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健康的人体为微生物菌群提供了广阔的空间和繁殖场所，它们中的大部分种类寄生在肠道中（最新发现有至少1200种）。像多数人认为的那样，若牙龈和牙齿均保持健康时，口臭源于消化道。因为当体内有益菌群的数目下降时，腐败菌可能会在上消化道内大量繁殖，使人们的呼吸出现异味，以致出现口臭。据美国明尼苏达州的达什（S.K.Dash）博士的研究，有害菌在胃肠道的过度繁殖可能导致胃溃疡和疼痛以及打嗝，这些都会妨碍人们正常的社交生活。当用口香糖不能解决口臭问题时，可以尝试如下方法：漱洗口腔后用益生菌溶液漱口，或者将益生菌片、益生菌胶囊中的粉末含在口中，缓缓下咽。
1982年，在研究胃肠道疾病作出重大贡献且获得诺贝尔奖的两位澳大利亚科学家——巴里·马歇尔（Barry J.Marshall）教授和罗宾·沃伦（J.Robin Warren）医生，从慢性胃炎病人的胃壁和黏液层及上皮细胞中首次分离出幽门螺杆菌，并在1986年世界胃肠病学会议上，提出了幽门螺杆菌感染是造成慢性胃炎的重要原因之一。此发现被认为是革命性的，它使得数以百万计的病人受益。2005年12月10日，瑞典卡罗林斯卡学院斯塔凡·诺马克（Staffan Normark）教授为这两位诺贝尔生理学或医学奖得主颁奖，并致辞如下：“拿破仑不是死于中毒，而是死于已经转化为癌症的胃溃疡；作家詹姆斯·乔伊斯由于他最后的小说《芬尼根守灵夜》不受当时社会欢迎，而悲愤绝望地死于溃疡穿孔。可见，溃疡疾病不仅侵袭名人，而且普罗大众也不能幸免于难。长久以来，溃疡疾病曾被认为是生活压力和不当饮食的结果……巴里·马歇尔和罗宾·沃伦与流行信条对立，发现人类的消化性溃疡是由胃中的细菌感染所致……先驱们的研究工作激励着我们更加热切地了解慢性感染与癌症类疾病的关联性。在此，我代表卡罗林斯卡学院诺贝尔大会向你们致以最热烈的祝贺，并且请你们从国王陛下手中领取诺贝尔奖……”
上述两位科学家的获奖也许算是众望所归的，但仍有某些专家学者质疑其结论——幽门螺杆菌是胃溃疡和胃癌的病因，认为此观点值得商榷，幽门螺杆菌是致病细菌还是生理性细菌仍不宜轻易下结论。美国首席传染病学、内科学和微生物学家布莱泽（Martin J.Blaser）教授等在这方面进行了系列的研究，他们在2005年发现一个令人惊奇的事实：由于特定的抗生素被广泛用来治疗胃溃疡等疾病（这会杀死幽门螺杆菌），使得美国等西方发达国家胃溃疡和胃癌的发病率以及幽门螺杆菌的携带率有所下降，但与此同时，食道癌的发病率却上升了。近年来世界各国的研究者们认为，幽门螺杆菌在胃内的定植实际上防止了胃食道返酸病
和食道癌的发生。胃癌是严重的疾病，而食道癌却是具有更高死亡率的疾病。幽门螺杆菌是否可以在既不引发胃癌，又防止食道癌发生的情况下定植，这将需要医学界做进一步的研究。
胃溃疡曾经被认为可采用清淡饮食和使用减酸药物来治愈，还有研究认为，哮喘、痤疮（acne）、风湿性关节炎也可能与胃酸度较低有关，抗酸剂和减酸药物（如甲氰咪胺）常作为主流的治疗药物。虽然使用这些药物治疗胃灼热和返酸病可以立即缓解不适，但随着时间的推移，问题反而会更严重。因低酸的胃环境更有利于非益生菌的定植和生长。低酸的分泌物也阻碍了重要的维生素和矿物质，包括维生素B 6 、维生素B 12 、叶酸、铁和钙等的吸收。当人们食用口味重和油腻的食物时，可能会使胃酸分泌过多，但这可通过饮食调节（例如减少摄入那些油腻或可能对人体产生不良效果的食品）而得以改善。这比使用减酸类药物的效果通常要好且安全得多。
我们在此对食道和胃内微生物菌群先做些了解。近些年的研究证实：食道内环境pH是小于4.0的，主要分布微生物包括：拟杆菌、孪生球菌（ Gemella ）、巨球型菌（ Megasphaera ）、假单胞菌（ Pseudomonas ）、普雷沃菌（ Prevotella）、罗斯氏菌（ Rothia ）、链球菌和韦荣氏球菌（Veillonella）。胃中的pH较低，平均是2.0左右，微生物浓度为10～1000个/毫升，主要分布的微生物有：链球菌、乳杆菌、普雷沃菌、肠球菌和幽门螺杆菌。
