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设立自贸试验区是上海改革开放以来一直追求的目标，该目标的真正启动要以2013年为起点，因此2013年也被称为“上海自贸试验区元年”。2013年3月底，国务院总理李克强在上海调研期间考察了位于浦东的外高桥保税区，并表示鼓励支持上海积极探索，在现有综合保税区基础上，研究如何试点先行在28平方公里内建立一个自由贸易园区试验区，进一步扩大开放，推动完善开放型经济体制机制。以此为契机，上海自贸试验区的设立进入“快车道”。2013年8月22日，国务院正式批准设立上海自贸试验区。9月29日，上海自贸试验区正式挂牌成立。
上海自贸试验区成立至今，每个不同的时期均承载着不同的创新任务，而这些任务的规划与设计均以国务院印发的文件作为纲领。以时间为序，国务院印发的引领上海自贸试验区发展的总纲性文件主要有三个：2013年9月18日印发的《中国（上海）自由贸易试验区总体方案》（以下简称《总体方案》）、2015年4月8日印发的《进一步深化中国（上海）自由贸易试验区改革开放方案》（以下简称《深化方案》）、2017年3月30日印发的《全面深化中国（上海）自由贸易试验区改革开放方案》（以下简称《全面深化方案》）。这三个方案分别以三个不同的时期中央自贸区战略调整为背景，勾勒出上海自贸试验区迄今为止的演进脉络。
在上海自贸试验区正式挂牌成立之前，自由贸易园区在我国仅限于理论研究层面，对于我国设立自贸区应以何种战略目标为导向、以何种制度突破为抓手、以何种开放设计为蓝本，均缺乏政策层面的统一安排。直到2013年9月18日《总体方案》的出炉，为上海自贸试验区量身打造了制度轮廓与内核，也构成了自贸试验区法治建设的最初渊源。从总的要求来看，《总体方案》明确了以下三大要求：一是明确了设立上海自贸试验区是国家战略和顶层设计的宗旨：“试验区肩负着我国在新时期加快政府职能转变、积极探索管理模式创新、促进贸易和投资便利化，为全面深化改革和扩大开放探索新途径、积累新经验的重要使命，是国家战略需要。”二是明确了上海自贸试验区的地理范围：“试验区的范围涵盖上海外高桥保税区、上海外高桥保税物流园区、洋山保税港区和上海浦东机场综合保税区等4个海关特殊监管区域……”三是确立了上海自贸试验区的建设周期和总体目标：“经过两至三年的改革试验，加快转变政府职能，积极推进服务业扩大开放和外商投资管理体制改革，大力发展总部经济和新型贸易业态，加快探索资本项目可兑换和金融服务业全面开放，探索建立货物状态分类监管模式，努力形成促进投资和创新的政策支持体系，着力培育国际化和法治化的营商环境，力争建设成为具有国际水准的投资贸易便利、货币兑换自由、监管高效便捷、法制环境规范的自由贸易试验区，为我国扩大开放和深化改革探索新思路和新途径，更好地为全国服务。”
围绕着上海自贸试验区的总体目标，《总体方案》提出了五项改革的主要任务，在这五项改革任务之下，分别蕴含着众多实施性的措施。从今日的视角看，这些措施中的不少制度变革在当时是颠覆性的，如事中事后监管、负面清单管理模式、金融制度创新等，这些颠覆既往的改革措施成为上海自贸试验区制度创新的最大亮点。具体而言：
第一，加快政府职能转变。在这一任务项下，有两个关键词：一是“事中、事后监管”，即“加快转变政府职能，改革创新政府管理方式，按照国际化、法治化的要求，积极探索建立与国际高标准投资和贸易规则体系相适应的行政管理体系，推进政府管理由注重事先审批转为注重事中、事后监管”。这种政府监管模式的转变，一方面意味着监管法规大多从前置审批向备案制转变，另一方面也代表着政府对于市场主体的监管后置。上海自贸试验区实行“事中、事后监管”的管理模式，从“重审批、轻监管”转为“宽准入、严监管”，是其转变政府职能，创新政府管理模式的重大举措。
