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在战胜希腊罗马多神教的同时，拜占廷帝国基督教的发展还有赖于基督教会的自我完善。首先是正统教义的不断演进。基督教自形成以来，在和犹太教与希腊哲学接触和融合的过程中，逐渐地形成了一套较为完整的神学体系。现今基督教各主要流派公认的如三位一体等基本神学理论是通过七次基督教大公会议发展而来的，即325年的尼西亚第一次大公会议、381年的君士坦丁堡第二次大公会议、431年的以弗所第三次大公会议、451年的卡尔西顿第四次大公会议、553年的君士坦丁堡第五次大公会议、680年的君士坦丁堡第六次大公会议和787年的尼西亚第七次大公会议。在这七次会议之后，拜占廷帝国的东正教神学思想体系没有再发生重大改变。
这七次会议中，4—5世纪的前四次会议对基督教基本理论和正统教义的确立具有至关重要的意义。其中4世纪的两次大公会议主要是针对基督教“三位一体”神学理论展开的。
在4世纪初期，围绕“三位一体”中圣父与圣子的关系问题，基督教会中的神学家们出现了不同的见解。其中以安条克基督教神学家卢西安（Lucian）之徒，亚历山大里亚的教士阿里乌（Arius，约250—336年）与亚历山大里亚主教亚历山大及其助手阿塔纳修斯之间的争论最为激烈。阿里乌的主要神学观点为“基督并非真神……我们承认唯一的神，在时间开始之前，生下了他的独子……子是神完美的创造……在万有产生之前，他是由神的意旨所创造，他从圣父那里得以存在”
。他的主张是圣子由圣父所造，因此从属于圣父，不是神，更不与圣父同性，这一思想的核心就是要坚持圣父的至尊地位和严格的一神教神学。
但是，阿里乌的这一理论实际上否定了圣子的神圣性，让其失去了在上帝和人类之间联系的功用，从而也就动摇了基督教救赎理论的基础
。因此，阿里乌的思想遭到了坚持圣父圣子同性的亚历山大和阿塔纳修斯的强烈反对，双方展开了激烈的论战。后者在其名著《斥阿里乌派书》中旗帜鲜明地斥责了阿里乌的理论：
他（阿里乌）胆敢声称圣子并非是神，尽管他被叫作神……圣子是一个受造者，他在本质上和神不同，也不是圣父真正的道和智慧，而是被造物之一……他说圣子与神和圣灵完全不同。这些就是他的谎言。
阿里乌则在好友尼科米底亚主教尤西比乌斯的支持下予以还击。帝国东部教会一时大乱。这种混乱和分裂的倾向，是君士坦丁大帝不愿看到的。在调解无效的情况下，325年5月，君士坦丁在尼西亚召开了基督教会历史上的第一次大公会议。在这次会议上，两派主教进行了激烈的辩论，最后在皇帝的支持下，会议通过了支持亚历山大和阿塔纳修斯的《尼西亚信经》。
我们相信独一的神，全能的圣父，所有有形与无形万物的创造者；我们相信独一的主耶稣基督，神之独子，由圣父受生。由光而来之光，由真神而来之真神，受生而非被造，与父本体相同。天上地下万物凭借他被造。他为世人和拯救我等从天降临，道成肉身成为一个人。被害后第三日复活，升天。将来会回来审判活人与死人。我们相信圣灵。如有人胆敢妄言圣子曾经，或在受生前不与父同体同质，或言其只是被造物，普世的和使徒的教会将谴责他。
尼西亚会议初步确定了圣父、圣子和圣灵三位一体教义的雏形，并将阿里乌主义斥为异端。但是，阿里乌主义依然具有很大的影响力，甚至连君士坦丁大帝后来也赦免了阿里乌，并在临终前由阿里乌派教士施行洗礼。与此同时，尼西亚会议虽然也提到了相信圣灵，但是并没有详细界定圣灵在“三位一体”中的具体地位和作用。因此，在尼西亚会议之后的几十年中，基督教会内部围绕着圣子神人两性关系和圣灵地位等问题依然存在很多争论，埃瓦格里乌斯在作品最开始提到的，主张圣子与圣父完全不同，是被造物的优诺米派和主张圣子和圣父相似的马其顿尼派就是在这些争论中产生的阿里乌教派的变体
