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船山之所以在这一时期特别用心于《庄子》，并连续撰作两部庄学专书，与他此时的特殊遭际和心境有密切关系。据刘毓崧、王之春所撰年谱，顺治十七年（1660），42岁的船山由南岳双髻峰“续梦庵”徙居其于湘西金兰茱萸塘所造之“败叶庐”
，从此结束了九死一生、颠沛流离的苦难生涯，以“六经责我开生面”之志
，寄全部身心于学术之业。船山撰写《庄子通》的康熙十八年（1679），距晚明崇祯、南明永历之亡，分别已有三十五、十八年之久；另一方面，自崇祯十七年（1644）满人入主北京以来，清政权至此亦已经历了顺治、康熙两朝，天下大势日渐趋于稳定。此时的船山虽仍无法接受清朝统治，但对于光复大明实际上早已心灰意冷，不抱希望。而就在此前的康熙十七年，军事上陷入被动的吴三桂却谋划于衡阳称帝，“伪僚有以劝进表属先生者”，船山悲愤而拒曰：“某本亡国遗臣，扶倾无力，抱憾天壤。国破以来，苟且食息，偷活人间，不祥极矣。今汝亦安用此不祥之人为？”
为免患，遂逃之深山，作《祓褉赋》以述怀，其辞有云：
思芳春兮迢遥，谁与娱兮今朝。意不属兮情不生，予踌躇兮倚空山而萧清。阒山中兮无人，蹇谁将兮望春？
从中可见，在四围凶险的情况下，船山内心充满了何等的清寂、孤独和彻骨之悲凉！正如唐鉴《王而农先生全集叙》所言，此时船山“困苦流连，俯仰无赖，悲悯难于庄论，慷慨易于放言”
。
这种处境和心境，于次年所撰的《庄子通·叙》中也有述及：
己未春，避兵楂林山中，麇麚之室也，众籁不喧，枯坐得以自念：念予以不能言之心，行乎不相涉之世，浮沉其侧者五年，弗获已，所以应之者，薄似庄生之术，得无大疚愧？
由这段话可知，对于身陷险难之地、萧清之境的船山来说，庄子之学不再只是一种与他相隔膜的异端思想，而是竟然已经进入其当下生活，甚至成为他不得已而与陌生异己的周遭世界相周旋的特殊方法。这一日常现实与船山作为坚贞儒者的思想立场无疑是相抵牾的，故其扪心自问乃有“得无大疚愧”之慨。而时人对船山以庄生之术应世似亦产生了误解，这让他感到很是无奈：
予之为大瘿、无脤，予之居“才不才之间”，“知我者谓我心忧，不知我者谓我何求”，孰为知我者哉！谓予以庄生之术，祈免于“羿之彀中”，予亦无容自解，而无能见壶子于“天壤”之示也久矣。
为消除误解，同时更为了宣示其内心真实的精神信念，船山在首先申明“予固非庄生之徒也”的前提下，对庄子“祈免于羿之彀中”的保身术提出了批评：“或曰，庄生处七雄之世，是以云然。虽然，为庄生者，犹可不尔。”（《庄子通·叙》）意思是说，常人大多认为庄子生逢战国乱世，故其避患远害之术情有可原，但在船山看来，即使身处乱世，庄子也不应以机巧之术自保。进一步看，在不得不借庄生之术以避祸存身的困境下，船山又对其应世之道给出了自己的解释，所谓“颜渊、蘧伯玉、叶公之行，叔山无趾、哀骀它之貌，凡以通吾心也”，“心苟为求仁之心，又奚不可？”显然，船山这是在提醒误解者：虽然他以庄子之术应世，但其内里却是一颗不同于庄子的“求仁之心”。这也就是说，他在精神上仍然严格恪守着儒者的本位。
除了非常情势下生命体验的相通和应世之道的“薄似”，在学理上船山也并未完全隔断庄子与儒家的联系，而是对其有所肯定。按照他的理解，“凡庄生之说，皆可因以通君子之道”，“因而通之，可以与心理不背”（《庄子通·叙》），甚至庄子的某些思想观念比儒家还要高明可取——例如他在《庄子解·达生》篇中就对庄子的生死观作出了积极评价。此外，王敔《大行府君行述》谈及船山解庄之事亦云“《南华》去其外篇、杂篇诃斥圣门之讹妄，其见道尚在狂简之列”，而船山作《庄子通》之目的则是为了“引漆园之旨于正”
