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既然从远古时代起，人类就有了食用含丰富或一定益生菌（常以某些乳酸菌为主）的发酵食品的经验和习惯，似乎并不需要额外补充益生菌，为什么现代人需要补充益生菌呢？主要原因如下：
（1）现代人的饮食中摄入的益生菌的数量非常少。现代的许多食品及包装并非使用纯天然的原材料，并且食品内添加了防腐剂，“垃圾”食品或快餐食品随处可见，根本无法满足人们对营养与健康食品的日益增长的需求。
（2）当代社会提倡晚婚晚育，大龄女性很多选择剖宫产且常常缺乏足够的母乳（人乳内通常含有益生菌和益生元类物质）。与自然分娩并母乳哺育的婴儿相比，剖宫产且使用配方产品喂养的婴儿，都遭受了先天性的体内健康益生菌群的破坏。
（3）城市的居住环境不够理想，环境污染严重。城市的居民用水往往都经过自来水厂的工业化技术处理，而水经过氯处理后，含氯的饮用水会损害体内益生菌的生长及其功效。
（4）现代人生活紧张、压力增大，益生菌对人体（宿主）的压力状况极为敏感。因为压力增大会改变体内激素平衡，导致体内微生物菌群失调，并伴随体内有益微生物（益生菌）数量的减少。
（5）现代人过多地使用口服类固醇药物和用于哮喘的类固醇药物等，如泼尼松（一种肾上腺皮质激素），这些都会减少人体内益生菌群的数量，影响正常的人体机能。
（6）现代人的饮食结构不够合理。饮食中大量的精细碳水化合物和糖类会促进有害细菌和酵母的生长，且抑制有益细菌的繁殖。膳食中过多的肉类和过少的蔬菜水果会削弱益生菌的活性。植物性食品通常含有较多的益生元，它们是益生菌最喜欢的食物，益生元可显著促进益生菌在体内的繁殖和生长。与西方的饮食结构和习惯相比，亚洲或东方食品其实有不少合理之处，但不幸的是，亚洲国家人们的饮食习惯也日趋西化，而非多样化。
（7）抗生素的普及和滥用带来诸多副作用。抗生素类药物在杀死体内有害菌的同时，也会杀死体内相当数量的益生菌或有益菌群。
（8）频繁使用抗酸和其他减酸药物，会改变人体整个胃肠道的pH，不利于益生菌的生存。
（9）以口服避孕药形式被人体摄入的合成雌激素或某些激素替代物，会明显减少体内有益微生物菌群的数量。
（10）随着经济全球化和市场国际化，现代人到不同地区或世界各国出差、跨国长途旅行变得更加频繁。而各地的环境和饮食中微生物菌群的种类和数量都有所不同，因此，初到异地的人容易出现体内微生物菌群失调和发生体内益生菌群数量减少的情况，这使他们出现腹泻和水土不服等症状。
益生菌的日常摄入和适量或充足的补充已变得更加为公众所熟知，也如同补充维生素和矿物质一样，正变得更加普遍。这对人类健康的改善、体内微生物菌群平衡的调节和机体免疫力提升都极有价值。
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