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在解放战争初期，各解放区的司法制度基本上沿用抗日根据地的原则和制度。而随着解放战争的胜利推进和解放区的扩大，司法制度也有一些新的变化和发展。
在此时期，人民法院正式成立。新解放的大城市（如北平市）在军事管制委员会之下专设司法机关接管小组，接管国民党的所有司法机关。同时，司法组织的正规化也稳步推进。原各边区沿袭抗战时期体制的司法机关，开始改组成为人民法院。华北人民政府成立后，根据《华北人民政府组织大纲》和《华北人民政府为统一各行署司法机关名称，恢复各县原有司法组织及审级的规定通令》，形成了大区、行署、县三级人民法院体制。东北地区也在1948年9月以后建立起由东北高级人民法院、各省人民法院和各县人民法院组成的三级司法组织体制。1949年3月18日成立的北平市人民法院，在院长的领导下，设有审判委员会，下设民事组、刑事组、秘书处和区调解工作指导组等机构，并直接领导各区司法科（各区尚未成立正式的法院）的审判工作。
1948年10月，《华北人民政府通令》宣布：禁止肉刑；重证据而不重口供；不得指名问供。
根据《华北人民政府关于确定刑事复核制度的通令》的规定，凡判处死刑的案件，被告声明不上诉或过上诉期限时，县市人民法院要经省或行署人民法院转呈华北人民法院复核，送华北人民政府主席批准，始为确定；县市人民法院判处5年以下有期徒刑、拘役或罚金的案件，如原被告声明不上诉或已过上诉期限者，原判决即为确定；县市人民法院判处5年以上有期徒刑的案件，原被告声明不上诉或过上诉期限时，由原审机关呈送省或行署人民法院复核，若经核准，原判决确定，若认为原判不当，得改判或发还更审；省、行署或直辖市人民法院审判的除死刑外的一切判决，原被告声明不上诉或已过上诉期限，即为确定，但应将判决书每月汇订成册，呈请华北人民法院备查。
华北人民政府在1949年1月13日发布的《为清理已决及未决案犯的训令》中明确规定：“有确实反证证明原判根本错误者，应予平反，宣布无罪开释。”“但如发现新罪行或因原判确系失误很大者，可撤销原判，另行适当判刑。”各地根据这一精神，结合清理积案进行了案件复查工作。