。围绕这些争端，381年在塞奥多西一世的召集下，拜占廷基督教会迎来了第二次君士坦丁堡大公会议，并在会议上通过了《尼西亚—君士坦丁堡信经》。
我们相信独一的神，全能的圣父，所有有形与无形万物的创造者；我们相信独一的主耶稣基督，神之独子，由圣父受生。由光而来之光，由真神而来之真神，受生而非被造，与父本体相同。天上地下万物凭借他被造。他为世人和拯救我等从天降临，借由圣灵，从童贞女玛利亚道成肉身成为一个人。因为我们，他被本丢·彼拉多钉在十字架上，被害且埋葬。根据《圣经》所言，第三日复活，升天，坐在父的右边。将来会再从荣耀中降临，回来审判活人与死人。主的国无穷无尽。我们相信圣灵，它是主并赐予生命，由父而来，与圣父圣子同受尊崇与荣耀，通过先知给我们教诲。我们相信唯一圣洁、普世和使徒的教会，我们承认赦罪之独一的洗礼，我们盼望死者复活和永恒的生命。阿门。
通过对比两段信经，我们能够发现《尼西亚—君士坦丁堡信经》继承了《尼西亚信经》的精神，同时在神学领域也有重要的发展。除了进一步强调圣父与圣子同体同质的关系外，《尼西亚—君士坦丁堡信经》增加了有关圣灵的内容，明确提出圣灵与圣父和圣子同等的地位，以及其在耶稣基督道成肉身过程中的作用。该信经的出现标志着基督教会三位一体正统教义的最终确立。在之后的岁月中，尽管基督教会内部多次出现其他宗教争端，但是该信经得到了绝大多数派别的认同。
例如，按照埃瓦格里乌斯的记载，在5—6世纪，面对一性论宗教争端，拜占廷的皇帝们多次试图利用这一信经作为冲突双方都能接受的教义进行调停。例如泽诺皇帝在试图调解卡尔西顿派与基督一性论派冲突，颁布《联合诏令》时就明确提出了这一理念：
朕深知我国之起源及构成，力量和不可抵御之保护者是独一正确及真实之信仰。这一信仰是318名圣洁的教父在上帝的指引下于尼西亚所提出，同时被150名同样圣洁的教父在君士坦丁堡所确认……朕和各地的教会过去、现在和将来都不会持有不同的教义，也不会对信仰有不同的教导和解释，唯一正确的信仰是上文提及的由318名教父提出并由150名教父批准的神圣信经。如果有人胆敢持有不同的观点，朕将视其为异端。
君士坦丁堡大公会议之后，基督教教义进入了一段相对稳定的时期。然而，5世纪之后，基督教会内部又围绕着耶稣基督的神人两性关系，即基督论的问题爆发了两次激烈的新论战，即聂斯托利争论和基督一性论争论。
公元428年，来自安条克的教士聂斯托利成为君士坦丁堡教区的主教。他随即提出自己的神学观点，认为基督的神性与人性分离，分别构成两个位格，其人性是由玛利亚所生，而神性是来自上帝，玛利亚是“人母”而非“神母”。基督的人格独立于神格之外
。埃瓦格里乌斯在作品中归纳了他的主要论点：
聂斯托利通过区分和割裂基督的神性和人性使得基督再一次被出卖。聂斯托利拒绝承认“上帝之母”这个已被圣灵所缔造并被众多选举出来的教父所公认的概念。他重新伪造了“基督之母”这一概念，从而将教会带入了无穷的争斗之中，使其内部血流成河……他赞成“所有人都不要称玛利亚为上帝之母（Theotokos）。因为她是个凡人，上帝是不可能为一个凡人所生的”这一观点，甚至提出更为亵渎的理论，“那个变为两个月或三个月大的东西，我不会称其为神！”
聂斯托利的这一观点过于强调耶稣基督的人性，因此实际上导致其神人两性产生了对立，从而使圣子分裂为神人两个分裂的位格，而非正统教义承认的一个位格。这一理论遭到了以亚历山大里亚主教西里尔为代表的许多教会人士的强烈反对。西里尔针锋相对地提出“神，逻各斯，并不是临到一个人身上，而是真的变成一个人，同时又仍然是神”
