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最新的研究发现，许多有益的细菌存在于人体的皮肤表面及口腔、胃肠道、呼吸道、泌尿道或女性阴道等各种腔体内。当人体提供了少量的营养和庇护给这些友好的微生物时，它们会给予人类更高的回报——它们能够为人体健康服务，防止白假丝酵母及其他有害菌的入侵。
一般来说，人体内的微生物菌群平衡会以多种方式维护着人体的健康状态。经临床证实的益生菌更是有助于预防和治疗某些源自细菌、病毒、真菌和原生动物的疾病，还包括自动免疫疾病、过敏症和癌症等。维护着人体正常菌群平衡的益生菌可对人体起到去除有害物质、清除体内毒素和净化体内环境等作用。益生菌的主要功效表现在如下几点：
（1）益生菌能提高营养物质（成分）在肠道内的消化吸收。人体肠道内若无平衡的肠道菌群或没有益生菌群，就无法对所摄入的食物进行很好的消化、吸收，以及去除食品中的有害成分。许多益生菌在胃肠道内可产生酶
，这些酶可帮助人体更好地消化所摄入的食品及吸收食品中的营养成分。益生菌还可竞争性地黏附在肠道上皮细胞上并产生屏蔽作用，进而抑制有害微生物通过肠道壁吸收营养物质及进入血液循环系统。
（2）益生菌能制造某些重要的营养物质。肠道菌群能够产生维生素，包括维生素B 1 、维生素B 2 、维生素B 3 、维生素B 5 和维生素B 6 等，从而对营养的优化有重要的贡献。同时，益生菌也能够产生短链脂肪酸、抗氧化剂、氨基酸、维生素K 1 、维生素K 2 等，这些物质对骨骼成长和心脏健康有重要作用。
（3）益生菌能提升人体的免疫系统功能。益生菌能刺激抗体的产生和增加白细胞的活性。益生菌可促进那些用于免疫细胞相互沟通的物质（细胞因子等）的产生，细胞因子则能激活免疫细胞去吞噬病原体等有害微生物 [6] 。
（4）益生菌可抑制和延缓某些癌症的成长。许多动物研究和若干人体临床研究表明，益生菌可抑制毒性化学物质引发的各类恶性肿瘤的生长，如结肠癌和乳腺癌等。
（5）益生菌可以降低感染的发生。肠道菌群产生的某些化学物质可杀死有害的细菌。不少益生菌还有着酸化胃肠道和泌尿生殖道的倾向。当肠道或泌尿生殖道的pH（酸碱度）接近中性时，有利于白假丝酵母和有害细菌的生长。通过降低pH，可抑制有害的细菌、酵母和病毒的生长。益生菌还可以通过与有害细菌竞争空间和资源而使其受到遏制，也可抑制有害细菌对组织的黏附及抑制其产生毒素，从而消除它们。
（6）益生菌帮助预防食品过敏。肠道内的益生菌群可看作肠道防御的一道屏障，它与免疫系统相结合，可共同防止那些不应该进入血液循环的物质被吸收。肠道发炎将导致肠道内壁上极小“孔洞”的形成，这会允许较大的外来食物颗粒进入循环系统，此时人体免疫系统发挥作用以除去这些外来的颗粒。免疫系统对此外来颗粒（过敏原）的反应会表现为食品过敏等症状。有研究显示，某些益生菌能减少肠道炎症的发生及防止食品过敏。
（7）益生菌预防酵母过度生长与感染。白假丝酵母本是人体胃肠道和黏膜的天然寄居者，当人体内菌群平衡和免疫系统功能良好时，这些酵母数量一定，不会过度生长。然而当使用抗生素、合成激素或饮食中精制碳水化合物成分过于丰富时，则会导致体内益生菌数量急剧下降，而白假丝酵母迅速、过度生长，进而出现酵母感染的症状。酵母感染会影响到阴道、尿道、口腔、咽喉、皮肤、窦、趾甲以及哺乳期母亲的乳房等，进而传播到全身。正在进行癌症治疗或患有免疫功能缺陷疾病的人群通常出现免疫系统（或说免疫力）受损害的问题，从而可能导致较严重的全身性的酵母过度生长与酵母感染。当体内益生菌数量较高时，或额外补充相当数量的益生菌，可减少酵母感染的产生。
（8）益生菌预防和治疗腹泻与便秘
。国内外有很多针对儿童和旅行者腹泻的研究。使用特定的或经临床证实的益生菌可有效地治疗和缓解各类腹泻症状。便秘的发生常常与结肠pH有关。益生菌可降低结肠pH使之偏于酸性，从而可缓解便秘。
（9）益生菌预防和治疗肠易激综合征（IBS）、炎症性肠病（IBD）。肠易激综合征又称为结肠痉挛或功能性肠病等，是常见的功能性肠道疾病，表现为腹痛或腹部不适、腹泻、便秘或腹泻便秘交替。炎症性肠病主要指溃疡性结肠炎（ulcerative colitis，UC）、克劳恩病
（Crohn’s disease，CD）和囊炎（pouchitis）。所有这些失调或紊乱都与体内微生态系统的失衡有直接关系，可以采用合适的益生菌来进行预防、调整或治疗。
（10）益生菌预防和治疗口臭、胃溃疡。胃肠道上部的有益菌群和有害菌群的不平衡会导致口臭。慢性胃溃疡和慢性胃炎主要是由幽门螺杆菌（Helicobacter pylori）引起的，当摄入一定剂量的经临床证实的益生菌菌体或代谢产物时，可以保护胃黏膜并可对抗幽门螺杆菌的入侵或去除幽门螺杆菌的危害。
益生菌还有许多有益健康的功效，在此就不一一列举了，后面章节还会有较详细的说明。益生菌虽说可能有许多令人惊奇的功效，但这些不同的功效将高度依赖于“菌株的特定性（或特异性）（strain-specific）”。也就是说，通过大量和长期的临床研究证实了某个特定的益生菌菌株具有某种明确的功能，但并不意味着其他同种益生菌的不同菌株也必有同样或相似的功能。比如，经多年科学研究和临床证实的动物双歧杆菌（又称乳双歧杆菌， Bifidobacterium lactis ）Bb-12或HN019和副干酪乳杆菌LP33有着预防食品过敏和其他过敏症（如湿疹等）的确切功效，但这并不能说明和证实任何其他不同的乳双歧杆菌菌株和副干酪乳杆菌菌株也有着同样的功效。