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在前期探索土地使用权商品化属性与定价机制中，深圳率先探索了包括首次有偿转让国有土地使用权、建成全国首个商品房小区、率先完成全市域城市化等一系列改革创新。在这一系列探索的背后，可以发现土地使用权商品属性的确认、土地使用权商品化定价机制的建立以及土地属性转变的补偿机制建立的雏形。
在20世纪80年代香港大量劳动密集型产业外迁的背景下，深圳原特区外“三来一补”（来料加工、来样加工、来件装配和补偿贸易）工厂大规模引入。村集体组织与原村民根据当时有关政策，为“三来一补”企业提供了相对廉价的生产、办公、居住场所，有效降低了外商投资企业和乡镇企业等内资企业的生产经营成本。这部分用地在一定程度上支撑了深圳的快速发展，为深圳快速工业化发展打下了夯实的基础，但同时也形成了一定规模的合法外建筑，对未来深圳城市统一规划下的建设发展有一定的潜在负面影响。再加上随着深圳的飞速发展，土地使用权的预期收益和其动态定价机制并未完全同步，因此，在保障自身利益的前提下，在集体和原村民中出现了“违建”和“抢建”的高潮，这进一步扩张了合法外建筑规模。
总体来看，合法外建筑粗放式的土地利用方式降低了土地资源利用效率，在深圳有限的土地空间内，进一步激化了深圳土地供需矛盾。在深圳存量用地开发阶段，如何处理大量产权与实际使用权分离的历史遗留的合法外建筑是土地制度改革的关键问题之一。
解决历史遗留问题的核心是完善市场动态补偿价格机制。价格是资源配置的信号，只有通过不断完善动态定价机制确定价格后方能有效配置资源。在传统补偿价格机制的动态调整功能不足，无法适应快速城市发展下的土地预期收益增长的同时，土地预期收益与赔偿价格差价迅速扩大。在深圳经济特区范围扩大至全市之前，特区立法权无法适用于原宝、安龙岗两区，导致在相当长时间内存在“一市两法”问题，无法对原特区外快速增长的合法外建筑进行有效监管（详见专栏2-2）。2004—2009年，全市合法外建筑面积从2亿平方米上涨至3.94亿平方米，年均增幅近15%，占全市建筑面积比例维持在50%左右，随深圳发展快速蔓延。合法外建筑改造赔偿标准不断提高，但赔偿标准与同期房价差价不断上升，由2004年的5000元/平方米升至2009年的6636元/平方米（见图2-3）。事实证明，不完全市场化的传统补偿价格机制无法有效遏制合法外建筑蔓延。在经济快速发展、土地大幅升值的背景下，只有设置与之匹配的市场化动态赔偿价格机制方能有效定价。由此，以城市更新政策为代表的新机制应运而生，通过规范市场主体行为，在存量土地二次开发过程中以合理确定功能分区、落实公共配套设施等手段进一步推进改造。
城市更新在引入市场主体后通过多轮价格博弈在一定程度上满足了原村民对合法外建筑的土地收益预期，以市场化手段建立了相对合理的动态土地定价机制。2009—2014年合法外建筑从迅速蔓延阶段转至平缓阶段，面积由3.94亿上涨至4.28亿平方米，年均增幅下降至2%。同期，赔偿差价由6636元/平方米回落至4500元/平方米。2014年后，土地预期收益与赔偿价格的差距进一步降低，由2014年的4500元降至2017年的3300元。合法外建筑正式从平缓阶段迈入存量减缓阶段，全市合法外建筑面积由4.28亿平方米回落至3.91亿平方米，
减量速率呈逐年上升的良好趋势（见图2-3）。
图2-3 2004—2017年深圳合法外建筑面积存量与拆建改造赔偿差价
资料来源：2006年和2007年合法外建筑面积数据为线性模拟结果，其余年份数据来自深圳市规划和国土资源委；2004—2009年赔偿差价计算参照《深圳城中村（旧村）改造暂行规定》赔偿标准；2012—2017年赔偿差价计算参照《深圳市城市更新办法实施细则》赔偿标准。
在遏制“合法外建筑”增长的背后，是有效市场和有为政府的有机结合。首先，政府实事求是地对不同时期产生的违建进行区分处理，承认早期合法外建筑产生的历史客观性，严禁立法后违建。其次，通过不断提升管制水平与技术、严格执行有关条例、大幅度提高违法建设的边际成本，控制合法外建筑的增量。再次，在市场化过程中保持城市公共空间及功能，在承认市场主体逐利改造的合法性和合理性的同时，以“20-15”准则保障城市发展所需的公共空间，避免过度市场化对公共服务用地的挤压。最后，以不断完善的动态定价机制逐步满足利益相关方对法外土地的预期收益，通过谈判、广泛参与、信息公开等方式实现土地合理定价，通过功能细分的土地基准价格机制落实级差改造赔偿标准。
但是，尽管目前消除合法外建筑的形势良好，但距离全面消除合法外建筑仍存在着较大的差距。根据目前消化速率（自2014年峰值）线性估算，消除全市违建还需至少40年的时间。
在逐渐消除的过程中，如何协调城市发展需要同二次开发的综合效益是深圳下一阶段深化土地制度改革必须解决的问题之一。
在解析深圳“法外用地”的蔓延与平缓时，不能仅仅将全市当作一个整体，而是应该尊重历史、实事求是，将1992年城市化统征的主体（原特区内）与2004年城市化统征（转）的主体（原特区外）区分开来。
2004—2014年，原特区内合法外建筑面积由4亿平方米增至5.6亿平方米，原特区外合法外建筑面积由1.6亿平方米增至3.7亿平方米。在这十年中，原特区内合法外建筑面积增长了40%，而原特区外合法外建筑面积则增长了130%（见表2-2），原特区外违建的增速远超过原特区内。此数据说明原特区内新增违建逐渐平缓，而原特区外新增违建则持续飙升。
表2-2 2004—2014年深圳原特区内外合法外建筑面积比较 单位：亿平方米
造成原特区内外新增违建趋势不同的主要原因有两点：一是原特区内外工业化程度不同。合法外建筑与劳动密集型产业自20世纪80年代开始就息息相关。原特区内率先完成从劳动密集型向技术密集型与资本密集型产业的转变，因此对于廉价、粗劣的合法外建筑的需求较低。如今，原特区外正逐步完成产业升级转型，劳动密集型产业也将进一步迁出至周边城市或郊区，充分发挥粤港澳大湾区都市群的协同发展作用。二是原特区内外征（转）地的历史背景不同。由于1992年的城市化统一征地刚好处于深圳经济快速发展初期，集体与原村民在转变为市民的同时充分参与了城市化进程，享受了城市化发展带来的福利。但2004年的城市化统一转地处于完全不同的时代背景，在十多年的快速城市化发展下，土地增值收益飙升，原村集体和原村民对于统转的赔偿认可度较低，对土地收益和对土地收益分配机制的预期不断提高。同时，2005年广东出台了《广东省集体建设用地使用权流转管理办法》，该办法规定集体土地可以直接进入市场转让。尽管该办法并没有得到落实，但却进一步提升了集体和原村民的预期。