这一基督神人两性本质合一为同一个位格的神学理论。在431年的以弗所基督教大公会议上，西里尔在罗马和亚历山大里亚教会的支持下取得胜利，聂斯托利的观点被斥为异端，本人也被皇帝罢免后放逐
。
然而，关于基督论的争端并没有就此平息。在取得了对聂斯托利斗争的胜利后，亚历山大里亚教会逐渐发展了西里尔的神学思想。但是，这种神学思想的革新走向了另一个极端，即由过度强调基督的两性分裂走向过度强调其两性的合一，尤其是神性对人性的融合。这种教义革新在神学理念上源于亚历山大里亚教会和安条克教会不同的基督论神学传统，前者一直比较倾向于基督人性的最终神格化，而后者则坚持基督人性的保持
。西里尔的继任者狄奥斯库鲁（Dioscorus，444—451年在位）就明确表示反对基督有“两性”的说法。他公开宣称，正确的信仰是亚历山大里亚教会的基督只有神性一性的教义。他甚至认为，西里尔在以弗所宗教会议之后其实是与聂斯托利异端联合了
。这实际上就产生了“基督一性论”思想的雏形，即认为基督道成肉身之后人性为神性所融合，故基督只有神性一性而非神人两性。在此之后，四十年代中期亚历山大里亚教会在君士坦丁堡的代理人，修道士尤提克斯正式将这一思想系统阐述成型。他主张“我主在最初确有神人两性，但是最终这两性合而为一，因此我认为我主只有一性。主的肉身也不与我等同质”。
这一观点立即得到狄奥斯库鲁及亚历山大里亚教会的支持，标志着基督一性论理论的最终产生。
基督一性论教义提出的基督人性为神性所融合的理论在教义上产生最大的影响是通过排除基督的人性，使得基督不再与人类有同质之处。如果基督不能具有人性，那么他在十字架上之死就无法体现为人的赎罪，因此也就直接影响了基督教救赎的理论。该思想不出意料地在教会内部引发了动荡，但是基督一性论造成争论的激烈程度远胜于之前阿里乌和聂斯托利教义之争。君士坦丁堡和罗马教会联合起来反对这一神学观点。448年，尤提克斯的思想被斥为异端，本人也被放逐，但一年之后，在皇帝塞奥多西二世的支持下，基督一性论在第二次以弗所基督教会议上被定为正统教义，反对者君士坦丁堡主教弗拉维安（Flavian，446—449年在位）被罢免，随即被迫害致死
。这一决定引发了罗马和君士坦丁堡等教区的不满，基督教会内部出现了严重的分裂。
为此，马西安皇帝于451年在卡尔西顿召开了第四次基督教大公会议，会议经过了五个阶段的激烈讨论后，最终在皇帝的支持下通过了支持罗马主教利奥一世（Leo I，440—461年在位）的《卡尔西顿信经》。埃瓦格里乌斯的记载是现存记录这次会议最为详细的史料之一。
一些人愚蠢地提出了让人困惑和混淆的新观点，他们将基督的人性和神性混为一谈，他们提出一个怪异的理论，那就是独生的圣子只有神性是能感知俗世的……为此现在召开的神圣伟大的大公会议希望能够消灭他们的异端，保卫之前确立的不可动摇的信仰……我们承认这独一的，同一个的圣子，我主耶稣基督，并且我们全体一致地阐明他具有完全的神性和完全的人性，他是真正的神，也是真正的人，他是理性的同时也是肉体的生命，就神性而言，他与圣父本质相同，就人性而言，他与我们本质相同，除了他没有罪以外，在其他各个方面都与我们完全一致
。按照神性而言，他是在万世之先，为圣父所生，按照人性而言，他是在末世时由上帝之母童贞女玛利亚所生；这独一的，同一个的耶稣基督、圣子、我主和独生子，他处于不可混淆，不可改变，不可分割以及不可离散的两性之中，因为不同的两性绝不因为联合而失去区别，相反每一性质都保持其特点并且存在于同一个人和位格之中；他不可以割裂为两个位格，而是独一的同一个圣子、独生子、神圣的逻各斯、我主耶稣基督。
