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科研项目管理，从理论上必须符合公共财政、创新经济学（更狭义地说是R&D政策经济学）以及公共管理和管理学有关理论的要求，同时还必须符合一定时期各国发展战略对财政活动和科技经费配置的特殊要求。在科研项目管理过程中，综合考虑以上基本理论和要素，才可能做到合理配置。
科研项目管理，重点包括配置目标和方向的合理，配置规模和结构的合理，配置手段的合理使用（即配置方式方法的合理）。从配置目标和方向的合理来看，宏观上要符合发展战略要求，符合政府对本国科技发展的总体战略部署，符合一定时期政府财政配置总体目标和方向等，中微观上要体现政府财政对科技创新活动的供给责任等。从配置规模和结构的合理来看，重点是要符合财政经费配置的总体部署，符合政府财政对科技创新活动的各类责任要求，符合科技创新活动的基本特点和规律，要在财政供给总量和规模方面，在支持创新链条各环节方面，在给予经常性稳定支持和竞争性项目资助方面等尽量做到配置合理。从财政配置手段的合理使用（配置方式方法的合理）来看，重点是要体现财政配置手段是否符合更大程度实现政府财政支持科技创新活动的职能，是否符合财政配置引导全社会资源合理配置的职能。
政府预算管理改革推进和权责发生制的引入，直接影响和改变了财政科技经费配置的理念和思路。创新经济学（R&D政策经济学）得到越来越多政策决策领域的重视，直接改变了政府对科技资源配置的思路，将对科技资源的配置过程从原来简单的资源配置调整为能够实现资源创造的过程。
严格来说，由于各国财政体制、科技体制存在较大差别，相关理论在不断完善，各国发展战略对科技创新提出的要求和责任存在较大差异；同时也由于人类对科技创新活动在一个经济体中的位置和作用的认识，对科技创新活动特点和规律的认识在不断深入，相关理论还在发展中，因此，只能说，世界各国在科研项目管理方面存在具有一定共识性的理论基础，但无论是从理论界还是各国政府操作层面来说，目前还没有将这些相关理论基础构建成一个系统的能够指导多国实践的理论。另外，“合理”本身就是相对的，会因不同时期本国发展战略的要求以及其他一些波动因素发生调整。由此，笔者结合相关理论和实践，重点对科研项目管理中的一些重要问题进行理论探讨和梳理。
根据预算制度的侧重点以及评价主题的不同，预算管理可分为以投入为导向的预算管理，以产出为导向的预算管理和以成果为导向的预算管理。
此种模式侧重对某个预算项目或政府部门可以运用多少资金、人员和设备等进行管理。它关注的是预算资源的投入数量，对预算执行过程中的监控也着眼于投入方面，对预算安排的投入或资源输出的结果不是特别关注。
也就是说，以投入为导向的预算管理关注的中心问题是：谁花了多少钱？钱花在什么地方？以及是否按预先设立的规定花钱？因此，这种预算管理的支点是“控制”和“合规性”。“控制”是指通过对预算投入的控制实现对预算过程的控制，其中控制的核心是支出控制，包括控制支出总量、结构以及使用方面的决策等。
“合规性”是指预算中所列支的项目和资金都必须按照其规定的用途运作，在各个项目之间的转移通常受到严格的管制。
这种模式的优点在于便于进行支出控制和监管，确保支出不会超过预先设定的限额，同时有利于与以往年度进行比较。但是，这种模式的缺点也较为突出。一方面，决策者和管理者都不得不花费大量的时间、精力和资源去应付琐碎而大量的投入控制问题，
随着政府财政支持活动主体、内容的日益多元化，这种控制越来越细，但由于信息不对称和管理半径有限等因素，事实上不易实现财政支持目标，反而容易损害财政本应支持的活动主体和活动内容。另一方面，由于预算产出和成果并不是预算管理的重点，因此，预算执行机构往往仅把工作中心放在争夺预算拨款上，而不是取得的成效上，这不利于财政支持目标的实现。