二是“透明度”，即“提高行政透明度，完善体现投资者参与、符合国际规则的信息公开机制”。在国际经贸领域，“透明度”是经常被提及的重要术语，意为政府通过及时公开公布规则本身以及制定全过程的方式，使被规制的市场主体在法治的条件下识别、理解其义务，以及表达对义务的意见的可能性。
将这项原则明确列入上海自贸试验区的改革任务，意味着自贸试验区将以更加公开透明的方式与程序平等对待中外各类投资主体的知情权和参与权，“有助于制定出好的规制，有助于更好地遵从规制，最终获得更大的政治合法性”
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第二，扩大投资领域的开放。这一任务主要由三方面的措施组成：一是探索建立负面清单管理模式。“所谓的负面清单，是指凡是针对外资的与国民待遇、最惠国待遇不符的管理措施，或业绩要求、高管要求等方面的管理措施，均以清单方式列明。”
对负面清单之外的领域，按照内外资一致的原则，将外商投资项目由核准制改为备案制（国务院规定对国内投资项目保留核准的除外）。2013年9月29日，上海市人民政府公布了第一份上海自贸试验区的负面清单，即《中国（上海）自由贸易试验区外商投资准入特别管理措施（负面清单）（2013年）》。二是商事登记制度改革。配合负面清单管理方式以及《总体方案》选择的在金融服务、航运服务、商贸服务、专业服务、文化服务以及社会服务领域扩大开放的要求，这一时期的商事登记制度主要体现于公司注册资本认缴登记制、“先照后证”登记制、企业年度报告公示制等方面的改革，其中多数改革措施已为其后的《中华人民共和国公司法》（以下简称《公司法》）、《企业信息公示暂行条例》等法律法规所吸收。三是构筑对外投资服务促进体系。其重点在于“改革境外投资管理方式，对境外投资开办企业实行以备案制为主的管理方式，对境外投资一般项目实行备案制，由上海市负责备案管理，提高境外投资便利化程度”。为完成上述备案制改革，上海市人民政府于2013年9月29日发布《中国（上海）自由贸易试验区境外投资项目备案管理办法》和《中国（上海）自由贸易试验区内境外投资开办企业备案管理办法》。
第三，推进贸易发展方式转变。这一任务具体分为两大块：一块是加快实现贸易便利化，主要涉及“一线放开”“二线安全高效管住”两项改革。根据《总体方案》，“一线放开”主要是指“允许企业凭进口舱单将货物直接入区，再凭进境货物备案清单向主管海关办理申报手续，探索简化进出境备案清单，简化国际中转、集拼和分拨等业务进出境手续”；“二线安全高效管住”主要包括“优化卡口管理，加强电子信息联网，通过进出境清单比对、账册管理、卡口实货核注、风险分析等加强监管，促进二线监管模式与一线监管模式相衔接，推行‘方便进出，严密防范质量安全风险’的检验检疫监管模式”。另一块是提升国际航运服务能级，“试点政策既包括货物转口、进出境及关税等贸易政策，也涉及中转运输、船舶登记、船舶管理等航运政策，在中国现行航运政策基础上具有新的一揽子突破，为未来中国航运政策的演进带来诸多新意”
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第四，深化金融领域的开放创新。金融领域的开放是上海自贸试验区的最大看点。《总体方案》主要从加快金融制度创新和增强金融服务功能两个角度提出要求，具体涵盖人民币资本项目可兑换、金融市场利率市场化、人民币跨境使用等多个领域。