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上海自贸试验区设立后，司法领域的首要考验来自专业化审判机构的设置议题。诚如有学者所诘问的：“是否应该成立中国（上海）自由贸易区法院，而非自贸区法庭作为专门的司法机构？其法理依据是什么？自贸区法院受案范围是什么？司法原则有哪些？”
当然，从2013—2018年的司法改革实践可知，上海自贸试验区在审判机构的专门化设置问题上，采取了专门的自贸区法庭与自贸试验区专项合议庭两种做法。
当然，相较于设置专项合议庭，浦东新区人民法院自贸试验区法庭的设立与运行更具有研究价值。
上海自贸试验区设立后，与自贸试验区相关的金融服务、航运服务、商贸服务、专业服务、文化服务以及社会服务等领域不断扩大开放。与此同时，各种与之相关的投资、贸易、金融、航运等商事纠纷也大量产生。面对这些前所未见的纠纷形态，法院必须尽快建立一套与之相适应的审判制度，以充分保障自贸试验区内国际化、法治化环境的建立。诚然，我国现行的诉讼法律体系也可以基本应对自贸试验区纠纷，维持现行诉讼法中的地域管辖、级别管辖等规定，确立自贸试验区的司法管辖制度，并不会立即产生刚性冲突。但是，从上海自贸试验区现有的管辖区域、纠纷形态等方面来看，依法设立上海自贸试验区专门法院或专门法庭是极具必要性的。
首先，上海自贸试验区设立之初的管辖区域涵盖了上海外高桥保税区、上海外高桥保税物流园区、洋山保税港区和上海浦东机场综合保税区等四个海关特殊监管区域。其中，洋山保税港区有部分并非位于上海市境内，而是处于浙江省境内。这意味着，如果一味按照《中华人民共和国民事诉讼法》（以下简称《民事诉讼法》）中的地域管辖标准，上海自贸试验区内的案件可能产生由上海和浙江两个地区法院管辖的问题。当然，行政区划的调整可以从根本上解决这一难题。但是，这种调整方式由于涉及的利益巨大，因而成本极高，短时间内不可能一步到位。
与之相较，设立专门的法院或法庭管辖涉自贸试验区的案件不失为一个次优的方案，既可以回避行政区划上的利益纷争，也可以统一自贸试验区内的法律适用和裁判尺度。
其次，从司法角度为上海自贸试验区保驾护航，必须注意到自贸试验区法制所带来的审判高度专业化的要求。由于上海自贸试验区开放领域、程度、措施的多样性，对于之前已经存在，经自贸试验区进一步开放领域的案件，如涉及自贸试验区内商贸服务、金融服务、文化服务等六大类投资开放领域的案件，需要司法人员在总结既往经验的基础上，注意自贸试验区法律的特殊性，以便正确确定行为效力，维护交易安全。对于因自贸试验区的设立而出现的金融产品创新、电子商务、数字化商业等新型案件，需要充分注意新兴行业的行业惯例和自治性规范，形成合理的审判规则，以引导产业秩序的建立。更为重要的是，自贸试验区设立后，国际投资、贸易、航运、金融等涉外案件数量已然全面增长，所以必须正确适用国内、国际两种法律渊源，同时积极运用国际私法中的相关规范，公平、公正地确定涉外案件的管辖权、法律适用、判决的承认与执行等相关事项，维护上海自贸试验区的国际信誉。以上几个方面均折射出涉自贸试验区案件的特殊性和专业性，也印证了自贸试验区需要更为前沿、专门的审判组织和法官队伍。
最后，设立自贸试验区专门法院或法庭不仅符合《宪法》和《中华人民共和国人民法院组织》（以下简称《人民法院组织法》）的相关规定，而且契合当今世界各国的通行做法。就专门法院而言，《宪法》第129条第1款规定：“中华人民共和国设立最高人民法院、地方各级人民法院和军事法院等专门人民法院。”《人民法院组织法》第15条第2款也为专门法院的设置提供了合法性依据。