由于以投入为导向的预算管理类型存在多种不利于财政支持目标实现的因素，而且会使财政支出压力加大，支出管理和更有效使用资源等问题越来越多，从20世纪中后期开始，西方一些国家先后在预算管理方面进行不同程度的改进。这些改进包括：在投入导向的总体背景下注意产出，设计一些产出指标，并在预算拨款上注意结合产出情况，在支出控制上强调产出而不是只强调合规，但这种过渡型的方式实际难以解决以投入为导向的预算管理的基本缺陷。向以成果为导向的预算管理类型的全面转型在越来越多的西方国家中出现，其中，有些国家的政府预算管理完全转为以成果为导向的预算管理类型，有些国家的预算管理部分转为以成果为导向的预算管理类型。
以成果为导向的预算管理以政府部门工作对社会产生的实际影响为准则实施预算管理。在这种模式下，政府会确定特定预算项目或政府职能要实现的目标，强调基于绩效的预算管理。
这种预算管理关注的问题是预算项目的执行结果，对预算投入的控制大大放松，各部门和预算执行机构有很大权限自主管理预算中的各种投入要素，包括人力资源和货币资金。
预算管理部门只是控制支出总量，而这笔总开支究竟如何在内部分配，则由预算执行部门自己处理。此外，审计部门也放松了对各预算执行单位的投入控制，不再将关注点放在开支是否合法合规，而是注重预算支出是否取得了预期绩效。
这种预算管理是对以投入为导向的预算管理类型的彻底颠覆，可以弥补以投入为导向预算管理的缺陷。但是，要实施和实现以成果为导向的预算管理需要满足一系列的条件，其中最重要的就是要明确测度预算产出成果的评价指标和评价标准，而关于成果评估方面的数据信息比较难以获得。
预算编制方法与预算管理类型存在一定的匹配性，但即使是同一种预算管理，在预算编制方法上也可能不一致。纵观世界各国预算实践，早期的分项预算、增量预算主要用于以投入为导向的预算管理，规划-项目预算（PPBS）、零基预算（ZBB）、绩效预算则主要用于以产出为导向和以成果为导向的预算管理，其中，绩效预算就是用于以成果为导向的预算管理。
自20世纪后期以来，新西兰、澳大利亚、加拿大、法国、英国、冰岛、美国等先后开始推进以成果为导向的政府预算管理改革。新的预算管理在政府改革的理念下，强调政府之所以拨款给政府各部门，是为了购买各部门的公共服务，存在政府“拨款”（投入）与“效果”的对比关系，对于效率低的政府部门，则减少或者停止拨款，或者委托其他机构。为了提高政府部门的工作绩效，这些国家设计了由预算管理部门同各支出机构之间签订的各种预算协议（budgetary agree-ments），以及政府各部门之间、各部长同其下属的官员之间签订的各种协议。
同时，在新的预算管理理念下，多年期预算规划得到更多重视。传统的预算管理理念强调预算的“年度性”，虽然适应了立法机关对预算进行控制的要求，但限制了政府对未来更为长远的规划支持。进行以成果为导向的预算管理改革的国家多已采用3—5年甚至更长时间的多年期预算框架，以弥补年度预算不足。
这种预算管理还明确放松了对预算投入的控制，将原来非常详细的分项排列式拨款项目合并成详细程度较低的拨款，并将资源配置权下放到各政府机构；取消对各财政年度之间资金转移的限制，典型的做法是设置一个递延百分比，允许预算资源在年度间的递延（结转）大大减弱了年末突击花钱的动因，也使得由于设置强制性的时间截止日期（只能在本年度使用）而导致的资源低效率使用问题得以缓解；一些国家还引入净拨款，允许政府各部门和各机构保留全部或部分使用费收入。
纵观世界各国的预算管理改革，虽然各有特色，但都是以以成果为导向的预算管理为基本改革方向；同时，作为改革的基础，引入全部或部分权责发生制政府预算会计。