卡尔西顿大公会议和《卡尔西顿信经》给拜占廷帝国带来了深远的影响，随后引发了将近两个世纪之久的基督一性论争端和广泛的社会冲突。这一点笔者将在后面另辟章节专门加以探讨。但是，就基督教教义的发展来看，这次会议无疑具有非常积极的意义，它在某种程度上是现今基督教各主要派别承认的正统教义的雏形。如前文所述，在4世纪末，三位一体教义的争论已经尘埃落定，但是《尼西亚—君士坦丁堡信经》还是为以基督为中心的神学问题留下了巨大的争论空间，并为未来新的争端埋下了伏笔。《信经》中提到了基督是“由真神而来之真神”，但又称其“成为一个人，并因为我们被害且埋葬”。那么，基督徒到底应该如何理解基督神性与人性这两个性质之间的关系？不解决这一疑惑，以基督为核心的救赎理论就会受到质疑，从而会动摇和破坏基督教的基础，因此这一疑问是基督教神学家们不可避免的问题。但是，出身于不同背景的神学家们对同一神学问题往往会给出截然不同的论断。5世纪产生的两次基督论争端实际上并非空中楼阁，而是对4世纪悬而未决神学问题讨论的延续，是三位一体教义争论的发展。正如埃瓦格里乌斯所言：
基督徒中那些已经提出异端教义的人，没有谁起初就是想要亵渎神灵或者对上帝不敬的。他们之所以犯错误是因为他们试图比前辈更好地阐述他们所拥护的教义。
因此，从这一角度来看，上文出现的这些教义争论实则也是基督教自身发展的表现和必然结果。这些教义之争并不是教会神学家咬文嚼字的文字游戏，而是基督教神学发展和形成独立体系的过程
。在这一过程中，基督教不但完成了由一神论取代多神论的任务，同时通过提出三位一体这一基本信条，以及利用“圣子基督”为神人之间建立了联系，从而形成了一套独特的救赎理论，进而在犹太教和希腊哲学的影响中完善了自己的教义体系。
但是，频繁的教义冲突毕竟不利于基督教会和国家的稳定与统一，所以从4世纪开始，国家和教会就一直试图制定能够让绝大多数人接受的信仰规范。从教义的发展来看，得到拜占廷国家和教会多数人士承认的正统信仰表现出传统性和中间性的特点。一些对教义过于极端的革新最后都难免沦为异端。4世纪的阿里乌和5世纪的聂斯托利异端都是失败地发展教义的尝试。在基督一性论理论出现后，面对其与聂斯托利派之间“一性”和“两性”的激烈争论，拜占廷统治者和大多数主教在卡尔西顿会议上依然选择的是一条中间路线。它既承认了耶稣基督具有两性，同时又极力强调这两性是不可“混淆、改变、分割和离散”地统一在一个位格之中，既肯定了耶稣基督具有和圣父本质相同的神性，也认定其具有与人类本质相同的人性。因此，尽管这一教义遭到了以亚历山大里亚为代表的众多东部教区的反对，但是它还是为帝国内大部分的基督徒所接受，并得到了之后诸次大公会议的肯定。《卡尔西顿信经》在纷争之中制定了教义的规范。因此从这一角度来看，这次会议不愧是基督教发展史上的一座重要里程碑。
这样，经过4世纪和5世纪关于三位一体和基督论的两次重大神学争论，拜占廷帝国的基督教教义得到了重大发展。清晰统一的教义理论也有助于更多人接受基督教信仰，从而使帝国在基督教化的进程中又向前迈出了重要的一步。
拜占廷帝国早期，除了正统教义得到发展之外，基督教会在组织结构上也逐渐完善。众所周知，在基督教从犹太人的群体中脱颖而出，向西进入罗马帝国腹地传教之时，基督教会内并没有明确的教职制度。然而，随着信徒的增加和传教等工作的需要，从2世纪初期开始，在一些基督教文献中开始出现了“长老”“监督”和“执事”等头衔名称。关于这些头衔的具体职能，现代学者尚存一些争议，但有一些学者根据当时的书信判断，在某些地区已经出现了由一位监督和多位长老与执事组成的神职班子，负责管理当地的教会事务。到2世纪中叶，出于管理的便利，一些教区开始出现独掌大权的主教，到60年代后，主教已经变得十分普遍了
。至公元3世纪时，主教已经成为教会中不可或缺的角色，以至于当时的教父西普里安提出，“教会的合一在于主教制……主教在教会里，教会也在主教里。因此谁不与主教在一起，他就不在教会里了”