我国现有的专门法院除了军事法院以外，还有海事法院、知识产权法院、金融法院等。就专门法庭而言，《人民法院组织法》第26条规定：“基层人民法院根据地区、人口和案件情况，可以设立若干人民法庭。人民法庭是基层人民法院的组成部分。人民法庭的判决和裁定即基层人民法院的判决和裁定。”这一规定说明，基层人民法院可以根据实际需要设立专门法庭。就上海自贸试验区的现状而言，这也是一种具有灵活性的改革方案。另外，从国外的司法情况来看，为了解决特殊程序和特殊地域这两个问题，在普通法院体系之外设置特殊的专门法院或法庭是十分常见的，前者如国际贸易法院、海关法院、破产法院、税收法院等，后者如迪拜自贸试验区纠纷解决专门机构。
在论述了设立专业性审判机构的必要性之后，接下去要解决的是实际方案的抉择问题。如前所述，“专门法院”与“专门法庭”虽然只有一字之差，但是在管辖层级、独立性等方面相去甚远。在我国，专门法院是相对于普通法院而言，专门管辖特定案件的一个独立的法院类型，它并不隶属于任何一个平级的普通人民法院。在级别管辖上，专门法院往往对应于中级人民法院这一管辖层级。但是，专门法庭并不是一类独立的审判组织机构，它属于基层人民法院的一部分，因而其设立、管辖事项、职能范围等均依赖于所属的基层法院。那么，就上海自贸试验区的应然状态而言，究竟应当采取专门法院还是专门法庭的方案？从既有状态来看，设立专门法庭这一方案已经得到落实。2013年11月5日，上海市浦东新区人民法院自由贸易区法庭（以下简称“上海自贸区法庭”）正式挂牌成立。该法庭主要履行三大主要职责：“一是通过集约审理、专项审判，发挥司法审判规范、引导作用，为自贸区建设和运行营造良好的法治环境。二是通过强化调研、总结等方式，对法律法规调整实施新情况、新问题开展专项研究，规范裁判尺度，确保法律正确有效实施。三是通过纠纷多元化解、法制宣传、司法建议、前瞻性调研等方式，积极参与自贸区的纠纷化解，支持改革创新，加强风险预警，为自贸区建设和运行提供有力的司法保障。”
上海自贸区法庭的设立展现了灵活能动的司法改革理念。但是，这一改革方案的出台并不是一个终点，更不意味着全盘摈弃设立专门法院的方案。事实上，就设立自贸区法庭本身而言，也并非一帆风顺。比如，有反对者认为，现行法院区分业务庭的标准主要是案件的类型，而并非地域的划分，况且未来自贸试验区内可能产生的纠纷五花八门，设置这样一个专门法庭恐怕与审判专业化的目标不符。我们不反对这种观点，但是同时认为设立上海自贸区法庭具有一定的合理性与可行性：其一，一个专门法庭的设立并不一定非要以案件类型分类，但是必须有一个受理案件的标准与边界。浦东新区人民法院在《上海市浦东新区人民法院筹建自由贸易区法庭方案》中对自贸区法庭的受案范围、机构定位等问题的规定虽然并不具体与周延，但是至少在当时已经为自贸区法庭规划了一个具备区分性的轮廓。
其二，审判专业化与设置专门法庭并非不可调和。有鉴于自贸试验区法律体系的特殊性，集各专业法官之所长，科学设置自贸试验区的审判组织体系是未来的必然趋势。假如不分区内、区外而一味以案由为标准划分自贸试验区内的案件，会使得同一业务庭因不同区域法律体系的冲突而产生混乱，不但无法发挥专业法官之所长，反而会导致司法效率低下。其三，浦东新区人民法院对于设立类似的专门法庭有着丰富的经验。在上海举办世博会期间，浦东新区人民法院设立的世博法庭就取得了很好的社会效果。
