突破：一是注重资金保障；二是规范资金使用；三是突出绩效导向。
（1）新时期（“十三五”）项目和经费管理体系概况。①特点：创新性、科学性、可行性。②支撑条件：全面、得当、有力。③内容：经费管理的全链条、多层次、广视角。
（2）项目和资金保障。即制定相关政策，建立财政投入稳定增长机制，编制三年滚动规划；提高预算编报水平，体现并满足高校科研发展需求；探索建立定额补助式与成本补偿式分类管理的预算评审机制，完善预算评估评审。
（3）项目和资金使用。在资助经费方面，不断改进资金管理。在管理性经费方面，建立健全内部财务管理制度。在资助项目的管理模式方面，促进成本补偿和定额补助的有机结合。在预算编制方面，完善经费列支科目设计，健全调整程序等。在劳务费补偿、人员绩效（人员费）方面，不断激发科研人员的积极性和创造力。在间接费用管理方面，强化法人责任。
（4）项目监管和效果评价及应用。即探索建立符合高校科研和高等教育管理特点的资助项目绩效管理体系，提高科研经费使用效率；探索开展管理性经费绩效管理，练好财务管理“内功”；科学合理评价结果，优化项目布局；加强结余经费与信用评价管理，发挥“奖优惩劣”机制作用；加强经费监管，强化项目承担单位法人责任。
笔者在研究过程中，综合运用经济学、管理学等各学科理论，涉及的研究方法主要有：
（1）实地调研及问卷调研法。笔者着重通过调研来获得第一手资料，以便从整体上切实把握承担各种项目类型单位的具体情况，从而确保研究所得各项成果更能切合实际情况。
（2）比较研究方法。在研究过程中，比较研究方法都得到切实应用，不仅包括对中外高校科研项目经费管理的实践进行的横向比较研究，同时也包括科研项目和经费管理的现状与历史状态等进行的纵向比较研究。
（3）定性研究与定量研究相结合的方法。笔者综合运用定性与定量研究方法。首先，相关研究通常以对规范性问题的思考为切入点，采用定性的方法对问题展开分析；其次，在定性研究提出若干具体问题或假设的基础上，采取能满足研究需要的定量分析方法，以便对相关问题或假设展开实证分析。
（4）典型案例研究方法。笔者在研究过程中，充分发挥贴近高校管理实践、联结科技及财政决策层等优势，展开实地调研。