在这一阶段的试验过程中，金融领域的探索主要有三个节点：一是银监会、证监会、保监会和中国人民银行在2013年相继出台了《银监会关于中国（上海）自由贸易试验区银行业监管有关问题的通知》《资本市场支持促进中国（上海）自由贸易试验区若干政策措施》《保监会支持中国（上海）自由贸易试验区建设有关事项的通知》和《关于金融支持中国（上海）自由贸易试验区建设的意见》（共计51条规定，合称为“金改51条”），为上海自贸试验区金融改革开放勾勒出总体框架；二是2014年5月《中国（上海）自由贸易试验区分账核算业务实施细则（试行）》和《中国（上海）自由贸易试验区分账核算业务风险审慎管理细则（试行）》的发布，建立自由贸易（FT）账户系统，将企业区内、区外、境外三个市场相连接，使境内、境外账户自由划转有了实现的可能，为金融开放奠定了基础；三是2015年2月《中国（上海）自由贸易试验区分账核算业务境外融资与跨境资金流动宏观审慎管理实施细则（试行）》的发布，基于自贸试验区账户体系的本、外币境外融资在宏观审慎管理原则下全面放开，并取消前置审批，依托FT账户进行事中、事后监管。
第五，完善法制领域的制度保障。依据中共十八届四中全会提出的“重大改革于法有据”的要求，这一阶段主要解决的是上海自贸试验区在“先行先试”中涉及的中央事权如何授权地方实施的问题。《总体方案》依据2013年8月30日第十二届全国人大常委会第四次会议通过的《全国人民代表大会常务委员会关于授权国务院在中国（上海）自由贸易试验区暂时调整有关法律规定的行政审批的决定》，提出：“经全国人民代表大会常务委员会授权，暂时调整《中华人民共和国外资企业法》《中华人民共和国中外合资经营企业法》和《中华人民共和国中外合作经营企业法》规定的有关行政审批，自2013年10月1日起在三年内试行。”
在上海自贸试验区作为“单兵”实施《总体方案》近两年时，国务院在肯定上海自贸试验区改革成果的基础上，发布了《深化方案》。与《总体方案》相比，《深化方案》在出台背景和制度探索方面有四点不同：一是上海自贸试验区迎来了三个“伙伴”。2015年4月20日，国务院批准了《中国（广东）自由贸易试验区总体方案》《中国（天津）自由贸易试验区总体方案》和《中国（福建）自由贸易试验区总体方案》，我国自贸试验区开启“1+3模式”。二是上海自贸试验区在地理范围上实现了“扩围”，其实施范围扩大为120.72平方公里，涵盖最初的4个海关特殊监管区域（28.78平方公里）以及陆家嘴金融片区（34.26平方公里）、金桥开发片区（20.48平方公里）、张江高科技片区（37.2平方公里）。三是鉴于“1+3模式”的创立，上海自由贸易试验区的总体目标在“继续积极大胆闯、大胆试、自主改”的基础上，被赋予更多复制、推广和辐射的功能性要求。四是在主要任务和措施方面，《深化方案》不再过多强调制度创新方面的突破，而是以“探索不停步、深耕试验区”为主旨，对既有的制度创新进行深化与巩固。具体而言：
第一，在加快政府职能转变方面，《深化方案》主要汲取了上海自贸试验区的各项改革经验，从“强化事中事后监管，推进监管标准规范制度建设，加快形成行政监管、行业自律、社会监督、公众参与的综合监管体系”的角度提出了12点具体的要求，内容包括：完善负面清单管理模式、加强社会信用体系应用、加强信息共享和服务平台应用、健全综合执法体系、健全社会力量参与市场监督制度、完善企业年度报告公示和经营异常名录制度、健全国家安全审查和反垄断审查协助工作机制、推动产业预警制度创新、推动信息公开制度创新、推动公平竞争制度创新、推动权益保护制度创新、深化科技创新体制机制改革。
第二，在深化与扩大开放相适应的投资管理制度创新方面，除了强调《总体方案》的架构之外，《深化方案》有三个特点：一是自2015年起，负面清单的发布主体由原先的上海市人民政府改变为国务院，即在全国自贸试验区统一采用一张负面清单的前提下，持续扩大开放对外服务业。二是允许部分改革成果辐射到整个浦东新区，即“在严格遵照全国人民代表大会常务委员会授权的前提下，自贸试验区部分对外开放措施和事中事后监管措施辐射到整个浦东新区，涉及调整行政法规、国务院文件和经国务院批准的部门规章的部分规定的，按规定程序办理”。三是商事登记制度改革在“先照后证”的前提下，开始探索企业登记住所、企业名称、经营范围登记等改革，开展集中登记试点。