以上三点表明，在上海自贸试验区成立之初尚不具备设立专门法院之条件的背景下，上海自贸区法庭的诞生是一种既体现“先行先试”方针又符合“实事求是、循序渐进”规律的过渡方案。当然，相比世博法庭的临时性，趋于常态化的自贸区法庭如何设置、如何良性运转等问题的解决需要经过时间的检验。
上海自贸区法庭的成立预示着自贸试验区司法保障改革扬帆起航，但是从这一起点迈向终点之路并不平坦。一方面，上海自贸试验区被赋予的“先行先试”属性要求各项制度的革新具有相当的前瞻性；另一方面，司法所固有的滞后性和被动性必然与先进的制度创新之间产生不小的距离。因此，上海自贸区法庭的设立本身就肩负着既要维护法制稳定又要兼顾司法制度突破的艰巨任务。在这些纷繁复杂的任务中，当务之急是解决管辖问题。当然，这里所谓的“管辖”系采广义概念，既包括级别管辖、地域管辖，也包括对事管辖、对人管辖。
级别管辖，是指涉及上海自贸试验区的案件应当由哪一级法院管辖。从理论上讲，法院管辖级别越高，一般意味着对某些类型或区域案件的重视程度越高。由于上海自贸试验区在地理上并未超出上海市浦东新区的区划范围（洋山保税港区例外），因此按照我国《民事诉讼法》规定的地域管辖的一般原则，自贸试验区内案件的一审应当由上海市浦东新区人民法院行使管辖权。又如前述，上海自贸区法庭属于上海市浦东新区人民法院的一个派出法庭，因此可以认为，涉及上海自贸试验区的案件在级别管辖上应属于基层法院管辖。
但是，鉴于上海自贸区法庭的性质以及对上海自贸试验区在法制开放程度上的重视，有不少学者提出了调整自贸试验区案件级别管辖的意见，认为如果在司法方面自贸试验区如果只是配备一个基层法院的派出法庭，或相关事项还是简单归并由浦东新区人民法院处理，就会妨碍与民商事纠纷相关的诉讼解决机制的有效性，令司法力量在自贸试验区改革中可能发挥的作用受到限制，与新时期背景下法院应该在自贸试验区的法制环境的规范化进程中起到的作用不相称。
至于调整级别管辖的具体路径，现在主要有两种方案：一是按照现行《民事诉讼法》的规定，将涉自贸试验区案件识别为本辖区内有重大影响的案件，继而由上海市第一中级人民法院甚至上海市高级人民法院采用“指定管辖”的方式提高审级；
二是采用最高人民法院发布司法解释的形式，以“集中管辖”的方式规定涉自贸试验区案件直接由较高级别的法院进行管辖。
毋庸置疑，这些观点代表了对上海自贸试验区法制国际化和试验性的关注。但是，我们对这些观点持保留意见，理由有三：其一，民事案件的级别管辖系由《民事诉讼法》明文规定，因而必须依照《立法法》的规定，由全国人大予以变更，这不属于地方立法的权限。其二，《民事诉讼法》中有关于“指定管辖”的规定，即上级人民法院有权审理下级人民法院管辖的第一审民事案件。但是，这一规定针对是个案，而不是一个区域内发生的所有案件，在实践中不可能让上海市第一中级人民法院或上海市高级人民法院采用逐个案件指定管辖的方式提升自贸试验区案件的审级。其三，尽管上海自贸试验区的确存在需要予以重点司法保障的时代背景，但是这种政策倾向不能取代基层法院管辖一审案件的司法立场。在我国加入WTO之初，最高人民法院的确曾经发布司法解释，以提升涉外案件的审级，规范集中管辖制度。但是，这一司法解释在经历了数年之后，逐渐与我国国情不符。因此，现在的做法依旧回归到基层法院管辖的思路上来。
综上所述，“指定管辖”的路径恐与上位法冲突，而“集中管辖”则是较为务实的方式。因此，在无法改变现行民事基本立法的情况下，涉自贸试验区一审案件由浦东新区人民法院管辖应是必由之路。
