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随着1954年《人民法院组织法》和1954年《人民检察院组织法》的颁布，诉讼制度和审判原则初步健全。不仅确立了“人民法院独立进行审判、只服从法律”“一切公民在适用法律上一律平等”等原则，还建立了公开审判、辩护、人民陪审员、合议、回避、审判委员会等制度。除此之外，全国人民代表大会常务委员会通过专门立法确立了拘留和逮捕制度以及免予起诉制度。
1954年12月20日，第一届全国人民代表大会常务委员会第3次会议通过了《中华人民共和国逮捕拘留条例》（以下简称《逮捕拘留条例》）。《逮捕拘留条例》对拘留逮捕的主体、对象以及程序等方面的问题作了明确规定。
（1）逮捕权限的主体。任何公民，非经人民法院决定或者人民检察院批准，不受逮捕。对于公安机关要求逮捕的人犯，必须经由人民检察院批准。换言之，逮捕只能由人民法院决定或者人民检察院批准。
（2）逮捕的适用对象和条件。《逮捕拘留条例》第2条规定：“对反革命分子和其他可能判处死刑、徒刑的人犯，经人民法院决定或者人民检察院批准，应即逮捕。应当逮捕的人犯，如果是有严重疾病的人，或者是正在怀孕、哺乳自己婴儿的妇女，可以改用取保候审或者监视居住的办法。”因此，逮捕适用的对象包括两类：一是反革命分子；二是其他可能判处死刑、徒刑的人犯。当然，如果应当逮捕的人犯，是有严重疾病的人，或者是正在怀孕、哺乳自己婴儿的妇女，可以改用“取保候审”或者“监视居住”的办法。这是中华人民共和国法律中首次出现“取保候审”和“监视居住”两种强制措施。
（3）逮捕的执行机关。对于需要逮捕的人犯，人民法院、人民检察院和公安机关都可以执行逮捕。
（4）逮捕的程序。逮捕人犯的时候，必须持有逮捕证，并且向被逮捕人宣布。逮捕后，除有碍侦查或者无法通知的情形外，逮捕机关应当把逮捕的原因和羁押的处所告知被逮捕人的家属。
（5）拘留的适用情形。根据《逮捕拘留条例》第5条的规定，对于有下列一种情形的，公安机关认为需要侦查的，可以先行拘留：①正在预备犯罪、实行犯罪或者在犯罪后即时被发觉的；②被害人或者在场亲眼看见的人指认他犯罪的；③在身边或者住处发现有犯罪证据的；④企图逃跑或者在逃的；⑤有毁灭、伪造证据或者串供可能的；⑥身份不明或者没有一定住处的。
（6）拘留的期限。《逮捕拘留条例》第7条第1款规定：“公安机关拘留人犯，应当在拘留后的24小时以内，把拘留的事实和理由通知本级人民检察院；人民检察院应当在接到通知后的48小时以内，批准逮捕或者不批准逮捕；人民检察院不批准逮捕的，公安机关应当在接到通知后立即释放。”因此，公安机关拘留的期限是72小时（24+48）。
（7）逮捕拘留后的搜查。根据《逮捕拘留条例》的规定，搜查包括有证搜查和无证搜查两类。无证搜查仅在紧急的情况下进行。搜查时，既可以为了寻找犯罪证物，对人犯的身体、物品、住处或者其他有关的地方进行搜查，也可以对其他相关人员的身体、物品、住处或者其他有关的地方进行搜查。在搜查的时候，应当有邻居或者其他见证人、被搜查人或者他的家属在场。搜查后，应当写出搜查和扣押犯罪证物的记录，并且由邻居或者其他见证人、被搜查人或者他的家属、执行搜查的人员在记录上签名。如果被搜查人或者他的家属在逃，或者拒绝签名，应当在记录上注明。
（8）公民扭送。在下列四种情况下，任何公民都可以将以下人员立即扭送公安机关、人民检察院或者人民法院处理：一是正在实行犯罪或者在犯罪后即时被发觉的；二是通缉在案的；三是越狱逃跑的；四是正在被追捕的。
此外，《逮捕拘留条例》还首次使用了“人犯”的概念。
1954年《逮捕拘留条例》初步确立了中华人民共和国的拘留逮捕制度。拘留和逮捕都是严重侵犯公民人身自由的行为，全国人民代表大会常务委员会制定条例对其进行规范，并将其法律化，体现了中华人民共和国为保障公民人身自由权作出的努力。
免予起诉制度是检察机关对被追诉者不予起诉但定罪的一种制度。该制度并非移植于苏联，而是在中华人民共和国成立初期的镇反运动和其他一系列运动中逐步建立起来的。1956年4月25日，全国人民代表大会常务委员会通过的《关于处理在押日本侵略中国战争中战争犯罪分子的决定》规定：“对于次要的或者悔罪表现较好的日本战争犯罪分子，可以从宽处理，免予起诉。”该制度在法律上得到正式确认。可以免予起诉的对象包括两种：一是次要的日本战争犯罪分子；二是悔罪表现较好的日本战争犯罪分子。1957年7月1日，张鼎丞检察长在第一届全国人民代表大会第4次会议上作的《关于一九五六年以来检察工作情况的报告》指出：“各级人民检察院在对残余反革命开展政治攻势中，执行了对于投案自首分子的宽大政策……对于按其罪行应该追究刑事责任，但系真诚坦白或者有立功表现可以免予刑罚的分子，作出免予起诉的决定……根据21个省、市检察院和专门检察院的统计，在1956年，经检察机关作出免予起诉决定的共18400余人。”因此，在1956年免予起诉就已经相当普遍了。免予起诉的情形包括两种：一是真诚坦白可以免予刑罚处罚的；二是有立功表现可以免予刑罚处罚的。1956年12月28日《人民日报》专门报道了一个检察机关作出免予起诉的案件（见图1-2-4）。
图1-2-4 1956年6月21日第一批免予起诉决定书发到日本战犯的手上
后来，随着适用的日益普遍，免予起诉制度也引起了很大的争议。
1957年12月20日，最高人民检察院梁国斌副检察长在全国省、市、自治区检察长会议上作《关于一九五七年检察工作的情况和一九五八年检察工作的意见》报告，指出：“在审查起诉工作中，对免予起诉的案件必须慎重掌握，除少数有特殊政治意义的案件，为了分化瓦解敌人，可以免予起诉外，一般案件不宜采取免予起诉的办法。”因此，梁国斌副检察长强调免予起诉只适用于少数有特殊政治意义的案件。1958年8月16日，张鼎丞检察长在《关于第四次全国检察工作会议的总结》中再次重申免予起诉只适用于少数有特殊政治意义的案件：免予起诉是我国法律上的创举，是一个分化敌人的策略，实践证明有它的积极作用，不应当取消；但在适用范围上，除少数有特殊政治意义的案件外，一般案件不宜采用。
应当说，在处理日本战犯问题上，免予起诉制度发挥了重要的作用。1956年《各级人民法院刑事案件审判程序总结》（以下简称《总结》）、1963年《中华人民共和国刑事诉讼法草案（初稿）》[以下简称《草案（初稿）》]和1979年《中华人民共和国刑事诉讼法》（以下简称《刑事诉讼法》）都规定了免予起诉制度。但是免予起诉制度有明显的历史局限性，它损害了人民法院的统一定罪权，不利于维护公、检、法三机关分工负责、相互配合、相互制约，不利于维护被告人的辩护权。