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第一届全国人民代表大会第1次会议还通过了中华人民共和国第一部检察院组织法——1954年《人民检察院组织法》。1954年《人民检察院组织法》根据1954年《宪法》的规定，总结历史经验，借鉴苏联立法，对人民检察院的性质、任务、组织体系、领导体制、检察职权等问题予以了明确规定。1954年《人民检察院组织法》包括总则、人民检察院行使职权的程序、人民检察院人员的任免3章，共计22条。主要内容包括：
在1954年《人民检察院组织法》之前的《最高人民检察署试行组织条例》《最高人民检察署暂行组织条例》和《各级地方人民检察署组织通则》中，检察院都称为“检察署”。那么为什么要把“检察署”改名为“检察院”呢？根据王桂五的回忆，将“检察署”改为“检察院”是毛泽东主席的提议：“从1949年开国时制定《中央人民政府组织法》开始，就把检察机关的名称定为‘人民检察署’。1954年起草检察机关组织法时，共写了21稿，其中前20稿仍然沿用‘署’的名称。1954年9月20日夜，中央政治局讨论人民检察署组织法草案时，彭真同志作了说明之后，毛主席说：既然检察工作这样重要，为什么不叫做院呢，可以改为院么！政治局讨论了毛主席的这个意见，一致同意改‘署’为‘院’。9月21日，人民代表大会全体会议一致通过了我国第一部检察机关组织法1954年《人民检察院组织法》。从此，就在中央一级形成了‘三院’体制：国务院、最高人民法院、最高人民检察院；在地方形成了‘一府两院’体制：人民政府、人民法院、人民检察院，一直沿用至今。”
人民检察院的组织体系为三级：最高人民检察院、省级（直辖市、自治区）人民检察院、县（市、区）级人民检察院。其中，省级人民检察院可以根据需要设立分院作为派出机构。此外，还设有专门人民检察院。这与《最高人民检察署暂行组织条例》和《各级地方人民检察署组织通则》的规定是一致的。
1954年《人民检察院组织法》对检察院的职权作了详细的规定：“最高人民检察院对于国务院所属各部门、地方各级国家机关、国家机关工作人员和公民是否遵守法律，行使检察权。”“地方各级人民检察院，依照本法第二章规定的程序行使下列职权：（一）对于地方国家机关的决议、命令和措施是否合法，国家机关工作人员和公民是否遵守法律，实行监督；（二）对于刑事案件进行侦查，提起公诉，支持公诉；（三）对于侦查机关的侦查活动是否合法，实行监督；（四）对于人民法院的审判活动是否合法，实行监督；（五）对于刑事案件判决的执行和劳动改造机关的活动是否合法，实行监督；（六）对于有关国家和人民利益的重要民事案件有权提起诉讼或者参加诉讼。”
从上述规定来看，检察院职权包括：一般监督、提起公诉、侦查监督、审判监督、监所劳改监督及民事检察公诉。
1954年《人民检察院组织法》根据检察院的不同职权，规定了不同的行使程序：
（1）一般监督程序。最高人民检察院和地方各级人民检察院的监督程序有所不同，如果最高人民检察院发现国务院所属各部门和地方各级国家机关的决议、命令和措施违法的时候，有权提出抗议；如果地方各级人民检察院发现本级国家机关的决议、命令和措施违法的时候，则有权要求纠正，如果要求不被接受，应当报告上一级人民检察院向它的上一级机关提出抗议。
（2）侦查公诉程序。人民检察院发现并且确认有犯罪事实的时候，应当提起刑事案件
，依照法律规定的程序进行侦查或者交给公安机关进行侦查；侦查终结后，认为必须对被告人追究刑事责任的时候，应当向人民法院提起公诉。因此，人民检察院提起刑事案件的条件是“确认有犯罪事实”，提起公诉的条件是“认为必须对被告人追究刑事责任”。