。对于船山这样一个颇有些严苛的儒者来说，能以如此宽容的态度对待庄子之学，实属难得。
那么，船山用来“因以通”庄子之学的所谓“君子之道”，其理论意涵究竟是什么呢？换言之，他要对庄子进行怎样的儒家化的再造呢？欲回答这个问题，需首先明确船山思想的精神特质及其归属定位。在宋明道学诸儒中，船山对陆象山及阳明心学可谓深恶痛绝；与此同时，他对濂溪、程朱虽亦各有所取
，但却奉张载为正学，且尤重《正蒙》，故其自题墓铭中有“希张横渠之正学而力不能企”一语
。另据王敔《行述》载，船山晚年“又谓张子之学切实高明，《正蒙》一书，人莫能读，因详释其义”云云
。基于此，正如陈来先生所指出的，从中国哲学发展的自身脉络看，船山是宋以来道学运动中属于张载一派的思想家，且又与二程、朱子等人有着广泛复杂的关系，所谓“参伍于濂洛关闽”，“归本于横渠濂溪”，而其思想活动的主导方向则是反思和超越明代道学之衍变，“以重建儒学的正统”
。
这种思想旨趣贯彻在船山处理《庄子》的态度和方法中，就是他希图以道学化尤其是张载的某些思想观念对庄子之学进行精神再造。从《庄子通》和《庄子解》总体的诠释特点来看，其直接的理论后果是，如果说在前书中船山主要是从道学或儒家的基本观念出发，对庄子思想之要义直陈己见、自由发挥，那么，后书则有意识地会通庄子与横渠，或者说向“横渠之正学”靠拢。可为辅证者，《张子正蒙注》是船山晚年于《庄子解》之后最重要的哲学著作，该书作于67岁、修订于72岁，“综合和熔铸”了“他自中年以来通过各种著述所表达的思想”，故可视为船山晚年“归宗返本的自觉选择”和“学术思想上的自我定位”。而正是在这部代表其“学术宗旨和归宿”的著作中
，我们不仅可以找到不少与此前《庄子解》中的“浑天”“气”“神”等极为相似的理论范畴，还可以发现多处与《庄子解》中的思想观念相合相通的文本表述，无论在本体论还是人生哲学等方面。
后世学者对船山的两部庄学专书评价颇高。例如，钱穆先生说，“船山精研老庄”并“动中窥要”，“深得其趣”，“所谓观化而渐得其原者，途辙有似于庄生”
。梁漱溟先生亦曾称赞道，“《庄子解》甚好”，该书“具有卓识高见，非其他注解可及”
。侯外庐先生则认为，船山虽“尽其能事”地痛斥“二氏”，“但他所著的《老子衍》《庄子解》《庄子通》《相宗络索》，绝少如宋明儒者以异端来否定一切，而是虚心的研究，并且所研究者多出卓见。……在知识上丰富了自己”
。在讨论船山对《庄子》“因而通之”的问题时，侯氏还特意将其《庄子通·逍遥游》篇和《周易外传》中的几段话提拎出来进行细致的比较分析，以证明他尤其对庄子思想多有吸收。
这些前辈学者在高度评价船山的庄学研究所取得的理论成就之同时，还特别指出了《庄子》文本及其思想经由船山深入系统的“通”和“解”，反过来对他所产生的深刻影响，这是很值得我们注意的。
在笔者看来，船山的“通”和“解”，并不只是儒家思想对庄子之学的强势征服和简单改造，儒家的“君子之道”之于《庄子》文本，也不只是诠释理据、诠释旨归与诠释对象的单向度关系，而是在关乎大旨的某些重要问题上表现为双向互参、相互进入的深层关系。有学者认为，船山《老子衍·自序》所说的“入其垒，袭其辎，暴其恃，而见其瑕”，乃是他“对待异端的大纲，也是他注解《庄子》的准绳”
。这种看法是不准确的。事实上，虽然船山在其非庄学专书中屡屡混称“老庄”或“庄老”，且一并指斥二者为异端
，但他注释《老子》和《庄子》的动机和方法却大不相同。笔者曾有专文指出，如果说船山对《庄子》的注解是建构性的——建构一个儒家化的庄子思想体系，那么，其对《老子》的注解则是摧破性的——摧破邪诐不经的老子之学。
因此，我们不应将“入其垒……而见其瑕”同样视作他“注解《庄子》的准绳”。