案件管辖也称对事管辖，是指上海自贸区法庭对何种类型的纠纷进行管辖。在这里，首先应对区域内的纠纷进行分割，即上海自贸区法庭管辖的事项应当限于自贸试验区内存在法制创新或与之相关而产生的纠纷，如与自贸试验区有关的金融、航运、商事、贸易、投资、知识产权、电子商务以及其他开放服务领域的商事纠纷案件。其他一般性的民事案件，如传统的婚姻、继承、交通事故等，即便发生在自贸试验区内或其法律关系与自贸试验区相关，也不应由自贸区法庭管辖。这种分割处理的优点在于，可以摒弃传统的以地域为单一依据的派出法庭设立标准，有目的地突出上海自贸区法庭的特色与管辖重点，在节约司法资源的同时，强调以创新为导向的改革意图。
在明确界分上海自贸区法庭管辖事项的前提下，必须注意到，这一边界并不是固化不变的。因为上海自贸试验区的制度创新本身带有很强的开拓性和时效性，所以司法保障的对象也会随着时间的推移而变动。事实上，上海自贸区法庭的受案范围经历过四次调整：一是在上海自贸区法庭设立之初，依据《上海市浦东新区人民法院筹建自由贸易区法庭方案》第2条的规定，上海自贸区法庭主要管辖依法由浦东新区人民法院管辖的与上海自贸试验区相关联的商事（含金融）、知识产权和房地产案件；二是2015年4月9日，经上海市高级人民法院及上海市浦东新区机构编制委员会批准，在自贸区法庭加挂“自由贸易区知识产权法庭”（以下简称“自贸区知识产权法庭”）牌子，受理、审理依法由浦东新区人民法院管辖的与上海自贸试验区相关联的知识产权民事、刑事、行政案件；三是在2015年上海自贸试验区实现“扩围”之后，综合考虑我国设立上海自贸试验区的战略目的、浦东新区构建开放型经济新体制的导向、上海自贸试验区建设对司法保障的专项需求以及浦东法院专业化审判特色和发展方向等多方面因素，上海自贸区法庭（自贸区知识产权法庭）的受案范围被调整为“1+2+X”模式，即“1个地域管辖+2个集中审理+X动态调整”；
四是2017年7月，由于浦东新区人民法院建立了金融商事、金融行政和金融刑事案件“三合一”的金融审判工作机制，对金融案件进行集中审理，因此上海自贸区法庭不再受理金融商事案件。
任何一项法律或制度均有其适用范围，在确定上海自贸区法庭管辖“围界”时，还必须回答哪些案件属于涉自贸试验区案件的问题，因为确定涉自贸试验区案件的标准是法院运用自贸试验区特有法律体系审判案件的前置条件。在这一问题上，基于上海自贸试验区法律在未来将形成独特“法域”的特质，我们曾经建议参考我国《涉外民事关系法律适用法》和《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国涉外民事关系法律适用法〉若干问题的解释（一）》的相关规定确定认定标准。具体而言，未来法院在遇到以下案件时，可以将其认定为涉自贸试验区案件：（1）当事人一方或双方的住所地、经常居住地位于上海自贸试验区内的；（2）纠纷案件所涉标的物位于上海自贸试验区内的；（3）产生、变更或者消灭民事关系的法律事实发生在上海自贸试验区内的。
在此建议的基础上，也有专业法官对于我们曾经提出的法律关系构成要素说进行了补充，认为确定涉自贸试验区案件的范围不仅要参考传统的国际私法标准，还应当充分认识自贸试验区管辖案件的特殊性。