第三，在积极推进贸易监管制度创新方面，《深化方案》依然聚焦于“一线放开”“二线安全高效管住”的贸易便利化改革。在具体措施方面，推进国际贸易“单一窗口”建设是重点。《深化方案》要求：“完善国际贸易‘单一窗口’的货物进出口和运输工具进出境的应用功能，进一步优化口岸监管执法流程和通关流程，实现贸易许可、支付结算、资质登记等平台功能，将涉及贸易监管的部门逐步纳入‘单一窗口’管理平台。”除此之外，《深化方案》也对统筹研究推进货物状态分类监管试点、推动贸易转型升级以及完善具有国际竞争力的航运发展制度和运作模式提出了具体规划。
第四，在深入推进金融制度创新方面，《深化方案》只提了一个实质性要求：“加大金融创新开放力度，加强与上海国际金融中心建设的联动。”但是，就在其后的2015年10月，中国人民银行会同商务部、银监会、证监会、保监会、外汇局和上海市人民政府，发布了《进一步推进中国（上海）自由贸易试验区金融开放创新试点加快上海国际金融中心建设方案》（简称“金改40条”），引领自贸试验区金融开放的新格局，与上海国际金融中心建设紧密联系。
第五，在加强法制和政策保障方面，由于2014年12月28日第十二届全国人大常委会第十二次会议通过了《关于授权国务院在中国（广东）自由贸易试验区、中国（天津）自由贸易试验区、中国（福建）自由贸易试验区以及中国（上海）自由贸易试验区扩展区域暂时调整有关法律规定的行政审批的决定》，因此《深化方案》主要将“全国人民代表大会常务委员会已经授权国务院，在自贸试验区扩展区域暂时调整《中华人民共和国外资企业法》《中华人民共和国中外合资经营企业法》《中华人民共和国中外合作经营企业法》和《中华人民共和国台湾同胞投资保护法》规定的有关行政审批”的范围予以明确。
截至2016年，上海自贸试验区已经基本完成了中央要求的三年“试验区”的各项改革任务。那么，接下来，上海自贸试验区将向何处发展？应当承担什么新的开放任务？2017年3月国务院印发的《全面深化方案》适时对此予以回答，即“自贸试验区建设三年多来取得重大进展，总体达到预期目标”，上海自贸试验区的下一步目标应是“在新一轮改革开放中进一步发挥引领示范作用”。相较之前的两个方案，《全面深化方案》的设计背景和目标要求又有了进一步的变化：一是我国发展自由贸易园区的战略经过“1+3”模式的扩展后，在新时期迎来了百花齐放的局面。2017年8月底，中共中央、国务院决定，在辽宁、浙江、河南、湖北、重庆、四川、陕西等省市再设立7个新的自贸试验区。2018年4月11日发布的《中共中央国务院关于支持海南全面深化改革开放的指导意见》中，明确提出“建设自由贸易试验区和中国特色自由贸易港”的总体要求。因此，《全面深化方案》是在自贸试验区进入“1+3+X”新模式之后提出的全新方案，是一份立足上海、面向全国的全方位改革文件。二是鉴于上海自贸试验区设立的预期已经达到，《全面深化方案》在建设目标上提出了更为长远的期许：“到2020年，率先建立同国际投资和贸易通行规则相衔接的制度体系，把自贸试验区建设成为投资贸易自由、规则开放透明、监管公平高效、营商环境便利的国际高标准自由贸易园区。”三是在上海自贸试验区的功能定位方面，由此前的“改革开放排头兵、创新发展先行者”向更广范围、更深层次、更高要求的“三区一堡”演进：
