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“法治”作为一个整体性概念，需要运用全社会的力量，从立法、执法、司法三个主要维度对其进行维护与运用。法院作为司法层面最为重要的也是最后一道防线，需要对社会制度的演进提供及时的反馈与调校。从传统的司法理念来看，法院主要应当秉持中立、被动的基本理念。面对不断更新迭代的社会变动，司法应当在相当程度上保持自身的稳定性，以尽力维护法治给公众带来的可预期性。但是，在上海自贸试验区的改革背景下，政策变动之频繁、制度更新之剧烈、立法更改之立体要求法院必须变革以往相对稳定的司法理念，转而树立一种更加主动、更为迅捷、与时俱进的新理念，并以之指导整个自贸试验区司法保障的制度安排。
上海自贸试验区是我国在新时期顺应全球经济发展趋势，实行新一轮对外开放战略的重要举措。随着国务院正式批准设立上海自贸试验区决定的作出，这一代表着我国经济制度创新的“试验田”由梦想成为现实，并直接进入法制创新的“快车道”。在中央层面，2013年8月30日，第十二届全国人大常委会第四次会议表决通过《全国人民代表大会常务委员会关于授权国务院在中国（上海）自由贸易试验区内暂时调整实施有关法律规定的行政审批的决定》。这表明，我国的最高权力机关授权国务院暂停上海自贸试验区内基于《外资企业法》《中外合资经营企业法》和《中外合作经营企业法》（合称“三资企业法”）实施的相关行政审批。在地方层面，2013年9月26日，上海市第十四届人大常委会第八次会议审议通过《上海市人民代表大会常务委员会关于在中国（上海）自由贸易试验区暂时调整实施本市有关地方性法规规定的决定》，明确《上海市外商投资企业审批条例》自2013年10月1日起在上海自贸试验区内暂时停止实施；同时，规定国家法律、行政法规在上海自贸试验区调整实施有关内容的，本市地方性法规作相应调整实施。该决定旨在对接中央层面相关决定的规定，及时理顺上海市地方性法规与上位法的关系。
以该决定为依据，上海市人大与市政府配套出台了一系列涉上海自贸试验区的地方性法规和政府规章，《中国（上海）自由贸易试验区条例》也已于2014年8月1日生效实施。这些地方性法规与政府规章为上海自贸试验区既定方案的实施提供了全方位的立法支持。
从中央到地方立法的“立、改、废”几乎伴随着上海自贸试验区成立至今的全周期，这种立法层面的变动给自贸试验区的司法保障工作带来了不少挑战：第一，立法的改变要求法院作出司法裁判规则方面的改变，而上海自贸试验区在我国属于首创，因而应对此种立法变革并无司法先例可循，需要法院以如临深渊之态度积极回应。第二，上海自贸试验区制度创新之速度前所未有，加上所涉及的领域极为广泛，涵盖了改革开放的一切相关领域和行业，因此在时间要求上对法院提出了严格的限制，一旦有所迟延，就会导致法律适用方面的错误。第三，鉴于立法抽象性与滞后性的特征，自贸试验区的立法总是与中央每一阶段制度创新的要求存在一定的距离，此时便会出现所谓“立法真空”的现象。这种现象势必对法院的审判工程造成较大障碍，因为法院不得以法无明文规定而拒绝裁判。“立法真空”的另一种表现是，虽然法律有了规定，但是规定的内容过于具体且缺乏配套性规范。例如，针对自贸试验区建设过程中由审批制改为负面清单管理的备案制，一些传统的纠纷解决依据必然发生重大变化，一些纠纷解决的法律程序和法律依据要重新进行修订和完善。
第四，立法之改变基本限于条文，而司法随之改变的却不仅限于裁判规则，专业法官队伍、内部沟通交流机制以及司法文书公开等相关制度也必须同步更新，可谓“牵一发而动全身”。
面对自贸试验区立法快速多变的特点，上海市各级法院积极转变思路，采取主动应对的司法理念，创制了一套自贸试验区适法方案：一是主动对接法律变动，将司法政策的把握和法律适用的调整有机统一。比如，上海市第一中级人民法院为促进涉自贸试验区案件法律适用的统一，于2014年4月29日发布《涉中国（上海）自由贸易试验区案件审判指引（试行）》。这份规范性文件明确了法院审理涉自贸试验区案件的司法政策，为涉自贸试验区案件中因法律调整而引致的裁判规则变动打下了统一实施的基础，也为形成可复制、可推广的自贸试验区司法保障经验提供了方向性的指引。
二是主动面向“立法真空”，通过立法建议和正确行使自由裁量权的方式弥补立法不足。在充分认识自贸试验区制度缺口的基础上，对于需要后续立法及时进行填补和完善的部分，司法应当有效扮演制度缺陷的发现者和建议者的角色，及时向中央与地方的立法机关提出调研意见和立法建议。同时，在涉及具体解释、执行立法意旨的层面，或在立法创新完成之前，法院应当在法律赋予的裁量空间里，尽可能缓解立法和实践之间的张力。
