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当人们赞叹抗生素所带来的奇迹的同时，是否认真考虑过抗生素的过度使用和滥用可能带来的危害呢？
抗生素通过干扰细菌的生命周期或新陈代谢来杀死细菌，有的抗生素干扰细胞壁的生成，有的抗生素模仿某些自然物质来混淆细菌，还有的抗生素会破坏细菌的生化机制。但细菌也非常聪明，它们会适应这些企图扼制它们生长的复杂手段，改变自身的基因和化学物质，从而使抗生素失效。发现青霉素的弗莱明曾警告说，滥用这种神奇新药可能衍生出抗药性问题。诺贝尔生理学或医学奖得主、哈佛大学教授吉尔伯特（Walter Gilbert）曾指出：“总有一天，80%～90%的感染症会对所有现存的抗生素产生抗药性。”世界权威的学术期刊《科学》杂志在1992年8月刊载的评论中提道：“全世界各医院及诊所的医生，在对抗抗药性细菌引发的传染战中节节败退，包括葡萄球菌、肺炎球菌、链球菌、结核菌感染，痢疾及其他难以治疗的疾病。”哥伦比亚大学医学和病理学教授哈罗德·诺伊（Harold Neu）在其名为《抗药性的危机》的文章中也指出，1941年治疗肺炎球菌肺炎需连续4日每日接受4万个单位的青霉素，而今天，有些病人即便接受240万个单位的青霉素仍会死于并发的脑膜炎。美国疾病预防控制中心的米切尔·科恩（Mitchell L.Cohen）在1992年也曾警告说：“如果不成功地保留目前看似有效的抗生素药品，并阻止抗药性生物的传播，后抗生素时代很快就会到来，届时将会看到感染病房里充斥着无药可救的情况。”
越来越多的科研结果和现实案例都证实了抗生素远非“万能”良药，反而可能会给人类健康带来某些副作用或不好的效果。主要有：
（1）抗生素引起酵母过度生长。怀孕的母亲因膀胱感染而服用抗生素后，容易引发阴道酵母感染，因此新生儿容易患鹅口疮（舌上的白色绒状物，也是由白假丝酵母（Candida albicans，原称为白色念珠菌）所引起的，白假丝酵母会繁殖并释放毒素，影响人体各器官和体内系统，包括免疫系统等）。
（2）抗生素的过度使用导致慢性疲劳综合征。1990年美国加州大学卡罗尔·杰索普医生（Carol Jessop，MD）的研究表明，约80%的慢性疲劳综合征（chronic fatigue syndrome，CFS）患者在其儿童、青少年或成人阶段都有重复或过度使用抗生素治疗的经历。
（3）抗生素对免疫力有抑制作用。1982年，美国斯坦福大学医学院的豪瑟（Hauser）和瑞明顿（Remington）医生曾撰文指出：四环素能抑制白细胞（leucocyte）吞噬细菌，延后白细胞移至感染部位的时间；磺胺类抗生素会抑制白细胞的抗菌作用；磺胺甲噁唑-甲氧苄啶（sulfamethoxazole-trimethoprim）则会抑制抗体的生成。及时的抗生素治疗会增加再次感染的概率，而延后抗生素治疗则会使体内的天然免疫力得以发挥，从而使疾病免于复发。
（4）抗生素会造成营养物质的丧失。据研究发现，因腹泻使用抗生素超过一周或更长时间，体内营养成分会流失，肠炎后的消化不良会引起轻微的营养不良和免疫力下降。例如拉肚子一天，粪便重达1千克，会损失约17毫克的锌，而锌这种矿物质（矿物质属于五大类营养物质之一）在抵抗病毒、细菌感染以及控制常规发炎上扮演着重要角色。
（5）抗生素引起食品不耐症和过敏反应。抗生素治疗会破坏肠道内正常的微生态平衡（即正常微生物群与宿主间的动态平衡），从而导致人体内益生菌的数量下降。当肠道内双歧杆菌和乳杆菌的数量太低时，食品不耐现象（例如乳糖不耐症等）会明显增加。抗生素滥用（如过度服用阿司匹林和异布洛芬等制酸剂或消炎镇痛剂）也可能使肠道壁变薄和肠道渗漏性（intestinalpermeability）增加，从而对食物的耐受性变差。这时，不良的饮食习惯如高糖高脂食品或太多的“垃圾食品”，以及太少的膳食纤维和果蔬摄入都会造成食品不耐症。抗生素的配方中可能含有香精、香料、代糖、染料、色素和多种赋形剂等，对环境敏感和有着过敏体质的人来说，某些少量存在于抗生素配方里的合成物质或成分，都可能引起严重的反应，如呕吐、干呕、腹痛、麻疹、过敏性休克等。
简言之，抗生素过度使用的弊端极多。随着更新的和昂贵的抗生素的出现和普遍使用，对广大病患者将带来不小的开销和沉重的负担。