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当人体试图使有害物质或食物加快在肠道内移动，或者使病原细菌迅速排出体外时，就会出现腹泻现象。即在足够的水分和电解液被吸收前，有害菌刺激结肠去除内容物，这使得排出的大便表现为过于松软或很稀。
不少长途旅行者通常会发生这样的尴尬场面：因为腹泻，在旅行过程中，他们不得不匆忙而频繁地去洗手间。这是一种由非病原细菌或不适应的肠道菌群引起的症状。若在旅行中服用适量的益生菌，状况会改善很多，发生旅行者腹泻的概率会大幅度下降。
益生菌（例如膳食补充剂类产品）可用于缓解由轮状病毒引起的腹泻。益生菌可降低轮状病毒的发作并增加免疫蛋白IgA的分泌。IgA是一种与改善和治疗轮状病毒感染相关的抗体。2001年，在一篇题为《在小猪模型中用乳双歧杆菌HN019来治疗和减轻由轮状病毒和大肠杆菌引起的腹泻》的文章中考察了喂养益生菌的幼畜抵抗腹泻的保护效果。实验中把17头小猪分成两组，受试组口服乳双歧杆菌（每头猪每天10亿个活菌）；对照组不接受益生菌治疗。一周后，小猪被分别关入栏中并断绝膳食（断奶）。接下来，腹泻病在两组动物中都得到了控制。研究还评估了小猪的体重变化，另外，还收集了血液和粪便样品用来测量系统和胃肠道免疫活性。得出的结果是，同对照组相比，受试组的小猪的腹泻程度较轻，并维持了较高的喂养效率、较高的白细胞噬菌活性和T-淋巴细胞增殖反应，且粪便中的轮状病毒和大肠杆菌浓度较低。进而得出结论，乳双歧杆菌HN019通过提升免疫调节机制，从而减轻了由轮状病毒和大肠杆菌引起的腹泻的严重程度。此项研究同时表明，补充益生菌可能是预防和治疗人类婴儿腹泻的有效方式之一。
有些腹泻的发生是由抗生素的副作用或肠道感染所引起的，这种腹泻常被称为抗生素相关性腹泻（antibiotic associated diarrhea，AAD），又称伪膜性肠炎。通常来说，使用抗生素是导致病原菌——艰难梭状芽孢杆菌（Clostridium difficile）反复感染的主要原因。艰难梭状芽孢杆菌会产生两种类型的毒素：毒素A和毒素B，它们可引起黏膜损伤和结肠炎症。大量的研究表明，使用益生菌补充剂或含活性益生菌的酸奶制品可改善结肠中的菌群平衡，并缓解抗生素相关性腹泻。有研究报告证实，服用鼠李糖乳杆菌LGG可减少腹泻次数和缩短腹泻周期，从而改善腹泻。也有研究者使用其他特定的益生菌，如两歧双歧杆菌等，添加在奶粉中给腹泻婴儿服用，随后检测了益生菌改善腹泻程度的有效性，同样得到了很好的效果。
除了双歧杆菌和乳杆菌对各类腹泻有较好的预防和治疗效果外，还有一种被称为布拉迪（或译作博拉德）酵母的益生菌也有类似的功效。布拉迪酵母是来自中南半岛荔枝果实中的一种耐热性酵母。它适合在较高的温度（如37℃）中生长。药物动力学研究显示，经口服摄入该益生菌的三天内，它就可在结肠内保持稳定的浓度。中止服用后的2～5天内，仍可在大便中检测出。与其他细菌性生物治疗剂（活菌药物）相比，它对抗生素有着天然的抵抗力，但可被抗真菌药物（如制霉菌素）所去除。经论证，布拉迪酵母和抗生素联合使用的效果远优于单独使用抗生素。布拉迪酵母目前被确认可有效缓解抗生素相关性腹泻。在若干动物模型中还显示，布拉迪酵母对艰难梭状芽孢杆菌引起的结肠炎有防护效果，这些人体外的研究也论证了布拉迪酵母可产生抗菌物质（蛋白质和蛋白酶）。另外，布拉迪酵母可对肠道黏膜直接起作用，特别是激活某些酶的活性和增加人体（宿主）肠道的黏膜免疫应答，从而产生了保护宿主对抗各种腹泻病原体的机制 [3] 。
结（直）肠癌与人体内共生菌群的关联在过去数十年内也颇受争议和质疑。2013年，有研究分析结（直）肠癌患者的粪便来识别肠道细菌及代谢产物，并以健康人群作为对照来探讨微生物可能对患者病情发展的影响。研究发现，健康人群的粪便中，微生物菌群（与胃肠道中微生物菌群一致）的细菌种类较多，拟杆菌（包括Bacteroides finegoldii和Bacteroides intestinalis ）含量较高（约为1.27%），在患者的粪便中，同种拟杆菌菌株含量较低（约为0.48%）；健康人群胃肠道菌群中的普雷沃菌（包括Prevotella copri和Prevotella oris）含量很高（约为5.93%），而结（直）肠癌患者胃肠道内中则几乎没有检出；短链脂肪酸（SCFA），特别是作为微生物代谢产物被广泛研究的丁酸，很容易被人体吸收并被人体组织所利用，且具有一定的抗肿瘤发生的效果 [4] 。
总之，目前研究中用于缓解和治疗腹泻的常见益生菌有鼠李糖乳杆菌、嗜酸乳杆菌、长双歧杆菌、动物双歧杆菌（乳双歧杆菌）、两歧双歧杆菌、布拉迪酵母等。益生菌的保护和治疗机制仍然是与有害菌竞争营养成分，分泌抗菌物质，通过形成短链脂肪酸来降低肠道pH，减弱毒素的产生，缓解毒性，以及提高免疫力。
肠道内正常的微生物菌群和益生菌在结肠中扮演着多种重要的角色。它们不仅维护着结肠内的微生态和微生物菌群平衡，还对腹泻、便秘、肠易激综合征、炎症性肠病和结（直）肠癌等的预防和治疗有积极作用。简言之，人体健康与结肠健康密不可分。
[1] DE ANGELIS M，RIZZELLO C G，FASANO A，et al.VSL#3 probiotic preparation has the capacity to hydrolyze gliadin polypetides responsible for Celiac Sprue probiotics and gluten intolerance[J].Biochim biophys acta，2006，1762：80-93.
[2] DE RIDDER L，WATERMAN M，TURNER D，et al.Use of biosimilars in paediatric inflammatory bowel disease：a position statement of the ESPGHAN paediatric IBD Porto Group[J].J pediatr gastroenterol nutr，2015，61：503-508.
[3] CZERUCKA D.Patrick rampal experimental effects of Saccharomyces boulardii on diarrheal pathogens[J].Microbes and infection，2002，4：733-739.
[4] WEIR T L，MANTER D K，SHEFLIN A M，Et al.Stool microbiome and metabolome differences between colorectal cancer patients and healthy adults[J].PLoS ONE，2013，8（8），e70803.