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在讨论有关微生物和免疫的关系之前，首先介绍和解释部分与免疫学相关的概念和常见术语。
（1）抗原（antigen，Ag）：指能引起某一特定的免疫应答并能与应答产物（例如某一特定抗体或致敏淋巴细胞）发生作用的物质。
（2）抗体（antibody，Ab）：指在机体免疫系统中受到某一特定抗原刺激时产生的免疫球蛋白（immunoglobulin，Ig），此蛋白能与抗原特异性结合，产生各种生理性作用。抗体根据不同的作用模式分为：凝集素（agglutinin）、溶菌素（bacteriolysin）、溶血素（hemolysin）、调理素（opsonin）和沉淀素（precipitin）等。
（3）细胞因子（cytokine）：指由多种细胞分泌的小分子蛋白质的总称，具有调节细胞生长、参与免疫应答及炎症反应等功能。根据其功能主要分为：白细胞介素（interleukin，IL）、干扰素（interferon，IFN）、肿瘤坏死因子（tumor necrosis factor，TNF）、集落刺激因子（colony stimulating factor，CSF）、转化生长因子β（transforming growth factor-β，TGF-β）、趋化性细胞因子（chemokine），以及其他生长因子。
（4）免疫应答（响应）（immune response，Ir）：指机体免疫系统受抗原刺激后，淋巴细胞特异性识别抗原，发生活化、增殖、分化或凋亡，进而表现出一定的生物学效应的全过程。
（5）B淋巴细胞（B lymphocyte，B cell）：简称B细胞，由哺乳动物或鸟类法氏囊（bursa）中的淋巴前体细胞衍生分化而来。B细胞是体内产生抗体（免疫球蛋白）的细胞，并具抗原呈递功能。
（6）自然杀伤细胞（natural killer cell，NK cell）：又称大颗粒淋巴细胞，自然杀伤细胞无须抗原预先致敏即可识别和直接杀伤某些异常细胞（包括肿瘤细胞和病毒感染的细胞）。
（7）T淋巴细胞（T lymphocyte，T cell）：简称T细胞，参与多样的细胞介导的免疫反应。骨髓中的淋巴样前体细胞（lymphoid precursor）必须进入胸腺（thymus），经历系列有序的分化，发育为成熟T细胞，并离开胸腺进入外周免疫器官或外周血中。
（8）超敏反应（hypersensitivity）：指机体再次接触相同抗原时，发生以生理功能紊乱或组织细胞损伤为表现的特异性免疫应答。引起超敏反应的抗原又称变应原（allergen）。
免疫系统是有机体长期进化而成的，具有高度的复性并可高效地对抗和防御病原体与抗原的生理系统。从新生儿降临到这个世界的那一刻起，身体就开始建立起自己的抵抗微生物侵袭的系统。抗体、细胞因子、巨噬细胞（macrophage）、吞噬细胞（phagocyte）和无数的其他类型的免疫细胞及分子不断地形成一道保护人体并抵抗那些可能致病的生物体的屏障。这些细胞和分子主要由骨髓、胸腺和脾脏产生 [1] 。
今天，因为有了抗生素和其他多样的药物，更好的医院和医疗条件，更全面的卫生条件，如充足的食品、清洁的饮用水、完善的废水处理系统和更清洁的居住环境等，人类对曾经威胁生命的感染性疾病的担忧已大大减少了。疫苗的发明和使用（尤其是某些针对儿童的疫苗），使得人类对几种有巨大危害的疾病有了可靠的预防手段。但是威胁健康的公共卫生问题依然严峻。对抗生素和预防接种的过度使用可能导致人类免疫功能紊乱。免疫功能的缺陷可能会带来灾难性的后果，这并非只是指那些缺乏免疫力的人群，也包括具有过度免疫力的人群，这会使人体产生过敏反应，如哮喘和自身免疫疾病。癌细胞存在于每个人的身体内，在理想的情况下，人体的免疫系统能在它们萌生时或扩散前将其清除掉。然而当免疫功能达不到标准水平时，癌细胞就有可能占据主导地位并对人体产生难以估量的危害。