。
与此同时，主教下属的一些神职也逐渐系统地确立起来，并最终形成了一个独特的阶层。尤西比乌斯就在《教会史》中记载到，在公元251年，罗马主教科尔尼里乌斯（Cornelius）在写给安条克主教的一封信中提及，自己属下有“46名长老（presbyter，也有译本作神甫priest）、7名执事（deacon）、7名副执事、42名襄礼员（acolyte，只存于西部地区教会）以及52名驱魔人（ecorxist）、诵经员（reader）和看门人（janitor）”
。这些职位在之后的教会史家，如埃瓦格里乌斯的作品中也多有涉及，如“此人被任命为亚历山大里亚教会的长老”（第2卷第8节）、“这项任务被交给第一副执事奥勒良”（第3卷第34节）等等。在今日的天主教和东正教会中，还保留了很多当时的神职名称。
然而，与各地方教区内部结构日益完善相比，基督教会的诸教区在3世纪时尚未形成比较清晰的组织关系。在此时期，教会内主教们的教区虽然大小有别，贫富不一，但是从地位来看基本上保持平等。尽管罗马主教因为管理着“使徒彼得的教区”而广受尊重，但是并未取得凌驾于其他主教之上的权力。正如强调主教重要地位的西普里安所言：
教会的合一并不包括臣服于一位“众主教的主教”，而是在于所有主教之间的共同信心、爱心与交通。
然而，随着313年后基督教取得合法地位，加之皇帝对基督教会给予越来越多的优待，许多民众选择了皈依基督教。教徒人数的大量增长开始对教会的管理提出了更高的要求。同时，国家与基督教会之间的联系也比先前更为紧密，为了保证基督教作为帝国精神统治工具的作用，拜占廷统治者也需要一个组织严密、层级分明的教会，以利于控制。在这些需求下，罗马、亚历山大里亚和安条克等教区的主教因为驻节在帝国的大都市内，因此在政治、经济和文化等各个方面都在教会中具有得天独厚的优势。这些主教同样希望能够在教会中拥有更多的权力。随着历史的发展，像先前那样由所在教区主教全权管理本区事务，教区之间互不统属的体制已经很难维系，更为复杂的组织结构的出台势在必行。
这种趋势在325年的第一次尼西亚大公会议上已经有所体现，会议通过的第4条教规针对省区内主教任命的问题做出了明确规定。“一个主教必须由同省区的其他主教选举产生……但是，每一项任命都必须交由省城批准通过。”
这一规定实际上给予了省城主教在人事方面的特权。随后，341年召开的安条克宗教会议则在第9条教规中决定“各省的主教必须承认驻节在省城主教的权力，后者应主持全省教会的事务……无论何处他都应名列该省主教之首，其余主教不得超越其而行事”
。显而易见，这项教规比尼西亚会议的决议更进一步，它使得各省城主教不仅在人事方面，同时在各个领域都拥有高于该省其他教区主教的特权，这些驻节在省城的主教被称为“都主教”（archbishop，西部称为metropolitan），以和普通主教相区别，原先主教之间平等的关系就这样逐渐被打破了。
与此同时，在都主教之上，拜占廷基督教会内还逐渐出现了权力更大的宗主教（patriarch，或称牧首、大教长，罗马主教称pope）。然而，这一职位产生的过程不像都主教那样清楚，现代学者对此尚有一些争论。一般认为，罗马、亚历山大里亚和安条克教会获得这一地位主要是凭借其使徒教区的身份和罗马时代作为基督教中心的传统。这三大教区在拜占廷帝国建立后地位不断上升，至4世纪末时已经获得了高于一般都主教的地位。君士坦丁堡教区则完全是因为帝国首都的身份才获得如此尊荣
。公元381年的第2次基督教大公会议通过的第3条教规宣布：“君士坦丁堡主教的地位仅次于罗马主教，因为君士坦丁堡就是新罗马。”