近些年的最新研究表明，胃溃疡的发生有着较复杂的成因。通常认为，大多数人体内都存在幽门螺杆菌，幽门螺杆菌是能在胃的酸性环境中定植和繁殖的细菌之一。它和胃中其他微生物，如白假丝酵母、链球菌等天然地寄居在人体内的微生物同处于一种微妙的平衡状态之中，我们称其为“动态恒稳态”。一旦平衡被打破，就可能引起相关疾病的发生。在人体整个胃肠道的微生态系统处于平衡时，这种细菌不会产生危害。
据目前的科研数据与调查结果显示，幽门螺杆菌的感染导致了约90%的十二指肠溃疡和超过80%的胃溃疡的发生。这进而与胃癌的高发生率有关。消化性溃疡每年影响的患者超过400万人次，并导致患者在一年中平均约有6天不能正常工作。消化性溃疡通常表现为上腹部疼痛和感到反胃、恶心。十二指肠溃疡的发病率比胃溃疡更高，且会有进一步恶化的危险。现在，已有不少新方法来治疗幽门螺杆菌感染。常用的药物治疗是使用3～4种抗生素，但这会使得那些已经感染幽门螺杆菌的患者合并酵母感染。幽门螺杆菌和白假丝酵母之间有一定的协同关系，酵母可帮助幽门螺杆菌对抗抗生素。因此，在使用抗生素治疗的过程中，杀死和去除体内有害菌的同时，也破坏了胃肠道环境并使其更有利于病原微生物的过度繁殖。这时，益生菌可用作药物治疗（特别是抗生素治疗）后的辅助治疗，它的功效在于减轻药物治疗的副作用，但单纯使用益生菌并不能完全治愈胃溃疡 [1] 。
2002年，美国得克萨斯州立大学安德森癌症研究中心使用和评价了一种用于民间传统疗法的开菲尔酸奶。在体外试验中，它被证实能杀死幽门螺杆菌。此开菲尔酸奶含有两种酵母和几种乳杆菌，它们均可对幽门螺杆菌产生抗菌活性。研究者认为，这些酸奶中的微生物分泌了可杀死幽门螺杆菌的可溶性物质或因子，这些物质或因子可能包括发酵过程中产生的一些有机副产物。在某些国家，这类酸奶食品被视作一种既简便又省钱的抑制幽门螺杆菌感染的治疗手段。
2005年3月，一项关于用益生菌（罗伊氏乳杆菌）治疗幽门螺杆菌感染的研究显示，罗伊氏乳杆菌是一种可产生特殊抗菌物质——罗伊氏菌素（reuterin）的新型益生菌。罗伊氏菌素是通过丙三醇代谢产生的。罗伊氏乳杆菌可在胃组织检查中被发现，并显示出很好的活性。此研究中的实验对象为30名年龄介于25～56岁的患者，他们普遍有较严重的消化不良，并且通过医学检查（如内窥镜检测法和组织切片测试等）确诊感染了幽门螺杆菌。研究中使用了奥美拉唑
结合益生菌的治疗方案，即让受试组在每天的早餐和晚餐前服用一定剂量的益生菌和奥美拉唑。结果显示，患者经连续30天的治疗后，其中约有60%的（即18名）患者显示出体内幽门螺杆菌感染症状已经消失。而单独使用奥美拉唑来治疗的对照组，其患者体内幽门螺杆菌感染状况并没有明显好转。此项研究证实了该益生菌可有效地跟幽门螺杆菌进行占位竞争，从而抑制和去除体内的幽门螺杆菌，减轻或消除其对人体可能造成的损害。
人体胃内的环境是强酸性的，平均pH约为2.0，介于1.0～3.0之间。大部分的细菌（无论好坏）都不易在胃中较长时间存活。只有那些经过严格选择且耐酸性能优良的益生菌菌株，才可能经受住胃部酸性环境的考验，在胃内存活并进入小肠，继续它们的“肠内旅行”或在肠内定植。目前各国的科研成果已证实还有其他若干益生菌菌株及其代谢产物可抑制或杀死幽门螺杆菌。例如干酪乳杆菌Shirota、约氏乳杆菌La1（ L.johnsonii La1）、格氏乳杆菌La1 K7（L.gasseri K7）、嗜酸乳杆菌IBB801等等。其中约氏乳杆菌La1对幽门螺杆菌的作用较强，一般接种4小时后，即可使胃中幽门螺杆菌的存活数量下降两个数量级（即100倍）。约氏乳杆菌La1在上述不同菌株中表现出了最强的抑制作用，据推论，它产生的物质是对幽门螺杆菌有强烈抗菌活性的多肽，类似于天然抗生素的效果。某些由专业益生菌厂家生产的用于胃肠道消化的天然酶制剂产品，也可有助于食物在体内的完全降解，维护胃肠道健康。
2014年，一项使用罗伊氏乳杆菌17648（死菌）来显著地减少幽门螺杆菌的研究发现：该罗伊氏乳杆菌摄入人体后，能在胃里与不同幽门螺杆菌菌株（如DSM21031等）相结合，黏合在一起产生“共同聚集（co-aggregation）”现象。进而起到显著减少幽门螺杆菌在胃里的数量的作用。与此同时，共同聚集并没有干涉人体内共生的肠道菌群的其他细菌。此研究揭示了使用罗伊氏乳杆菌17648也许能够避免使用抗生素和对抗在幽门螺杆菌感染时产生的耐药性，并可作为一种食品活性配料或医疗手段去治疗幽门螺杆菌引起的胃部疾病 [2] 。