三是主动调动司法互动与公开资源，实现法律适用的协调一致。对涉自贸试验区案件，在现今尚未实现专属管辖的前提下，全国各地、各级法院原则上均有可能受理，也均有可能遇到自贸试验区之特殊法律适用的难题。为此，上海市法院系统在强调专业化审判机制的同时，通过法院内部联席会议、典型案例指导等方式，统一三级法院在涉自贸试验区案件中的适法理念与规则；同时，通过强化不同自贸试验区之间的法院以及自贸试验区法院的不同部门之间的沟通交流机制，构筑司法保障层面法律适用的统一机制。
在现代社会治理过程中，法律与政策构成了两类调整社会关系、解决社会矛盾的主要工具。我国在改革开放后的很长一段时间内，一直存在以政策替代法律的现象。随着中国特色社会主义法律体系的形成，这种现象虽有所缓解，但面对汹涌的市场经济改革浪潮，政策本身所带有的灵活性、时效性特点使其仍然具备很强的指导功能与现实价值。纵观上海自贸试验区的整个发展过程，无论是国务院还是其相关部委，在不同的发展阶段均提出了众多的政策性指引和支持。在法律层面，虽然历经了《公司法》《外资企业法》《中外合资经营企业法》《中外合作经营企业法》和《台湾同胞投资保护法》的修正以及《外商投资法》的出台，但是这些法律不仅通过或修正的时间远远滞后，而且在内容方面也往往过于抽象，很难适用于具体的司法实践。在这种“政策先行、立法滞后”的大背景下，法院在实施自贸试验区司法保障方案时，应当如何处理法律与政策之间的适用关系？当法律与政策发生冲突之时，何者应当具有优先地位？当法律出现空白或漏洞时，政策应当以何种身份扮演司法的助益者？
以上海自贸试验区设立时国务院批准公布的《中国（上海）自由贸易试验区总体方案》（以下简称《总体方案》）为例，其制定主体并非国务院，而是上海市人民政府、商务部。因此，有学者指出：“就《总体方案》的法律位阶、法律效力而言，我国《立法法》未对国务院批准公布的规范性文件作出规定，国务院批准《总体方案》并不等同国务院制定《总体方案》，亦不改变《总体方案》系商务部、地方政府联合拟定的事实。因此，单纯从规范性文件的制发主体来考量，《总体方案》的位阶属部门规章或地方政府规章。”
另外，《总体方案》以及后续的《进一步深化中国（上海）自由贸易试验区改革开放方案》《全面深化中国（上海）自由贸易试验区改革开放方案》虽对上海自贸试验区在外资、外贸、金融等领域提出了全面的改革要求，但其中大多数的事项均属于《立法法》第8条规定的中央立法事权的范畴，并且属于必须由全国人大或其常委会制定或修改法律方能产生效力的范畴。因此，以《总体方案》为代表的一系列规范性文件只能被定位为较低位阶的“法律”或纯属自贸试验区政策范畴，对这些文件在司法实践中如何准确运用成为法院的又一块“难啃的骨头”。
在定位政策与法律在司法运用中的关系问题上，应当在明确两者辩证统一关系的前提下，树立在法治原则下适用政策的总原则，具体包含以下四点要义：一是在政策与法律并行或产生冲突时，应当坚持适用法律的优先性理念。尤其是在自贸试验区未对调整平等关系的法律作出改变的情形下，坚持法律优先意味着维护公平统一的市场规则。二是注意政策的填补性功能。在法律出现漏洞或空白情形时，法院应当运用政策指导自由裁量权的行使。《中华人民共和国民法通则》（以下简称《民法通则》）第6条规定：“民事活动必须遵守法律，法律没有规定的，应当遵守国家政策。”这说明，政策只能作为我国民商事裁判的补充性法源。三是重视政策对自贸试验区法律的解释功能。在审判实践中，当涉及自贸试验区法律调整的解释问题时，可以将相关政策作为体系解释、目的解释等法解释方法的基础，并形成一定的司法裁判规则。当然，在通过司法裁判将政策规则化后，可以将通过裁判形成的涉自贸试验区的规则上升为司法解释或立法，并应当尽快缩短这一进程，以实现法律的安定性。
四是法院应当明确政策所依附的规范性文件的适用方法，知晓规范性文件具有法定的依据效力和被援引的依据效力；同时，还要依据制定主体的不同，明确规范性文件的效力等级。
打造法治化的营商环境是上海自贸试验区设立之初《总体方案》提出的重要目标之一。法治化营商环境的建设需要立法、执法与司法三方施力，也需要营商主体具有创新意识。上海自贸试验区采取了负面清单管理、事中事后监管、鼓励金融创新等开放性措施，这些措施使自贸试验区内的市场充满了创新活力，各种新兴业态、交易方式层出不穷。以金融领域为例，“上海自贸试验区设立后，随着利率市场化与货币自由兑换的推行，花样繁多的金融产品和交易工具应运而生，种种新型的金融纠纷亦层出不穷，甚至许多属于‘无名合同’纠纷。在金融服务业全面开放已成不可逆转之势的自贸试验区内，涌动的大量资本与生俱来的创新冲动，倒逼司法体认、促进和维护金融创新”