这一教规使得君士坦丁堡主教获得了和上述三个使徒教区主教同等的地位。耶路撒冷教区在451年的卡尔西顿大公会议上也获得了这一身份。按照埃瓦格里乌斯的记载，耶路撒冷主教朱维诺还和安条克主教马克西姆斯（Maximus）在会议结束后额外举行了谈判，并从安条克教区那里获得了巴勒斯坦和阿拉伯地区的控制权
。至此，拜占廷帝国的五大宗主教区正式形成。五位宗主教在帝国的绝大部分地区划分了自己的势力范围。帝国的西部地区的教会归罗马教区统辖，首都君士坦丁堡教区对希腊部分地区、色雷斯、黑海地区和小亚细亚大部拥有管辖权，亚历山大里亚主教则是埃及和附近利比亚部分地区的宗教领袖，安条克和耶路撒冷教区分别享有叙利亚和巴勒斯坦以及阿拉伯地区教会的领导权
。
在5世纪，尤其是卡尔西顿大公会议之后，拜占廷教会已经逐渐形成了以五大宗主教为核心的、一套比较成型的组织体系。五大宗主教对各自属下教区的诸多方面进行统辖，皇帝则通过对宗主教和其他一些重要教职人员的管理达到控制基督教会的目的。大致看来，宗主教和都主教对下属教会拥有以下三类管理权。
首先，他们享有对下级教会的人事任免权。按照先前的教规规定，任命省内教区主教由本省区其他主教推举，但需经省城的都主教批准后方能通过。这一传统被延续下来并得到完善。一般而言，宗主教都拥有一套自己的咨询机构，主要由其下属都主教和其他一些重要神职人员组成。比较重要的人事问题，如都主教的任命往往由该机构向宗主教提出候选名单，再由后者最终任命。各都主教区也有类似的机构，其确定下属主教的方式与此大体相同
。
特别需要注意的是，在一些情况下，宗主教可以越过咨询机构，自行任免下级主教。例如埃瓦格里乌斯记载，451年卡尔西顿大公会议之后，一性论派的耶路撒冷主教塞奥多西就“自己任命了许多巴勒斯坦地区城市的主教”以替换那些支持卡尔西顿派的主教，其中就包括了著名的一性论派教士彼得（Peter the Iberian），而卡尔西顿派的朱维诺在回到耶路撒冷主教的位置上后，又立即奏请皇帝免除这些主教的职务，转而任命卡尔西顿派的主教
。5世纪晚期，亚历山大里亚主教提摩太（Timothy）不但给一名叫作保罗的教士授以以弗所主教的职位，甚至还给予以弗所主教高于一般都主教的地位
，这些都体现了上级主教对下级主教和教区的人事管辖权力。
除此之外，宗主教和都主教还拥有召开地方宗教会议和处理本教区内教义纠纷的权力。尼西亚第一次大公会议的第5条教规要求，各省教区每年必须举行两次全体会议，一次在大斋节前，一次在秋季到来之前，以商议本省教区内教义和人事等问题
。这一教规后来作为传统延续下来，各都主教和宗主教也相应地获得了本教区内宗教会议的领导权。在埃瓦格里乌斯的作品中出现过关于这类会议的记载。其中比较典型的一例就是448年在君士坦丁堡召开的该教区宗教会议。从中我们可以看到此类会议的一些粗略流程。会议由君士坦丁堡宗主教弗拉维安召开后，首先由宗主教下属主教提出本教区内一些值得讨论的宗教问题。这次会议上一名叫作尤西比乌斯的主教对尤提克斯的基督一性论理论提出控诉，随即与控诉人尤提克斯和其反对者进行了辩论。最终在讨论后，由弗拉维安将尤提克斯的理论裁定为异端并将其罢免
。这表明，上级主教不但能够召开会议，并可在会议上对本教区内的教义和人事问题进行裁处。
最后，从史料中，我们还可以发现，宗主教还拥有处置本教区经济财政事务的权力。例如，在查士丁尼统治时期，一名叫作托马斯的叙利亚修道士来到安条克城为他的修道院领取年金。这份钱已经由教会划拨下来了，但是安条克教会负责此事的管事阿纳斯塔修斯拒绝支付，并殴打了托马斯。最终托马斯没能拿到这笔钱，还病死于回程的路上
