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第一届全国人民代表大会第1次会议还通过了中华人民共和国第一部人民法院组织法——1954年《人民法院组织法》。1954年《人民法院组织法》由最高人民法院和司法部起草，经中共中央反复研究修改，由第一届全国人民代表大会第1次会议通过。1954年《人民法院组织法》依据1954年《宪法》中人民法院的有关规定，在总结革命根据地时期的人民司法工作经验以及借鉴苏联司法工作成功经验的基础上，对人民法院的性质、任务、组织机构、审判原则和审判制度等作了专门规定，共计3章40条，主要制度包括：
根据1949年《共同纲领》和1951年《人民法院暂行组织条例》的规定，最高人民法院由中央人民政府委员会领导，地方各级人民法院由同级人民政府领导。而根据1954年《宪法》和1954年《人民法院组织法》的规定，最高人民法院和地方各级人民法院分别由全国人民代表大会和地方各级人民代表大会产生，向它负责并报告工作。换言之，人民法院不再是人民政府的下属部门，它与人民政府、人民检察机关一样，都由权力机关即人民代表大会产生，并对其负责。这种体制提高了人民法院在国家机构中的地位。
根据1951年《人民法院暂行组织条例》的规定，全国设有县级人民法院、省级人民法院和最高人民法院三级法院，实行基本的三级两审制。省级人民法院和最高人民法院可以根据需要设分院或分庭。这种审级制度导致大量案件上诉到了最高人民法院或其分院，不利于人民群众进行诉讼，也增加了省级人民法院和最高人民法院的审判量，不利于审判监督，易于形成积案，形成“三不便”
。为此，1954年《人民法院组织法》对人民法院的审级制度进行了调整，改为四级二审终审制度。在全国设立基层人民法院（县、自治县、市、市辖区设置）、中级人民法院（省、自治区内的地区、直辖市内、较大的市、自治州设置）、高级人民法院（省、自治区、直辖市）和最高人民法院四级法院。此外，1954年《人民法院组织法》规定最高人民法院可以监督地方各级人民法院和专门人民法院的审判工作，上级人民法院也可以监督下级人民法院的审判工作。
除确立以上四级基本法院外，1954年《人民法院组织法》第17条还规定：“基层人民法院根据地区、人口和案件情况可以设立若干人民法庭。人民法庭是基层人民法院的组成部分，它的判决和裁定就是基层人民法院的判决和裁定。”这是继承解放区人民司法机关巡回审判的优良传统，并且总结中华人民共和国成立初期巡回法庭的经验而作出的便利群众诉讼的重要规定。
人民法院的任务包括两个方面：一是审判刑事案件和民事案件，惩办一切犯罪分子，解决民事纠纷，以保卫人民民主制度，维护公共秩序，保护公共财产，保护公民的合法权益，保障国家的社会主义建设和社会主义改造事业的顺利进行。二是人民法院用它的全部活动教育公民忠于祖国、自觉地遵守法律。
根据1951年《人民法院暂行组织条例》的规定，全国法院设有三级，名称分别是“县级人民法院”“省级人民法院”和“最高人民法院”。而1954年《人民法院组织法》不仅将三级法院改为四级法院，而且在法院名称上也作了调整，即“县级人民法院”改为“基层人民法院”，“省级人民法院”改为“高级人民法院”，增加“中级人民法院”，“最高人民法院”的名称保持不变。自此，我国省级以下（包括省级）各级人民法院与省级以下（包括省级）各级人民检察院称谓不同的特点形成。比如，江西省省级的法院称为“江西省高级人民法院”，而省级的检察院则称为“江西省人民检察院”，而非“江西省高级人民检察院”。笔者认为，如果称谓体现实质的话，人民法院不应当区分基层、中级、高级，而人民检察院则可以区分基层、中级、高级，也就是说应当对调。这主要是因为，根据1954年《宪法》的规定，人民法院之间是监督与被监督的关系，不存在谁级别高、谁级别低的问题；而人民检察院之间却不同，上下级人民检察院之间是领导关系，是有上下级区别的。