（3）侦查监督程序。一是对于一般侦查活动的监督程序，即人民检察院对本级公安机关的侦查活动发现有违法情况可以直接通知公安机关纠正。二是通过审查起诉进行监督的程序，即对于公安机关提起的刑事案件，侦查终结后，认为需要起诉的，必须依照法律的规定移送人民检察院审查，由检察院决定起诉或者不起诉。三是通过批准逮捕进行监督的程序。公安机关侦查案件时，如果需要逮捕公民，必须提请人民检察院批准。当然，对于人民检察院的不批准逮捕决定和不起诉决定，公安机关如认为有错误可以向上一级人民检察院提出意见或者控告。
（4）审判监督程序。一是出席一审法庭的程序，即对于人民检察院提起公诉的案件，由检察长或者由他指定的检察员以国家公诉人的资格出席法庭，支持公诉，并且监督审判活动是否合法。对于不经人民检察院起诉的案件的审判，检察长也可以派员参加并且实行监督。人民法院决定人民检察院必须派员出席法庭的时候，检察长应当出席或者指定检察员出席。二是对一审判决和裁定提起抗议的程序，即地方各级人民检察院对于本级人民法院第一审案件的判决和裁定，认为有错误的时候，有权按照上诉程序提出抗议。三是对生效的判决和裁定提出抗议的程序，即最高人民检察院对各级人民法院已经发生法律效力的判决和裁定，上级人民检察院对下级人民法院已经发生法律效力的判决和裁定，如果发现确有错误，有权按照审判监督程序提出抗议。
（5）执行监督和监所劳改监督程序。人民检察院监督刑事判决的执行，如果发现有违法的情况，应当通知执行机关给予纠正。人民检察院监督劳动改造机关的活动，如果发现其有违法的情况，应当通知主管机关给予纠正。
1954年《人民检察院组织法》再次恢复了《最高人民检察署试行组织条例》中的垂直领导体制。当时的立法者认为，国家已进入有计划的经济建设时期，学习苏联的检察领导体制的时机已经成熟。1954年《人民检察院组织法》第6条和第7条规定：“地方各级人民检察院独立行使职权，不受地方国家机关的干涉。地方各级人民检察院和专门人民检察院在上级人民检察院的领导下，并且一律在最高人民检察院的统一领导下，进行工作。”“最高人民检察院对全国人民代表大会负责并报告工作；在全国人民代表大会闭会期间，对全国人民代表大会常务委员会负责并报告工作。”
需要说明的是，检察院的垂直领导体制是指国家组织系统中的领导关系而说的。在1954年《人民检察院组织法》颁布之前，中共中央的指示指出：“在宪法颁布后，检察机关将实行垂直领导，但是这里所说的垂直领导和双重领导，都是指国家组织系统中的领导关系而说的，决不能把这误解为地方党委对本级检察署的工作可以放弃领导，更不是说，各级检察署的党组和党员，可以不服从本级党委的领导，或者检察署的党组也将实行垂直领导。相反的，今后各级党委对本级检察署党组的领导，不但不能削弱，而且必须加强。检察署的党组和所有党员必须严格服从党委的领导，检察署党组必须加强和改善向党委的请示报告工作，使检察工作除了受上级检察机关的领导外，同时又受本级党委的严密领导和监督。只有这样，各级检察署才有可能做好自己的工作，完成党和国家所给予的庄严任务。”
此外，根据1954年《宪法》和1954年《人民检察院组织法》的规定，最高人民检察院颁布了一系列加强检察业务建设的文件。1954年12月23日发布了《关于各地人民检察院试行一般监督制度的情况和意见》，1956年8月5日发布了《各级人民检察院侦查工作试行程序》，1957年7月31日发布了《关于侦查监督工作程序方面的意见（试行草案）》，1957年9月3日发布了《人民检察院刑事审判监督工作细则（草案）》，1958年5月13日发布了《人民检察院劳改检察工作的任务和办法》。