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在市场活跃度空前提升的背景下，全新营商环境的建设要求为司法保障带来了新议题：现行法律对某些商事业务的开展并没有明确的规定，对于这些游弋于“灰色地带”的商事行为应当采取鼓励抑或限制的司法政策？商事主体在从事商事交易的过程中可能形成以合同为载体的商事惯例，那么在依法裁判原则之下，应当如何认定商事惯例的效力？假如商事主体如董事、经理、高级管理人等在进行商业决策和企业治理时作出的一些商业判断后续对他人造成损害，司法对于这种商事主体内部治理的事宜是否应当予以介入？对这些新议题的回答其实主要围绕一对矛盾关系展开，即自贸试验区的司法政策如何处理好风险控制的法治底线与市场创新的司法支持之间的关系。
针对这对矛盾关系，自贸试验区在司法理念上应当秉持依法维护市场创新、充分尊重商事自治的原则，主要体现在三个方面：一是对于商事主体的决策，应当减少司法干预，树立尊重商业判断规则的意识。商业判断规则的本质是，通过避免法院的事后判断，保护董事等决策者基于诚信作出商业判断，最终达到减轻决策者责任、鼓励商事主体大胆创新的目的。这种源于英美法院司法实践的裁判规则应当成为自贸试验区法院的一项重要司法规则，它要求“法院对公司治理领域的介入，主要应以程序性审查为主，而非以实质的司法判断取代商业判断”
。二是加强商事审判能力的提升，尊重商事行为的规律。在实际的审判过程中，法院要认识到商事惯例的补充性法源地位，在交易合同未与法律强制性条款相抵触的情形下，尽力发挥商事惯例对合同争议的解释与漏洞填补作用，维护商事契约的约束力。
三是正确处理营业自由与交易安全的关系。从保障市场自治的角度讲，法院在审理涉自贸试验区案件时，应当秉持负面清单制度体现的“法无明文禁止即可为”的司法理念评价自贸试验区内各种交易行为的法律效力。但是，也要注意，因为自贸试验区放松管制会带来交易隐患、商业侵权甚至犯罪行为的泛滥，所以守住法律的底线应当以交易的安全和信赖保护作为重要的司法理念。
《总体方案》及其后中央支持上海自贸试验区发展的各项文件对自贸试验区提出了对标国际高标准、建设国际化营商环境的要求。事实上，中央之所以选择上海作为自由贸易园区的突破口，在很大程度上也缘于上海作为国际性城市的地位。自贸试验区既是我国自主改革的“试验田”，更是面向世界、面向全球的开放性设计，外资、外贸、金融、航运等领域的各项改革措施的实质性目标均应被置于经济全球化的语境之中。随着自贸试验区对涉外法制的逐步放宽和便利化，外国投资者、境外商事主体以各种形式参与到自贸试验区内外的商事交易和国际经济交往之中，而自贸试验区的法治也出现了国际、国内法律并重的态势，对于自贸试验区的司法保障能力提出了国际化的考问。从法律适用的角度讲，涉外案件数量的直线上升态势意味着法院不能拘泥于纯粹国内法的视角，国际条约、国际惯例的适用需要审判者具备国际法知识，外国法的适用考验着审判者运用冲突规范和查明外国法的能力。即便在不涉及国际法、外国法适用的案件中，在国际性交易过程中，当事人也多会使用外语，形成交易文本、履行依据或支付方式。此类案件对法官在证据审查方面的语言能力提出了高要求。
面对自贸试验区日益国际化的开放态势，法院在实施司法保障方案时，必须同步更新国际化理念，在明晰国际法与国内法适用关系的基础上，完善国际化的审判机制与审判团队。首先，《民法通则》第142条表明我国法院在审理涉及国际法与国内法冲突的案件时，应当采取“国际条约有条件优先适用，国际惯例有条件补充适用”的基本态度。自贸试验区也应当一体遵循。
其次，自贸试验区应当对国际条约、国际惯例的适用依据有统一的司法规则，防止出现案情相同而适用法律依据、适用法律结果不同的情况发生，影响司法的国际公信力。有学者在对我国自贸试验区法院适用《联合国国际货物销售合同公约》（CISG）的案件进行实证分析后指出，各地法院在适用CISG的问题上分歧极大，各种类型的适用情况均存在。因此，他建议建立准确适用国际条约的一般性规则，以增强法律适用方面的统一度。
再次，自贸试验区法院在审理涉外案件时，应当树立国际私法意识，充分运用《中华人民共和国涉外民事关系法律适用法》（以下简称《涉外民事关系法律适用法》）等国际私法规范，防止未经冲突规范指引而径直适用本国法的属地主义倾向。最后，应当加强符合自贸试验区专业要求的法官队伍建设和储备。各级法院应当选拔、培育一批既精通国内外法律、熟悉国际通行投资贸易规则和惯例，又懂经济发展规律，并且具有国际视野、丰富的审判经验和较强审判能力的专家型、复合型法官，以有效担当起自贸试验区司法保障的重任，在有效提升自贸试验区司法保障能力的同时，也向世界展示中国法官良好的专业素养和形象。