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在上海自贸试验区设立之初，对于“自由贸易园区”这个全新的概念的定位及理解，引发了学界与实务界的不少探讨。之所以会产生这样的探讨，原因有二：第一，自由贸易园区是一个全新的“舶来品”，在我国既有的经济、文化、法律体系中并不能找到与其直接对应的诠释，而通过对国外成熟自贸区的对比性研究，却发现所谓全球通行的自由贸易园区概念体系似乎也难以找到，因此只能回到我国自身的政策定位中寻求答案。
第二，改革开放以来，我国各地区在经济发展的过程中为体现特殊的政策与制度扶持，出现过不少经济特区和海关特殊监管区域。有关以上海自贸试验区为代表的自由贸易园区与之前的改革产物是何种关系，需要在概念辨析的基础上对制度内涵予以厘清。除此之外，随着近年来改革开放的不断深化，一些新的制度借鉴与设计已经如箭在弦，如中共十九大报告中明确提出了“自由贸易港”的探索方向。那么，就此而言，未来有关自由贸易港的制度设计与自由贸易园区的关系究竟如何？这些前沿性的制度辨析也是亟待解决的顶层问题。
鉴于中英文表述方式不同，从中文表达上看，“自由贸易园区”（Free TradeZone, FTZ）与“自由贸易区”（Free Trade Area, FTA）是极易引起混淆的一组概念，以至于在上海自贸试验区设立前后的文献中出现“自由贸易区”这一关键词时，人们无法从标题上辨别其所指。为了避免这种混淆，2008年，商务部等部门专门提出将FTZ和FTA分别翻译为“自由贸易园区”和“自由贸易区”，以示区分。
就自由贸易区的概念而言，学者们对其定义虽有所不同，但在根本特征上是一致的。例如，有学者认为：“自由贸易区（FTA）是由自由贸易协定的缔约方所形成的区域，成员方必须相互取消90%以上的关税和非关税壁垒，消除绝大多数服务部门的市场准入限制，实现投资和贸易双重自由化。自由贸易协定内容不仅包括货物贸易自由化，还涉及服务贸易、投资、政府采购、知识产权保护、标准化等更多领域的相互承诺。”
也有法学研究者认为：“自由贸易区（Free Trade Area，简称FTA）是指两个以上的主权国家或单独关税区通过签署协定，在世界贸易组织最惠国待遇的基础上，相互进一步开放市场，分阶段取消绝大部分货物的关税壁垒和非关税壁垒，改善服务和投资的市场准入条件，从而形成的实现贸易和投资自由化的特定区域。”
与发达经济体相比，我国自由贸易区的建设起步较晚。中共十七大报告中首次将“实施自由贸易区战略”提升至国家战略层面。在此后的谈判过程中，我国在立足周边国家和地区的同时，从双边到区域扩展，从小到大寻求升级，分别与东盟、新西兰、智利、巴基斯坦、新加坡、秘鲁、哥斯达黎加、冰岛、瑞士、韩国等国家和地区以及我国香港、澳门、台湾地区达成了双边及多边自由贸易区协定。
与自由贸易区相对成熟的概念相比，自由贸易园区的定义存在一定的困难，这主要是因为世界范围内不同FTZ的功能定位存在差异。不过，亦有学者在这方面作出努力，认为：“自由贸易园区是一国（或地区）根据本国（或地区）法律法规在境内设立的区域性经济特区，实行‘一线放开、二线管住’的管理模式，对境外运入的货物不收关税或实行优惠税收，属于一国（或地区）‘境内关外’的贸易行为。”
为进一步明晰定义，对自由贸易区与自由贸易园区，需要运用国际法的基本理论予以明晰：其一，自由贸易区是在国家或地区双边或多边基础上形成的区域性贸易安排，体现的是国家或地区间双向性质的协调意志；而自由贸易园区是单一国家或地区作出的单边、单向性的制度安排。其二，从法律规则约束的角度看，自由贸易区一经设立便落入国际法范畴，不仅对缔约国之间产生国际法上的拘束力，而且要遵循世界贸易组织（World Trade Organization, WTO）协定项下的通报义务；而自由贸易园区属于一国内政之范畴，只要制度设计不与该国已经承担的国际义务相违背，即应完全归属国内法律调整。其三，由于缔约国的有限性，自由贸易区必定存在对非缔约国的歧视，即非自由贸易区的缔约国一般不能享受条约所带来的优惠待遇；而在当代国际贸易体系公认的最惠国待遇和国民待遇两大原则的支持下，一国设立的自由贸易园区对外通常不会存在差别待遇，即所有优惠政策应向不特定的所有国家或地区的商品与投资者开放。
海关特殊监管区域是我国海关制度的独创，主要指经国务院批准，以保税为基本功能，实行海关特殊监管制度和政策的特定区域。有学者2016年统计：“我国现有的海关特殊监管区域约有110个，主要有保税区、出口加工区、保税物流园区、跨境工业园区、保税港区、综合保税区六类。”
有学者指出，虽然海关特殊监管区域在我国的表现形式各异，但是总体而言均具备四大特征：“一是须经国务院审批，并纳入国家级开发区范畴，享受所在地区政府赋予的优惠政策；二是采取封闭围网管理，严格执行海关监管设置的验收标准；三是集中体现为‘一线二线’的通关特征；四是贯穿保税理念，海关保留对区内货物征税的权力。”