。埃瓦格里乌斯写作该节的本意是为托马斯撰写圣徒传记，着重描写其死后尸体展现的一些奇迹和安条克民众对此的崇敬，然而这段记录透露了一些教会经济问题。关于早期基督教会的经济状况，现今发现的材料并不十分详细。关于教会内部财富分配问题的史料更是凤毛麟角，现代学者大多依靠一些零散的史料进行一些合理的推测。一般认为，教会内的高级神职人员，如主教、神甫和执事等都由国家发放生活费用，具体数目按教区大小不一，而罗马和君士坦丁堡的低级神职人员也能得到国家的补贴
。埃瓦格里乌斯所记载的内容与上述分配不同，是宗主教将本教区收入中的一部分按期拨付给下级宗教组织。除此之外，埃瓦格里乌斯还在作品中提到了几处宗主教使用教会财产的情况。如：
查士丁二世批评安条克主教阿纳斯塔修斯滥用教会财产的时候，后者公开回答这是为了避免让害人的查士丁挪用。
安条克主教格里高利经常慷慨地捐献金钱，在所有场合都表现得极为大方。
作为安条克宗主教长期的随从，埃瓦格里乌斯的这些记载应该是亲身经历的实录。以弗所主教约翰也在作品中批评格里高利主教用教会的财产满足公共享乐，甚至还用于行贿，通过“准备大量的金银和无数贵重的服饰作为礼物”以逃脱对其的指控
。这也从侧面表明，宗主教拥有处置教会的某些财产并决定其如何使用的权力。
正是因为拜占廷教会内部出现了层级分明的等级制度，因此随着主教间平等关系的打破，上下级主教之间表现出明显的隶属和主从关系。如在一些重要的宗教会议上，同一教区的下级主教往往全力支持其上级主教参与争论。在卡尔西顿大公会议上，当狄奥斯库鲁的思想被定为异端，本人被罢免后，17名下属主教中依然有13人泣求皇帝收回成命，不要强迫他们改变信仰
。
在下级主教与上级主教发生矛盾时，很多情况下，下级主教会选择委曲求全。在5世纪末期，君士坦丁堡主教阿卡西乌和下属小亚细亚地区的主教为是否支持皇帝瓦西里斯库的一性论宗教通谕产生了异议，争论的最终结果就是“小亚细亚地区的主教们恳请并哀求前者的原谅，他们写信悔悟，在信中他们表示自己是在被迫而绝非自愿的情况下签署的瓦西里斯库通谕。”
即使在矛盾变得不可调和时，下级主教也会尽量避免与上级主教发生直接冲突。埃瓦格里乌斯就记载了阿纳斯塔修斯统治时期安条克主教塞维鲁和下属主教之间的一件趣事。当时埃瓦格里乌斯家乡的埃比法尼亚主教科斯马斯和附近的一些主教反对塞维鲁的基督一性论信仰，联合撰写了一封不承认塞维鲁地位的信，但是却没人敢将信交给后者。最后“他们将传递这份文件的任务交给埃比法尼亚的第一副执事奥勒良。但是他畏惧塞维鲁宗主教的高贵身份，因此在到达安条克城之后穿上了妇女的衣服来拜见塞维鲁。他让蒙在脸上的纱巾垂到胸前，嚎啕大哭并忸怩作态，在伪装掩护下将这封信递交给他。之后趁人不备离开了人群，并且在塞维鲁看到信的内容之前安全地逃跑了”
。这种下级教士对宗主教地位的畏惧由此可见一斑。
但是需要注意的是，该时期形成的教会内组织结构也有弱点。例如，教会内部没有明确的机制解决宗主教区与宗主教区之间的矛盾，才会出现448年君士坦丁堡教区会议反对亚历山大里亚教区支持的一性论教义，449年亚历山大里亚教区又举行会议罢免君士坦丁堡主教这样的混乱局面。这种情况恰恰为拜占廷皇权介入教会事务提供了良机。从拜占廷的历史来看，皇帝在绝大多数时间都把持着召开基督教大公会议和其他宗主教区之间会议的权力，同时极力控制宗主教和一些其他重要神职的任免权，这也正是拜占廷教会最终未能完全摆脱皇权控制而独立发展的重要原因之一。
然而，虽然拜占廷的基督教会无法摆脱世俗权力的控制，但是这也使教会的发展得到了国家的指引与保护。国家的强力支持与基督教会自身结构的完善相结合，从而使教会成为拜占廷国家更为有力的精神统治工具。与此同时，层级分明的体系虽然一定程度上改变了各教区之间平等的地位，并压缩了其自由发展的空间，但是却提供了更为高效的管理和严明的纪律，这对基督教会在这一时期的高速扩张具有至关重要的意义。