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为了更好地贯彻修改后的1996年《刑事诉讼法》，最高人民法院、最高人民检察院、公安部、国家安全部、司法部、全国人民代表大会常务委员会法制工作委员会制定了关于适用《刑事诉讼法》的解释、规则、规定等。
1998年1月19日，最高人民法院、最高人民检察院、公安部、国家安全部、司法部、全国人民代表大会常务委员会法制工作委员会制定了《关于刑事诉讼法实施中若干问题的规定》。《关于刑事诉讼法实施中若干问题的规定》共计48条，对管辖，立案，回避，律师参加刑事诉讼，证据，取保候审、监视居住，拘留、逮捕，期间和办案期限，侦查终结，移送起诉，开庭审判，二审，死刑复核，赃款赃物等问题进行了解释和明确规定。主要规定有：
（1）明确规定，对于涉税等案件由公安机关管辖，公安机关应当立案侦查，人民检察院不再受理。
（2）细化规定了自诉案件中“被害人有证据证明的轻微刑事案件”的范围。具体是指：故意伤害案（轻伤）；重婚案；遗弃案；妨害通信自由案；非法侵入他人住宅案；生产、销售伪劣商品案件（严重危害社会秩序和国家利益的除外）；侵犯知识产权案件（严重危害社会秩序和国家利益的除外）；属于《刑法》分则第四章、第五章规定的，对被告人可以判处3年有期徒刑以下刑罚的其他轻微刑事案件。这八类案件中，被害人直接向人民法院起诉的，人民法院应当依法受理，对于其中证据不足、可由公安机关受理的，应当移送公安机关立案侦查。被害人向公安机关控告的，公安机关应当受理。
（3）解释了“涉及国家秘密的案件”，是指“案情或者案件性质涉及国家秘密的案件，不能因刑事案件侦查过程中的有关材料和处理意见需保守秘密而作为涉及国家秘密的案件”。
（4）明确了1996年《刑事诉讼法》规定的逮捕条件中的“有证据证明有犯罪事实”是指同时具备下列情形：有证据证明发生了犯罪事实；有证据证明犯罪事实是犯罪嫌疑人实施的；证明犯罪嫌疑人实施犯罪行为的证据已有查证属实的。
（5）明确规定，人民检察院对违反法定程序的庭审活动提出纠正意见，应当由人民检察院在庭审后提出。
（6）高级人民法院核准死刑缓期二年执行的案件，应当作出核准或者不核准的决定，不能加重被告人的刑罚。
最高人民法院于1998年9月2日发布了《关于执行<中华人民共和国刑事诉讼法>若干问题的解释》，对于1996年《刑事诉讼法》有关审判工作的规定作出了相应的解释，为正确适用这些规定提供了保障。主要内容有：（1）首创非法言词证据排除规则。《关于执行<中华人民共和国刑事诉讼法>若干问题的解释》第61条规定：“严禁以非法的方法收集证据。凡经查证确实属于采用刑讯逼供或者威胁、引诱、欺骗等非法的方法取得的证人证言、被害人陈述、被告人供述，不能作为定案的根据。”（2）确定了审判委员会讨论决定案件的范围。包括：①拟判处死刑的；②合议庭成员意见有重大分歧的；③人民检察院抗诉的；④在社会上有重大影响的；⑤其他需要由审判委员会讨论决定的。（3）确立证人询问规则。询问证人应当遵循以下规则：①发问的内容应当与案件的事实相关；②不得以诱导方式提问；③不得威胁证人；④不得损害证人的人格尊严。审判长对于向证人、鉴定人发问的内容与本案无关或者发问的方式不当的，应当制止。对于控辩双方认为对方发问的内容与本案无关或者发问的方式不当并提出异议的，审判长应当判明情况予以支持或者驳回。
最高人民检察院于1999年1月18日颁布了《人民检察院刑事诉讼规则》，《人民检察院刑事诉讼规则》分12章，共计468条。主要规定有：（1）确立检察机关办案的“三级审批制”，即人民检察院办理刑事案件，由检察人员承办，办案部门负责人审核，检察长或者检察委员会决定。（2）确立了检察机关的初查权。侦查部门对举报中心移交举报的线索进行审查后，认为需要初查的，应当报检察长或者检察委员会决定。举报线索的初查由侦查部门进行，但性质不明、难以归口处理的案件线索可以由举报中心进行初查。在举报线索的初查过程中，可以进行询问、查询、勘验、鉴定、调取证据材料等不限制被查对象人身、财产权利的措施。不得对被查对象采取强制措施，不得查封、扣押、冻结被查对象的财产。（3）确立非法言词证据排除规则。《人民检察院刑事诉讼规则》第265条规定：严禁以非法的方法收集证据。以刑讯逼供或者威胁、引诱、欺骗等非法的方法收集的犯罪嫌疑人供述、被害人陈述、证人证言，不能作为指控犯罪的根据。人民检察院审查起诉部门在审查中发现侦查人员以非法方法收集犯罪嫌疑人供述、被害人陈述、证人证言的，应当提出纠正意见，同时应当要求侦查机关另行指派侦查人员重新调查取证，必要时人民检察院也可以自行调查取证。侦查机关未另行指派侦查人员重新调查取证的，可以依法退回侦查机关补充侦查。
此外，公安部于1998年5月14日发布了《公安机关办理刑事案件程序规定》，为公安机关贯彻1996年《刑事诉讼法》提供了操作细则。