在上海自贸试验区设立之前，有关海关特殊监管区域的定位一直不甚清晰，它与自由贸易园区之间的界限也比较模糊。以保税区为例，有学者认为它参照自由贸易区理论范畴进行了最初的制度设计，“我国保税区在对外宣传中，沿用的是国外自由贸易区的名称：Free Trade Zone”，而且两者的选址均“在交通条件优越的对外运输港口或港区附近，均按国际通行的标准设置隔离设施，对区内均实行相对自由贸易，不允许居民居住，进口货物仅限于生产性消费，而不允许用于生活消费等”。
另外，有较大一部分研究保税港区的学者认为，鉴于保税港区是集合了保税区、自由港、出口加工区和物流园区四者为一体的综合型开放区域，因而它与自由贸易园区在选址、实行自由贸易政策、实行封闭式管理、享受一定优惠性政策以及区域功能定位等方面有不少相似之处。
但是，在我国正式启动自由贸易园区战略后，尤其是在上海自贸试验区设立后，自由贸易园区与我国固有的海关特殊监管区域之间的区分变得明显，具体表现为：第一，从管理体制来看，海关特殊监管区域无论采取何种模式均无法完全实现“一线放开”，区内货物仍在一定程度上受到海关监管，只是“暂不征税”，即关税处于滞纳而非豁免状态；而上海自贸试验区从成立伊始就采取“一线放开、二线管住”的方式，即货物进出自贸试验区不受海关监管，只要货物不进入区外就享有关税豁免。第二，从顶层设计的角度看，海关特殊监管区域虽然也服务于国家整体经济，但是其具体的设立目标往往是推动地方经济的发展，并利用海关保税的优势，推动区域经济增长。上海自贸试验区从一开始就不仅仅是为上海地方服务，它是党中央、国务院作出的重大决策，是深入贯彻党的十八大精神，在新形势下推进改革开放的重大举措，因而是一种国家层面的战略定位。第三，在服务对象与制度开放领域上，海关特殊监管区域主要适用于货物贸易领域，因而其特殊政策往往集中在税收、通关便利等方面；而上海自贸试验区的开放涉及国际投资、贸易、金融、航运等各个领域，所涉及领域的广泛性决定了其制度创新的广泛性和深入性。第四，在开放程度上，自由贸易园区远较海关特殊监管区域大，两者在一定条件下形成了包含与被包含的关系。一个典型的例子是，由于上海自贸试验区设立时的涵盖范围完全包括外高桥保税区，因此在2014年8月1日《中国（上海）自由贸易试验区条例》实施后，原先的《上海外高桥保税区条例》同时废止。
因此，如果仅从优惠政策或者海关监管制度的角度看，自由贸易园区可以说是传统的海关特殊监管区域的“升级版”；而如果从功能定位和顶层设计的角度看，自由贸易园区应是区别于且高于海关特殊监管区域设计目标的一种区域安排。
就在自由贸易园区战略在中华大地上开展得如火如荼之时，另一个与之相似却又更为陌生的概念映入人们眼帘：自由贸易港。从相关报道的表述来看，“所谓自由贸易港，通常是指设在国家与地区境内、海关管理关卡之外的允许境外货物、资金自由进出的港口区，外方船只、飞机等交通运输工具也可自由往来”
。中共十九大报告指出：“赋予自由贸易试验区更大改革自主权，探索建设自由贸易港。”在此之前，国务院在2017年3月31日印发的《全面深化中国（上海）自由贸易试验区改革开放方案》中，就提出在洋山保税港区和上海浦东机场综合保税区等海关特殊监管区域内，设立自由贸易港区的要求，并提出了一系列的制度内容。
2018年4月13日，习近平总书记在庆祝海南建省办经济特区30周年大会上郑重宣布，党中央决定支持海南全岛建设自由贸易试验区，支持海南逐步探索、稳步推进中国特色自由贸易港建设，分步骤、分阶段建立自由贸易港政策和制度体系。由上可见，自由贸易港将成为继自由贸易区之后又一个由中央主导、地方执行的改革试验区。
那么，自由贸易港在未来的改革舞台上将扮演何种角色？它与现有的自由贸易园区的关系为何？在两者的关系这一问题上，一方面，要认识其共性，认识到从自贸试验区到自由贸易港是开放层次的持续深化。自贸试验区是彰显我国全面深化改革和扩大开放的“试验田”，是制度创新的系统集成，其核心功能是通过对标国际先进规则，以地方大胆试、大胆闯、自主改的形式，形成更多制度创新成果。自由贸易港则是开放水平最高的特殊经济功能区，是集开放创新、产业发展、营商环境建设、制度压力测试、辐射带动等于一体的开放新高地、全球资源集聚地和贸易新规则测试地，是我国探索新型开放经济新体制的必要一环、重要之举。另一方面，也要注意两者在我国现有语境下可能存在的差异。以上海自贸试验区为例，它在成立之时不仅承担着推进改革和提高开放型经济水平“试验区”的重任，还承载着形成可复制、可推广经验，发挥示范带动、服务全国积极作用的功能。上海自贸试验区的实践也表明，它作为一块制度“样板”，更多地为中央立法所吸收，为地方改革所借鉴。但是，就目前自由贸易港的应然定位而言，其目标应该着眼于推动新一轮经济全球化，这就要求其具备最大的开放力度、最优的开放环境、最好的开放设施、最新的开放制度等一系列特征，从而立足于成为面向全球开放的节点枢纽，而不是仅仅局限于传统的开放领域和对象。正是这种对标最高标准的全面性要求，决定了未来自由贸易港的定位应当更加注重在制度、产业等方面打造与区外完全不一致的“飞地”，因此它并不具有推广、辐射的意义。