我们赞同这样的补充，并认为这种全方位式的认定标准系结合案件管辖和地域管辖两个坐标系而得出。依据这样的分类，可以将涉自贸试验区案件一分为二：对于商事、金融及知识产权纠纷，由于直接关系到自贸试验区投资、贸易规则体系的形成和营商环境的培育，宜采用宽泛的“法律关系要素标准”，即“法律关系构成要素涉自贸试验区”进行研究判断。对于民事纠纷，则宜采用“法律关系要素+领域标准”，即“法律关系构成要件涉自贸试验区”与“法律事实发生领域或环节涉自贸试验区扩大开放、创新措施及试验任务”相结合进行判断。据此，涉自贸试验区民事纠纷具体包括：（1）不动产位于自贸试验区内的房地产纠纷；（2）产生、变更或消灭民事权利义务的法律事实发生在自贸试验区保税交易及服务平台（如“跨境通”电子商务平台、外高桥国际酒类展示交易中心等）的民事纠纷；（3）涉及《总体方案》确定扩大开放的金融服务、航运服务、商贸服务、专业服务、文化服务和社会服务等6大领域18个行业的23项开放措施的民事纠纷；（4）涉及注册地或实际经营地在自贸试验区内的企业或机关事业单位的劳动争议、人事争议；（5）发生在自贸试验区内的环境污染纠纷。
在基本回顾了上海自贸区法庭的管辖蓝图后，有一个严峻的难题是不得不面对的：涉自贸试验区案件是否必须由自贸区法庭管辖？我们在现行《民事诉讼法》中无法找到肯定的答案，因为如果遵循“原告就被告”之一般地域管辖原则，但凡案件被告的住所地、经常居住地、登记地等不位于上海自贸试验区内，就有可能产生自贸试验区外的法院管辖涉自贸试验区案件的情况。同时，这一原则在涉外案件中也可以得到一体适用。因此，从理论上讲，不仅仅是中国任何一个法院，世界各国的法院均存在受理涉上海自贸试验区案件的可能性。在这样一种任意管辖的逻辑起点下，就会衍生很多问题。比如，非自贸试验区的中国法院是否了解自贸试验区的特殊法律规则？是否配备了专业的审判法官？是否需要设立专门的审判组织？外国法院作出涉自贸试验区的判决应由哪个法院作为承认的主体？应如何开展外国判决的承认与执行工作？为了解决这些衍生问题，一种可以一次性解决任意管辖所带来不良后果的制度自然就浮现出来，这就是专属管辖制度。
对涉自贸试验区案件实行专属管辖，是指未来涉及上海自贸试验区的民商事纠纷均应由自贸试验区所在地法院即浦东新区人民法院（自贸区法庭）管辖，其他中国法院或境外法院均无权管辖此类案件，当事人也不得采取协议管辖的方式对这种专属管辖进行变更。采用这一做法的直接效果是把与自贸试验区相关案件的管辖权仅赋予单一的国内法院，有利于集中司法资源和保护我国的基本经济利益。但是，我们对于实施专属管辖的可能性仍不抱乐观立场，因为要真正实施这一特殊的管辖制度有着不小的困难。首先，专属管辖作为任意管辖的一种例外情形，所包含案件的类型必须法定化。因此，要想将涉自贸试验区案件作为一种专属管辖的类型，必须经过《民事诉讼法》的修改程序。但是，就今日自贸试验区发展的稳定程度而言，为时尚早。其次，在国际民事诉讼场合，现行各国立法以及国际条约的趋势是统一与限制专属管辖的范围。因为这一制度带有极强的属地主义色彩，不利于协调国际平行诉讼的进行。假如将国际涉自贸试验区案件增加为我国法院专属管辖的一类案件，恐怕会与国际立法趋势不符，据此作出的判决可能得不到境外法院的支持。最后，相较于专属管辖的极端敏感性，采用上文所述的集中管辖制度也许是一个较为实际的方案。虽然集中管辖并无专属管辖所具有的绝对排他性功能，但是它可以达到“对内提高审级、对外平行管辖”的效果。此外，提高国内管辖法院的级别，可以大幅度地提升审判质量，在国际诉讼中又不会陷入属地主义的困境，并可以在一定程度上化解专属管辖过于刚性的本质。