第一，加强改革系统集成，建设开放和创新融为一体的综合改革试验区。综合改革试验区主要强调各领域改革措施的深化和推进，《全面深化方案》为此提出了九项具体改革目标。其中，对于建立更加开放透明的市场准入管理模式，《全面深化方案》在此前准入前国民待遇和负面清单制度的基础上，提出进一步实现各类市场主体依法平等准入清单之外的行业、领域和业务的目标。在自贸试验区负面清单制度的实施过程中，外资准入后因存在各项后续审批事项而面临无法开业的困境，因此《全面深化方案》提出了全面实现“证照分离”的改革目标，即“把涉及市场准入的许可审批事项适时纳入改革试点，能取消的全部取消，需要保留审批的，按照告知承诺和加强市场准入管理等方式进一步优化调整，在改革许可管理方式、完善风险防范措施的基础上，进一步扩大实行告知承诺的领域”。在商事登记制度改革方面，《全面深化方案》对取消企业名称预登记制度、放宽住所登记条件、建立普通注销登记制度和简易注销登记制度相互配套的市场主体退出制度、开展“一照多址”改革试点等进行了详述。除此以外，《全面深化方案》还就建成国际先进水平的国际贸易“单一窗口”、建立安全高效便捷的海关综合监管新模式、建立检验检疫风险分类监管综合评定机制、建立具有国际竞争力的创新产业监管模式、优化创新要素的市场配置机制、健全知识产权保护和运用体系等作了具体的规定。
第二，加强同国际通行规则相衔接，建立开放型经济体系的风险压力测试区。《全面深化方案》一方面要求上海自贸试验区在进一步放宽投资准入、实施贸易便利化新规则、创新跨境服务贸易管理模式等方面对标国际最高标准；另一方面强调在金融创新等领域加快建立金融监管协调机制，提升金融监管能力，防范金融风险。值得注意的是，《全国深化方案》在这部分要求中第一次提出了“设立自由贸易港区”的规划，这可能代表着上海自贸试验区未来的发展方向。具体要求为：“在洋山保税港区和上海浦东机场综合保税区等海关特殊监管区域内，设立自由贸易港区。对标国际最高水平，实施更高标准的‘一线放开’、‘二线安全高效管住’贸易监管制度。根据国家授权实行集约管理体制，在口岸风险有效防控的前提下，依托信息化监管手段，取消或最大程度简化入区货物的贸易管制措施，最大程度简化一线申报手续。探索实施符合国际通行做法的金融、外汇、投资和出入境管理制度，建立和完善风险防控体系。”
第三，进一步转变政府职能，打造提升政府治理能力的先行区。提升政府治理能力的先行区主要强调政府监管、服务功能的转变和加强，《全面深化方案》对此提出了三点具体要求：一是健全以简政放权为重点的行政管理体制，以厘清政府、市场、社会关系为重点，进一步取消和简化审批事项，最大限度地给市场放权；二是深化创新事中事后监管体制机制，按照探索建立新的政府经济管理体制要求，深化分类综合执法改革，围绕审批、监管、执法适度分离，完善市场监管、城市管理领域的综合执法改革；三是优化信息互联共享的政府服务体系，加快构建以企业需求为导向、大数据分析为支撑的“互联网+政务服务”体系。
第四，创新合作发展模式，成为服务国家“一带一路”建设、推动市场主体走出去的桥头堡。应该看到，不论是上海自贸试验区还是“一带一路”建设，都是我国改革开放的重要内容，具有战略协同性。这种协同性本身即意味着自主改革的上海自贸试验区应当为我国对外发展的战略服务。因此，《全面深化方案》要求上海自贸试验区应当主动服务“一带一路”建设：以高标准便利化措施促进经贸合作，对接亚太示范电子口岸网络，积极推进上海国际贸易“单一窗口”与“一带一路”沿线口岸的信息互换和服务共享；增强“一带一路”金融服务功能，推动上海国际金融中心与“一带一路”沿线国家和地区金融市场的深度合作、互联互通；探索具有国际竞争力的离岸税制安排，适应企业参与国际竞争和服务“一带一路”建设的需求，在不导致税基侵蚀和利润转移的前提下，基于真实贸易和服务背景，结合服务贸易创新试点工作，研究探索服务贸易创新试点“扩围”的税收政策安排。